La Casa de la Contratación de Indias fue una institución de la Corona de Castilla que se estableció en Sevilla en 1503. Fiscalizaba todo lo relacionado con el comercio con las Indias, Canarias y Berbería, actuaba como escuela de pilotos y tenía funciones judiciales. Entre 1717 y 1790 tuvo su sede en Cádiz.
Entre las funciones de esta institución estaba la organización de las flotas, la supervisión de las condiciones de navegabilidad de los barcos, el control de lo correspondiente a la hacienda real, la confección de los registros de navíos, la concesión y registro de licencias de embarque, la administración de los bienes de los que fallecían en las Indias y la cartografía del Nuevo Mundo.
En el siglo XVI la Casa de la Contratación se encargó del capital destinado a financiar la protección de los buques mercantes, conocido como la avería. Entre finales del siglo XVI y la primera mitad del siglo XVII el asiento de avería estuvo controlado por un consulado de mercaderes.
Desde el segundo viaje de Colón, en 1493, todos los asuntos concernientes al Nuevo Mundo habían estado en manos de Juan Rodríguez Fonseca, arcediano de la catedral de Sevilla, capellán y hombre de confianza de Isabel la Católica. Este clérigo más tarde sería promovido a las sedes episcopales de Badajoz, Palencia y Burgos. Sin embargo, diez años después se hacía patente que todos estos asuntos no podían estar en manos de una sola persona, por lo que se decide crear una institución colegiada que es la Casa de Contratación. Aunque Fonseca perdería ese poder unipersonal como superintendente, se mantendría en la corte con un cargo equivalente al de ministro de las colonias, como dice el historiador Clarence H. Haring, hasta que se crea el Consejo de Indias en 1524.
Desde mediados de 1502 existe constancia documental del proceso de creación de una Casa de Contratación y el historiador Ernesto Schaffër cree que pudo ser promovida en origen por el genovés Francisco Pinelo, por ser un vecino de Sevilla muy conocedor de los asuntos indianos.
El 20 de enero de 1503, Fernando e Isabel firman una Real Provisión en Alcalá de Henares por la que se aprueban las primeras 20 Ordenanzas para la Casa de Contratación de Sevilla, para las Indias, las islas Canarias y el África atlántica. Entre sus finalidades se especifica:
El gobierno de la Casa estaría a cargo de tres oficiales reales: el factor, el tesorero y el contador-escribano, que fueron nombrados por Isabel la Católica por Real Cédula el 14 de febrero de 1503, firmada también en Alcalá de Henares. Tenían la misión de saber cuántas mercancías y barcos enviar a las Indias, y para ello debían mantener comunicación con otros oficiales reales que ya se encontraban allí y conocer las necesidades de los colonos, elegir a los capitanes y escribanos para los viajes, entregarles instrucciones por escrito y decidir qué mercancías comprar para llevar allí.
Para el cargo de tesorero fue nombrado el doctor Sancho Ortiz de Matienzo, natural del Valle de Mena, Burgos, letrado, buen jurista, canónigo de la catedral de Sevilla y que fue primer abad de Jamaica española (actual Jamaica) desde 1512 a propuesta de Fernando el Católico y que ejerció de su labor en la Casa hasta diciembre de 1521. El contador-escribano fue Jimeno de Briviesca, que era gran conocedor de los asuntos indianos por haber participado en los preparativos de los viajes de Colón, y que ocupó el cargo durante 7 años. El primer factor sería Francisco Pinelo, amigo personal de Colón y colaborador suyo y que ocupó el cargo hasta su muerte, en 1509.
