Cuenca, oficialmente Santa Ana de los Ríos de Cuenca,es una ciudad ecuatoriana, capital de la provincia del Azuay y cabecera del cantón homónimo. Históricamente ha sido la tercera ciudad del país por importancia, después de la capital Quito y el puerto principal Guayaquil. Ciudad serrana, se asienta en un extenso valle andino sobre la cuenca hidrográfica del Paute, (de la cual surgen los cuatro ríos que la atraviesan), a una altitud promedio de 2550 metros sobre el nivel del mar, y con un clima templado andino de 16,3 °C en promedio.
Recibe el apelativo «Atenas del Ecuador» por su riqueza cultural, su herencia arquitectónica, su aporte a las artes, ciencias y letras ecuatorianas, y por ser el lugar de nacimiento de muchos personajes ilustres de la sociedad ecuatoriana.Los propios de la ciudad suelen recibir el gentilicio coloquial "morlacos".
Fue fundada el 12 de abril de 1557 adyacente a las ruinas de la ciudad inca de Tomebamba y la ciudad cañari de Guapondelig, por el capitán Gil Ramírez Dávalos, bajo órdenes del virrey del Perú, Andrés Hurtado de Mendoza. En 1769 adquirió su diócesis, y en 1777 alcanzó el grado de gobernación como sub-entidad del Virreinato de Nueva Granada. Logró su primera independencia de España tras una lucha civil interina el 3 de noviembre de 1820, solo para caer nuevamente al poder realista poco tiempo después. En 1822 llegó la independencia definitiva al pasar por la región Antonio José de Sucre y anexarla a la Gran Colombia. En 1829 protagonizó la victoria grancolombiana frente a la invasión peruana en la Batalla del Portete de Tarqui. En 1830, tras la disolución del proyecto bolivariano, conformó uno de los tres departamentos originales del naciente Estado ecuatoriano. Desde entonces ha aportado hasta seis presidentes a la nación. En 1999 el centro histórico es declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO. Es en la actualidad uno de los más importantes epicentros administrativos, económicos y culturales del Ecuador. Las actividades principales de la ciudad son el comercio y la industria. En las últimas décadas, Cuenca también se ha consolidado como uno de los principales atractivos turísticos del país.
La ciudad recibió su nombre en honor a la localidad castellana de Cuenca, lugar de nacimiento del virrey Andrés Hurtado de Mendoza, quien fue el que ordenó fundar la ciudad al capitán Gil Ramírez Dávalos. También se ha sugerido popularmente que el paisaje de la región, en sus accidentes geográficos y tipo de clima, recuerda mucho a la ciudad castellana. El nombre hace alusión a los cuatro ríos que riegan la ciudad: el Tomebamba, el Tarqui, el Yanuncay y el Machángara. El resto del nombre proviene de la tradición hispana de encomendar los poblados a un santo patrono de la fe católica, en este caso a Santa Ana.
Antes de la colonización hispánica, el lugar tuvo nombres en las lenguas quichua y cañari: Guapondelig, que en cañari significaba “llanura tan amplia como el cielo”, y después fue nombrada por los Incas Tomebamba- del quichua Tumipampa- Tumi, un tipo de cuchillo ceremonial, y pampa, que significa "llanura de" o "lugar de".
Según los vestigios arqueológicos y antropológicos encontrados en Chobshi y Cubilán, se sabe que los primeros habitantes del área datan del año 8060 a. C., que eran cazadores nómadas y recolectores. Su presencia se extiende hasta aproximadamente el año 5580 a. C., desde esa fecha los asentamientos humanos desaparecen y no es hasta el 2000 a. C. que vuelven a aparecer sociedades. Posteriormente, aparece la Cultura Cerro Narrío (2000 a. C.-500 a. C.), llamada también Chaullabamba, esta cultura presenta pequeños asentamientos de una organización correspondiente a una cultura Formativa, una incipiente división de clases sociales, además se caracteriza por la presencia de agricultura y por la fabricación en masa de cerámica.
