Cuenca, oficialmente Santa Ana de los Ríos de Cuenca,es una ciudad ecuatoriana, capital de la provincia del Azuay y cabecera del cantón homónimo. Es e históricamente ha sido la tercera ciudad del país por importancia, después de la capital Quito y el puerto principal Guayaquil. Ciudad serrana, se asienta en un extenso valle andino sobre la cuenca hidrográfica del Paute, (de la cual surgen los cuatro ríos que la atraviesan), a una altitud promedio de 2550 metros sobre el nivel del mar, y con un clima templado andino de 16,3 °C en promedio.
Recibe el apelativo «Atenas del Ecuador» por su riqueza cultural, su herencia arquitectónica, su aporte a las artes, ciencias y letras ecuatorianas, y por ser el lugar de nacimiento de muchos personajes ilustres de la sociedad ecuatoriana.Los propios de la ciudad suelen recibir el gentilicio coloquial "morlacos".
Fue fundada el 12 de abril de 1557 adyacente a las ruinas de la ciudad inca de Tomebamba y la ciudad cañari de Guapondelig, por el capitán Gil Ramírez Dávalos, bajo órdenes del virrey del Perú Andrés Hurtado de Mendoza. En 1777 alcanzó el grado de Gobernación, y en 1780 adquirió su diócesis. Logró su primera independencia de España después de una lucha civil interina el 3 de noviembre de 1820, solo para caer nuevamente al poder realista poco tiempo después. En 1822 llegó la independencia definitiva al pasar por la región Sucre y anexarla a la Gran Colombia. En 1829 protagonizó la victoria grancolombiana frente a la invasión peruana en la Batalla del Portete de Tarqui. En 1830, tras la disolución del proyecto bolivariano, conformó uno de los tres departamentos originales de la naciente República del Ecuador. En el siglo posterior aportaría hasta cuatro presidentes a la nación. En 1999 el centro histórico es declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO. Es en la actualidad uno de los más importantes epicentros administrativos, económicos y culturales del Ecuador. Las actividades principales de la ciudad son el comercio y la industria; En las últimas décadas, Cuenca también se ha consolidado como uno de los principales atractivos turísticos del país.
La ciudad recibió su nombre en honor a la localidad castellana de Cuenca, lugar de nacimiento del virrey Andrés Hurtado de Mendoza, quien fue el que ordenó fundar la ciudad al capitán Gil Ramírez Dávalos. También se ha sugerido popularmente que el paisaje de la región, en sus accidentes geográficos y tipo de clima, recuerda mucho a la ciudad castellana. El nombre hace alusión a los cuatro ríos que riegan la ciudad: el Tomebamba, el Tarqui, el Yanuncay y el Machángara. El resto del nombre proviene de la tradición hispana de encomendar los poblados a un santo patrono de la fe católica, en este caso a Santa Ana.
Antes de la colonización hispánica, el lugar tuvo nombres en las lenguas quichua y cañari: Guapondelig, que en cañari significaba “llanura tan amplia como el cielo”, y después fue nombrada por los Incas Tomebamba- del quichua Tumipampa- Tumi, un tipo de cuchillo ceremonial, y pampa, que significa "llanura de" o "lugar de".
Según los vestigios arqueológicos y antropológicos, encontrados en Chobshi y Cubilán, se sabe que los primeros habitantes del área datan del año 8060 a. C., que eran cazadores nómadas y recolectores. Su presencia se extiende hasta aproximadamente el año 5580 a. C., desde esa fecha los asentamientos humanos desaparecen y no es hasta el 2000 a. C. que vuelven a aparecer sociedades. Posteriormente, aparece la Cultura Cerro Narrío (2000 a. C.-500 a. C.), llamada también Chaullabamba, esta cultura presenta pequeños asentamientos de una organización correspondiente a una cultura Formativa, una incipiente división de clases sociales, además se caracteriza por la presencia de agricultura y por la fabricación en masa de cerámica.
En el periodo denominado Desarrollo Regional (500 a. C.-500 d. C.), se desarrollan las culturas Tuncahuán, así como las primeras etapas de las fases Tacalshapa (Azuay) y Cashaloma (Cañar), fases correspondientes a la Cultura Cañari. Esta etapa se caracteriza por sociedades con división del trabajo y perfectamente jerarquizadas, utilizan una agricultura intensiva y su cerámica tiene ciertas figuras antropomorfas. Lo más representativo de esta fase es la utilización de metales como oro, plata y cobre.
