Carmen de Patagones, también aludida de modo local como Patagones, es la ciudad más austral de la provincia de Buenos Aires en la República Argentina. Se encuentra a 900 km al sudoeste de la capital provincial la ciudad de La Plata y a 915 km de la capital del país, la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Carmen de Patagones está erigida sobre la orilla norte del río Negro, río que la separa de la ciudad de Viedma, capital de la provincia de Río Negro, constituyendo ambas ciudades la comarca de Viedma-Carmen de Patagones. Esta comarca está a unos 30 km de la desembocadura de dicho río en el océano Atlántico. La ciudad es la cabecera del partido de Patagones (13 600 km²), el cual es el más extenso y austral de la provincia de Buenos Aires, y el único de dicha provincia que pertenece a la región patagónica.
Previo a la fundación de la localidad de Carmen de Patagones, el territorio fue habitado por comunidades indígenas. A través de un sitio arqueológico excavado en marzo de 2022, en el sector del Cerro de la Caballada, se refleja en el registro material evidencia de uso del territorio por comunidades indígenas.
En enero de 2022, por tareas de zanjeo y con el fin de renovar el sitio histórico del Cerro de la Caballada, quedaron expuestos restos esqueletales humanos. Luego de que la Policía científica descartara que fueran restos recientes, el equipo de arqueología dirigido por el Dr. Gustavo Martínez realizó tareas correspondientes a una arqueología de rescate sobre los restos removidos por la maquinaria. Entre ellos se encontraron restos óseos correspondientes a 17 individuos.
Se realizaron fechados radiocarbónicos sobre 2 entierros diferentes, los cuales fueron datados en 1700 AP y 1800 AP. Esa antigüedad permitió concluir que era un entierro indígena, ya que es previa a la llegada de los europeos a ese territorio. Asociados a los esqueletos se encontraron restos materiales, entre ellos artefactos líticos, cuentas confeccionadas sobre valvas de Diplodon sp.(almeja de agua dulce), cáscaras de huevo de Rheidae (ñandú común) grabadas, etc. También se encontraron artefactos post-hispánicos entre los cuales se identificaron vidrio, loza, clavos, piezas de plomo, un fragmento que posiblemente corresponda a cobre y una macuquina que habría sido acuñada en la Casa de Monedas de Potosí entre el siglo XVI y mediados del siglo XVIII.
La fundación de Carmen de Patagones formó parte de un conjunto de reformas políticas, económicas, sociales y administrativas ideadas e implementadas por los Reyes Borbones que repercutió tanto en la misma península ibérica como en América.
La revalorización de la ruta del cabo de Hornos, la política expansionista de los portugueses, la presencia de los siberianos en las montañas Rocallosas instó a los pensadores españoles a idear un ambicioso proyecto que garantizase su soberanía en estas regiones amenazadas.[cita requerida] Fue así como se planificó y materializó el surgimiento de una serie de poblaciones civiles desde la Alta California hasta las costas patagónicas. En síntesis una compleja situación coyuntural dio origen a la población que nos ocupa.
Francisco de Viedma y Narváez dio por sentada la población el 22 de abril de 1779 eligiendo la margen sur del río Negro para erigir el fuerte y establecer los colonos. Su primera denominación fue Establecimiento del Río Negro aunque también se lo llamó indistintamente "Fuerte del Carmen y Fuerte del Río Negro". Desconociendo el régimen de río, el 13 de julio, una de las habituales inundaciones, destruyó las escasas construcciones decidiendo el traslado a la margen izquierda del río. El 2 de octubre de ese mismo año arribó la primera de las 11 embarcaciones que movilizaron a los colonos, que ante la ausencia de las viviendas prometidas en España, debieron efectuar las cuevas/hogar en la barranca.
Los primeros pobladores europeos procedieron en su gran mayoría de Galicia pero la llegada de algunos maragatos originó el peculiar gentilicio. Es importante señalar que durante su primer siglo de existencia la población estuvo inserta en un territorio dominado por los nativos (pampas) siendo la navegación la única vía de comunicación posible con Buenos Aires y otras poblaciones cristianas. En este sentido, la subsistencia de Patagones asentada a más de 800 km al sur de la línea de frontera, solo es comprensible aboliendo las imágenes estereotipadas y prejuiciosas que no permiten apreciar el mundo complejo de relaciones que caracterizaron a los espacios en donde ni el indio ni el blanco lograban obtener el control del territorio. Blancos e indios fueron hacedores de un espacio cultural concertado, donde la convivencia y la negociación estaban cimentadas por el comercio.