En el periodo denominado Desarrollo Regional (500 a. C.-500 d. C.), se desarrollan las culturas Tuncahuán, así como las primeras etapas de las fases Tacalshapa (Azuay) y Cashaloma (Cañar), fases correspondientes a la Cultura Cañari. Esta etapa se caracteriza por sociedades con división del trabajo y perfectamente jerarquizadas, utilizan una agricultura intensiva y su cerámica tiene ciertas figuras antropomorfas. Lo más representativo de esta fase es la utilización de metales como oro, plata y cobre.
En el periodo de Integración (500 d. C. -1500 d. C.) esta zona se caracteriza por las conquistas y alianzas, así la parte nuclear de la cultura Cañari se integraría en una diarquía cuyas capitales fueron Shabalula (Sigsig) y Hatun Cañar (ciudad de Cañar), mientras que las partes exteriores del territorio cañari solo se mantenían confederadas a la parte nuclear, razón por la cual eran políticamente independientes. La dinastía Duma gobernó desde la capital Shabalula, pero no se sabe la línea de gobernantes de Hatun Cañar. A mediados del siglo XIX, en los cantones de Gualaceo, Chordeleg y Sígsig, se encontraron una serie de tumbas, de gobernantes Cañaris, ricas en metales preciosos y cerámica, lamentablemente la mayoría de lo encontrado fue saqueado y vendido, por fortuna Marshall Saville escribió un libro sobre las piezas extraídas, el libro se llamó «El Tesoro de Oro del Sigsig, Ecuador», así como hay otros libros que hablan de las huacas de Chordeleg.
Lo que hoy es Cuenca fue un centro señorial importante de la diarquía cañari, esta zona se llamaba Guapondelig en lengua cañari significaba «llanura amplia como el cielo» (aunque otros plantean el nombre de Surampalti) y era caracterizada por la agricultura, como la región cañari no es muy apta para esta práctica esto hizo de Guapondelig una de las zonas más importantes de los cañaris.
Menos de medio siglo antes de la llegada de los castellanos, los incas, después de una dura lucha, conquistaron a los cañaris y ocuparon Guapondelig y sus alrededores. La ciudad pasó a ser llamada "Tomebamba" por los colonos quichuas. Se hizo conocida como el centro administrativo del norte del imperio inca.
artículo principal: Conquista del Imperio Inca
La guerra de sucesión incaica fue vencida por Atahualpa, y mientras marchaba al Cuzco para ratificar su poder, fue capturado y tomado rehén por Francisco Pizarro en Cajamarca, para posteriormente ser ejecutado. Los cañaris, por su enemistad hacia Atahualpa y al dominio inca, y como respuesta a las masacres cometidas por el incario en su expansión, se aliaron a los españoles y ayudaron, con la participación de también otros grupos étnicos contrarios al incanato, a derrotar y conquistar el Imperio Inca. Sebastián de Benalcázar, convencido por los cañaris, se encaminó a la conquista de Quito, pasó por las ruinas de Tomebamba y ahí recibió más refuerzos. Así, con ayuda de 11 000 cañaris, Benalcázar derrotó a Rumiñahui y conquistó Quito.
Los cañaris, debido a la alta mortandad causada por Atahualpa y las enfermedades europeas, así como por las guerras de conquista que lucharon a favor del bando español, provocó que para 1547, cuando pasó por la ciudad el cronista Pedro Cieza de León, se contabilizara en la región solamente un hombre por cada quince mujeres. Así mismo, Cieza de León comprobó que los cañaris ya estaban cristianizados. Describió en sus diarios las ruinas de muchos de los templos y palacios incas.
En la actual ciudad de Cuenca se pueden apreciar vestigios del pasado inca, como el palacio de Pumapungo.
En abril de 1534 los españoles llegan a la ciudad inca de Tomebamba, desde el sur. La ruta que siguieron fue desde el actual Panamá hasta el actual Perú en Tumbes. Desde Tumbes llegaron a Hualaxiu (Gualaceo), liderados por Sebastián de Benalcázar con el apoyo del Cacique Llivicura según Zárate citado en González Suárez (tomo II), citado por Max Romeo Arízaga (1983).
Francisco Pizarro, el conquistador del Perú, comisionó al capitán Rodrigo Núñez de Bonilla para que ejerza las funciones de encomendero en el repartimiento de la provincia de los Cañaris o Tomebamba en 1538 y se instaló en la llanura de Paucarbamba, donde levantó un pequeño asentamiento.