En el periodo de Integración (500 d. C. -1500 d. C.) esta zona se caracteriza por las conquistas y alianzas, así la parte nuclear de la cultura Cañari se integraría en una diarquía cuyas capitales fueron Shabalula (Sigsig) y Hatun Cañar (ciudad de Cañar), mientras que las partes exteriores del territorio Cañari solo se mantenían confederadas a la parte nuclear, razón por la cual eran políticamente independientes. La dinastía Duma gobernó desde la capital Shabalula, pero no se sabe la línea de gobernantes de Hatun Cañar. A mediados del siglo XIX, en los cantones de Gualaceo, Chordeleg y Sígsig, se encontraron una serie de tumbas, de gobernantes Cañaris, ricas en metales preciosos y cerámica, lamentablemente la mayoría de lo encontrado fue saqueado y vendido, por fortuna Marshall Saville escribió un libro sobre las piezas extraídas, el libro se llamó «El Tesoro de Oro del Sigsig, Ecuador», así como hay otros libros que hablan de las huacas de Chordeleg.
Lo que hoy es Cuenca fue un centro señorial importante de la diarquía cañari, esta zona se llamaba Guapondelig en lengua cañari significaba «llanura amplia como el cielo» (aunque otros plantean el nombre de Surampalti) y era caracterizada por la agricultura, como la región cañari no es muy apta para esta práctica esto hizo de Guapondelig una de las zonas más importantes de los cañaris.
Menos de medio siglo antes de la llegada de los castellanos, los incas, después de una dura lucha, conquistaron a los cañaris con masacres y ocuparon Guapondelig y sus alrededores. los incas reemplazaron la arquitectura cañari por la suya, reprimiéndolos a los cañaris y eclipsaron sus impresionantes logros en astronomía y agricultura. Como era costumbre para los incas, absorbieron logros útiles en su cultura. Cambiaron el nombre de la ciudad de Guapondelig por el Tumipampa o Tomebamba. La ciudad se hizo conocida como el centro administrativo del norte del imperio inca.
Tomebamba es considerado un candidato para la mítica ciudad de oro que los españoles llamaron El Dorado. Los españoles pensaron que El Dorado fue quemado por los habitantes después de enterarse de las conquistas españolas. La destrucción de Tomebamba por sus habitantes antes de la llegada de los españoles sugiere que pudo haber sido lo que los españoles llamaron El Dorado.
artículo principal: Conquista del Imperio Inca
La guerra civil la ganó Atahualpa y mientras iba al Cuzco para ratificar su soberanía fue capturado y asesinado por Francisco Pizarro en Cajamarca. Los cañaris, por su odio a Atahualpa y como reacción a las masacres cometidas por los incas en su conquista, se aliaron a los españoles y ayudaron, con la participación también de otros grupos étnicos, a derrotar y conquistar el Imperio Inca. Sebastián de Benalcázar, convencido por los cañaris, se encaminó a la conquista de Quito, pasó por las ruinas de Tomebamba y ahí recibió más refuerzos. Así, con ayuda de 11 000 cañaris, Benalcázar derrotó a Rumiñahui y conquistó Quito.
Los cañaris debido a la mortandad causada por Atahualpa y las enfermedades europeas, así como también por el hecho de que estos guerrearon a favor de los conquistadores durante años, provocó que para 1547, cuando el cronista Pedro Cieza de León pasó por Tomebamba, existía un hombre por cada quince mujeres. Así mismo, Cieza de León comprobó que los cañaris estaban cristianizados. Cuando él pasó por la ciudad y la provincia vio las ruinas de muchos de los templos y palacios Incas.
En la actual ciudad de Cuenca se pueden apreciar vestigios de su pasado inca, como el palacio de Pumapungo.
En abril de 1534 los españoles llegan a la ciudad inca de Tomebamba, desde el sur. La ruta que siguieron fue desde el actual Panamá hasta el actual Perú en Tumbes. Desde Tumbes llegaron a Hualaxiu (Gualaceo), liderados por Sebastián de Benalcázar con el apoyo del Cacique Llivicura según Zárate citado en González Suárez (tomo II), citado por Max Romeo Arízaga (1983).