La Conspiración Septembrina fue un atentado contra la vida de Simón Bolívar, cuando se declaró dictador de la Gran Colombia, ocurrido en Bogotá el 25 de septiembre de 1828. Tres docenas de atacantes forzaron el ingreso a la medianoche al Palacio Presidencial comandados por el comandante Pedro Carujo y luego de asesinar a los guardias se dirigieron a la habitación de Bolívar, quien logró escapar por la ventana, con ayuda de Manuela Sáenz. Los atacantes fueron enfrentados por el General de Brigada Ramón Olivares, quien se encontraba en el lugar protegiéndolo.
En los juicios seguidos luego del atentado, fue condenado a muerte su principal opositor, el general Francisco de Paula Santander, a quien Bolívar le perdonó la vida y lo desterró.
El gobierno de la Gran Colombia evolucionó hacia un sistema centralista y autoritario, especialmente bajo la influencia del poder militar. A pesar de que la Constitución de Cúcuta de 1821 había establecido principios republicanos y un marco legal que buscaba equilibrar los poderes del Estado, en la práctica varios mandatarios regionales —en su mayoría militares— actuaban con amplia autonomía y no siempre acataban las leyes establecidas.
Las regiones que habían contribuido a la creación de la nueva república —como Venezuela, Cundinamarca y Quito— habían tenido en el pasado tradiciones federalistas o de autogobierno. A muchas de ellas se les prometió mantener cierto grado de autonomía al integrarse en la Gran Colombia, promesa que, según diversos historiadores, no llegó a cumplirse en la práctica.
El descontento comenzó a crecer cuando las autoridades centrales, amparadas por el poder militar, intervinieron en los asuntos locales y limitaron la autonomía de las provincias. Se registraron abusos de autoridad por parte de algunos comandantes y funcionarios que utilizaban la represión como mecanismo de control social. Esto generó un ambiente de tensión política y un aumento de las protestas y levantamientos locales que denunciaban la falta de representación y la concentración del poder en Bogotá.
Mientras tanto, Simón Bolívar, quien había asumido temporalmente el mando político del Perú en 1824, enfrentaba dificultades para consolidar su proyecto político. En 1826, ante el estallido del movimiento conocido como La Cosiata en Venezuela —liderado por José Antonio Páez—, Bolívar se vio obligado a regresar con urgencia a la Gran Colombia para intentar preservar la unidad del país.
Durante su ausencia, había dejado en Lima un Consejo de Estado encargado de culminar el proceso de promulgación de una nueva constitución de carácter vitalicio, inspirada en su modelo político aplicado en Bolivia. Sin embargo, en enero de 1827, los peruanos se sublevaron al considerar que la constitución bolivariana había sido impuesta de manera autoritaria y violaba su marco legal interno. Como resultado, el Congreso peruano anuló dicha constitución y desconoció a Bolívar como autoridad legítima en el país.
De regreso en territorio granadino, Bolívar intentó promover un nuevo proyecto constitucional que asegurara un gobierno fuerte y estable, planteando la idea de una presidencia vitalicia. Este proyecto fue llevado a debate durante la Convención de Ocaña, iniciada el 2 de abril de 1828, con el objetivo de reformar la Constitución de Cúcuta.
La propuesta encontró fuerte oposición entre los delegados federalistas, liderados por Francisco de Paula Santander, quienes consideraban que otorgar a Bolívar poderes vitalicios significaba traicionar los principios republicanos de independencia y alternancia del poder. La convención se tornó conflictiva y terminó sin acuerdos, siendo disuelta oficialmente el 10 de junio de 1828.
Ante el fracaso de la Convención de Ocaña y el temor de que el país se fragmentara, Bolívar firmó el 27 de agosto de 1828 un decreto mediante el cual asumió poderes dictatoriales, disolvió el Congreso y estableció un régimen de carácter militar.
Este acto profundizó el descontento social y político, especialmente entre las élites liberales y las provincias que veían en la dictadura una amenaza a la libertad regional. Durante este periodo se registraron varios intentos de conspiración contra Bolívar.