Se decide que, aunque se pueden utilizar también barcos de la Corona, estos se pueden obtener también mediante requisa y arriendo a particulares. La Casa de Contratación tenía también una labor fiscalizadora, porque debía comprobar que las mercancías que llegaban a Sevilla eran las mismas que se habían embarcado en las Indias. A esos tres oficiales reales se les conocería posteriormente como jueces oficiales, para diferenciarse de los llamados jueces letrados que entrarían posteriormente. En 1508 se crea la figura del piloto mayor de las Indias, nombrando Fernando el Católico como primero con este cargo a Américo Vespucio. El piloto mayor debía ser un auténtico experto en navegación, ya que su misión consistía en la preparación y resultado de las expediciones, examinar y graduar a los pilotos y censurar las cartas e instrumentos de navegación. Para realizar sus funciones contaba con la ayuda de otros pilotos así como del cosmógrafo de la Casa. Américo Vespucio fue sucedido más tarde por Juan Díaz de Solís y Sebastián Caboto.
En 1509, Fernando el Católico pidió un informe detallado de todas las ordenanzas, instrucciones especiales, aranceles, etcétera, que operaban en la Casa para disponer de la redacción de unas nuevas ordenanzas. Las nuevas ordenanzas, de 36 capítulos, fueron expedidas en Monzón, el 15 de junio de 1510 y se completaron en 1511 con 17 artículos más.
Las Ordenanzas de 1510 son más extensas y minuciosas que las de 1503. Se especifican las horas de trabajo; se determinan los libros de registro que hay que llevar; se regula la emigración; se trata de las relaciones con mercaderes y navegantes; se dispone lo relativo a los bienes de los muertos en Indias (que a partir de 1550 serán administrados por el llamado Juzgado general de bienes de difuntos, presente en todas las Reales Audiencias indianas); y se le incorpora el matiz científico al incluirse dentro de la Casa de Contratación al piloto mayor ―creado en 1508―, encargado de examinar a los pilotos que desean hacer la carrera, y de trazar los mapas o cartas de navegación y el padrón real o mapa modelo del Nuevo Mundo, donde se iban registrando todos los descubrimientos, hasta 1519 en que se crea el puesto de cartógrafo. La Casa custodiaba la información náutica y la cartografía de manera secreta para evitar que la información cayera en manos de potencias extranjeras.
Ya en 1503 se estableció la existencia de un factor, un tesorero y un contador-escribano. Estos se reunían en la conocida como Sala de Audiencia, que decidía asuntos administrativos y judiciales, estos últimos con la asistencia de un asesor letrado. En 1583 se produjo una separación entre la Sala de Gobierno y la Sala de Justicia. La segunda contaba con dos jueces letrados, ampliándose en 1596 a tres.
A mediados del siglo XVI la Casa del Océano ―como le gustaba llamarla a Mártir de Anglería― era un organismo bien reglamentado, con capilla y cárcel propia.
En 1557 se nombró al primer presidente de la institución, Juan Suárez de Carvajal, pero solo estuvo un año en el cargo y tras su mandato el puesto no se volvió a cubrir hasta 1579.
En 1552 la Casa contaba con 24 funcionarios. En 1687 este número había aumentado hasta los 110.
La llegada de navíos cargados de metales preciosos era fundamental para la Real Hacienda y para los particulares. Hubo períodos entre el siglo xvi y el xviii en los cuales se llegó a recibir 270 000 kg de plata y 40 000 kg de oro al año. El tesorero de la Casa de la Contratación tenía el control de todo el oro, plata, perlas y piedras preciosas que llegaban de las Indias y que correspondiesen a la Real Hacienda. Este era custodiado en la Sala del Tesoro. El tesorero no podía emplear esos fondos en pagar nada sin permiso del rey, con excepción de salarios librados en la Casa que debían provenir de la Hacienda Real.
Las riquezas del Nuevo Mundo correspondientes a la Real Hacienda eran distribuidas mediante Reales Cédulas del Consejo de Indias y, desde 1557, también del Consejo de Hacienda.
En 1539 y 1552 se volvieron a reunir todas las leyes y disposiciones existentes en relación con la Casa de Contratación para ser publicadas. De la misma forma se volvieron a imprimir en 1585 y se convirtieron en la base del Libro Noveno de las Leyes de Indias.