Desde sus inicios la población contó con una frágil guarnición militar para la defensa y con un pequeño puerto. La primera veintena de años (1779-1810) estuvo marcada por el aislamiento con la esporádica visita de barcos. La estructura socioeconómica era de típica granja casi autosuficiente con una producción diversificada.
Los acontecimientos de mayo de 1810 significaron la pérdida del sentido geopolítico que sustentaba la existencia del Carmen. A Patagones le tocó sobrepasar la década más difícil de su historia a punto de casi desaparecer en varias oportunidades. Tras la Revolución de Mayo la Primera Junta de Gobierno de Buenos Aires tomó el control de Patagones, pero en abril de 1812 una sublevación dirigida por realistas detenidos logró el control de la plaza que pasó así a la órbita de Montevideo hasta el 23 de diciembre de 1814, fecha en que pasó a depender definitivamente de las Provincias Unidas del Río de la Plata.
La década de 1820 se presentó más promisoria a raíz de la apertura de mercados extrarregionales ligada a la economía de los saladeros y la consecuente expansión de la ganadería y el comercio. En este período Argentina y Brasil entraron en guerra (Guerra del Brasil) y esta población patagónica fue base de operaciones de los corsarios ya que la boca del estuario del Río de la Plata se encontraba bloqueada por una poderosa flota brasileña. En 1827 las tropas brasileñas intentaron tomar por sorpresa a Carmen de Patagones a efectos de destruir el fuerte, la población pero fundamentalmente al puerto y los corsarios asentados en él. Sin embargo las autoridades y la población reaccionaron a tiempo y lograron exitosamente repeler esta fuerza. Este episodio es conocido como Batalla de Carmen de Patagones, siendo uno de sus héroes, el hacendado Fernando Alfaro. En la iglesia de Nuestra Señora del Carmen se conservan dos de las 7 banderas imperiales brasileñas que se tomaron el 7 de marzo de 1827. Hacia finales de la década la población fue visitada por el naturalista francés Alcide d'Orbigny.
La Ley de Municipios de la provincia de Buenos Aires permitió en 1854 a El Carmen, tener su municipio electivo y un representante en la legislatura provincial.
En 1856, el comandante militar de Patagones, coronel Benito Villar, erigió en la margen derecha del río, la capilla de Nuestra Señora de la Merced, que luego dio lugar al nombre Mercedes de Patagones o Patagones Sur.
Por la ley 954 del 11 de octubre de 1878, se creó la Gobernación de la Patagonia, con un extenso territorio (disputado por Chile) y con capital en Mercedes de Patagones, que se separó definitivamente de Carmen de Patagones.
En 1885 se creó la Escuadrilla del río Negro, con asiento en Patagones. En el período de la República Liberal (de 1880 a 1916) fue sede del traslado forzoso de indios en pos del sometimiento indígena a fines de la Conquista del Desierto.
Entre 1986 y 1989, el Poder Ejecutivo Nacional intentó establecer la Capital de la República en la conurbación formada por Viedma, Carmen de Patagones y Guardia Mitre, creando el Distrito Federal de Viedma-Carmen de Patagones, para lo cual el 27 de mayo de 1987, después de un largo debate, el Congreso de la Nación sancionó la ley n.º 23 512 y posteriormente, el 21 de julio del mismo año, a través del decreto 1156 se creó el Ente para la Construcción de la Nueva Capital-Empresa del Estado (ENTECAP). Luego, al finalizar el mandato presidencial de Raúl Alfonsín y tras la situación económica del país, el proyecto nunca se llevó a cabo, ya que fue ignorado por el presidente Carlos Saúl Menem, aun habiendo asegurado en su primera campaña presidencial que iba a apoyar dicho traslado, aunque la ley n.º 23 512 nunca fue derogada por el Congreso de la Nación y aún sigue vigente, sin embargo, expiró el plazo de cinco años para realizar el proyecto que fue dado por las legislaturas de las provincias de Buenos Aires y Río Negro. Aunque la Constitución de Río Negro, modificada en 1988, sostiene en su artículo 11: «La ciudad de Viedma es la capital de la Provincia… Deja de ser capital cuando se efectivice el traslado de las autoridades nacionales al nuevo Distrito Federal». Este texto parece sostener que la cesión de territorio rionegrino aún sigue vigente.