La oposición a Bolívar había crecido entre los liberales[cita requerida] neogranadinos especialmente tras haber declarado este la dictadura el 27 de agosto de 1828, quienes se habían reunido en sociedades secretas que llamaron «SSP» (Sociedad Socrata Parlamental), como las de la Revolución francesa. En su mayoría estudiantes e intelectuales, se reunían a discutir temas políticos, en una de esas reuniones Luis Vargas Tejada pronunció su famosa estrofa:
De una de esas reuniones a principios de septiembre de ese año salió la idea de matar a Bolívar. Para ello buscaron conseguir adeptos en las Fuerzas Armadas, reclutando veteranos, reservistas y sargentos pero también expulsados o a punto de serlo por su mala conducta.
La medianoche del 25 de septiembre unos doce civiles y veinticinco soldados comandados por Pedro Carujo forzaron la puerta del Palacio Presidencial (Palacio de San Carlos) y asesinaron a los guardias, tras lo cual buscaron la habitación de Bolívar. Manuela Sáenz quien estaba esa noche con Bolívar lo despertó. Al enterarse de lo que sucedía, Bolívar agarró su pistola y su sable y trató de abrir la puerta pero Manuela lo convenció de que escapara por la ventana.
Bolívar mandó a averiguar la situación en los cuarteles mientras estuvo toda la noche bajo un puente. Bolívar logró saltar y evadirse por la ventana mientras Manuela entretenía y enfrentaba a los conspiradores. El resultado de esta conspiración fue la muerte del coronel William Ferguson, un edecán inglés, la herida del joven Andrés Ibarra y una contusión por un golpe en la frente que recibió la salvadora del ilustre caraqueño. El esclavo liberto José Palacios llevó al recién salvado de la muerte a un lugar seguro. El batallón de Vargas dirigido por el coronel Whittle contribuyó al fracaso de la conspiración. Finalmente, le correspondió a los generales Rafael Urdaneta y José María Córdova poner fin al complot, controlar la situación en la capital y llevar a prisión a los cómplices de ese siniestro atentado.
Los juicios posteriores a los acontecimientos de la Conspiración Septembrina fueron realizados por medio de un recién creado tribunal ex post facto al surgir un tribunal de conjurados. Para el 29 de septiembre Bolívar decidió disolver el tribunal y encargar a Rafael Urdaneta como Juez Único con el apoyo de Tomás Barriga de los casos faltantes y la revisión de los absueltos o condenas que no le dejaron satisfacción.
Durante los días que siguieron fueron arrestados los sospechosos y se les abrió juicio a muchos de ellos así como a militares de alto rango sobre los que se tuviera sospecha alguna de participación en el atentado, sea planificando, colaborando con sus ejecutores o simplemente callando. Fueron acusados Francisco de Paula Santander y el almirante José Prudencio Padilla, a quien doce artilleros y un oficial intentaron liberarlo de prisión en el cuartel de milicias de caballería para que fijara postura, Padilla se rehusó, manifestándoles que se hallaba preso y no debía mezclarse en tal negocio; que consiguieron hacerlo bajar hasta la puerta del cuartel, de donde a favor del bullicio militar y volvió a subir a su alojamiento, en donde encontró al sargento y un soldado de la guardia que le custodiaban y se habían refugiado en aquella pieza en unión de su asistente; que luego que se retiró la tropa que había entrado a aquel cuartel, reunió las armas de la guardia e hizo a su asistente cerrase la puerta del cuartel con llave, receloso intentasen volver a entrar a obligarle a tomar las armas, como lo habían intentado al principio, o matarle si a ello no accedía; que así permaneció hasta que advirtió había cesado la bulla, en cuyo acto mandó a su asistente a que diese aviso al general Urdaneta u otro jefe.
Vicente Azuero y otros opositores no participaron, pero fueron cómplices de la conspiración también como Luis Vargas Tejada, Florentino González, capitán Emigdio Briceño Guzmán, llamado en Venezuela «El septembrista» y hasta Pedro Carujo, el enconado enemigo de Bolívar, que fueron juzgados por el Consejo de Ministros y hallados culpables. Se les conmutó la pena por el destierro y algunos fueron indultados. Santander fue hallado culpable y fue degradado, expulsado deshonrosamente y condenado a la pena de muerte, pero su pena fue conmutada por el exilio por decisión de Bolívar. Igualmente, a Vicente Azuero y Florentino González se les conmutó la pena por el exilio. Vargas Tejada murió ahogado en un río durante su huida en los Llanos colombianos.