Carlos de Sigüenza y Góngora (Ciudad de México; 15 de agosto de 1645 - 22 de agosto de 1700) fue un intelectual, polímata, historiador y escritor novohispano, perteneciente a la Compañía de Jesús, que desempeñó numerosos cargos académicos y gubernamentales en la Nueva España. También fue cosmógrafo y profesor de matemáticas en la Academia Mexicana. Dirigió las excavaciones en Teotihuacán en 1675, las primeras excavaciones arqueológicas llevadas a cabo en México durante el período virreinal. Publicó en 1693 el primer periódico del virreinato de Nueva España, el Mercurio Volante.
Fue el segundo de nueve hermanos (cuatro mujeres y cinco hombres) y estaba emparentado con el famoso poeta español, barroco y culterano, Luis de Góngora. Su madre fue Dionisia Suárez de Figueroa y Góngora, nacida en Sevilla. Su padre fue don Carlos Sigüenza, nacido en Madrid, que había sido tutor de la familia real en España y, al emigrar en 1640 al Nuevo Mundo, se integró en la burocracia virreinal para el resto de su vida. Con un trabajo seguro y experiencia docente, no tuvo dificultades para brindar él mismo la educación básica que necesitaban sus hijos.
El 17 de mayo de 1660, Sigüenza comienza sus estudios en Tepotzotlán, con los padres jesuitas, y debe esperar hasta los 15 años para ser noviciado. En 1662 continúa sus estudios en el colegio Espíritu Santo en la ciudad de Puebla y ese mismo año hace sus votos simples. En 1667, por indisciplina juvenil, se le pidió que renunciase a la orden (ver Peraza-Rugeley). Regresó a la Ciudad de México e ingresó en la Real y Pontificia Universidad de México. Se publica en 1668 su texto Primavera indiana, inspirado en la Virgen de Guadalupe. Ese mismo año solicita reincorporarse a la orden jesuita a Juanito Pablo Oliva, quien rechaza su solicitud. En 1671, luego de realizar sus observaciones astronómicas, publica su primer lunario y almanaque. En 1672 ganó la posición de catedrático de astrología y matemáticas, puesto que había ocupado Diego Rodríguez 30 años antes; lo ocupó durante 20 años realizando contribuciones notables, mientras desempeñaba simultáneamente el cargo de capellán del hospital del Amor de Dios. En dicha institución se destacó como unos de los principales promotores de las Matemáticas en la Nueva España. De 1671 a 1701 (póstumo), escribió cada año un almanaque (A. Margarita Peraza-Rugeley ha estudiado extensamente sus almanaques sobrevivientes en su libro del 2013.). En 1673 se ordena sacerdote. Para entonces, había sido requerido por el rey francés Luis XIV para que formase parte de su corte, oferta que declinó. Sí que aceptó ser cosmógrafo real de Carlos II, para el que hizo el primer mapa general de México en 1675.
En 1681 Sigüenza escribió el libro Manifiesto filosófico contra los Cometas, en que trataba de calmar el temor supersticioso que provocaba en la gente este fenómeno cósmico. Al separar la superstición de los hechos observables, Sigüenza estaba de hecho separando la astrología de la astronomía, como las concebimos actualmente. El jesuita Eusebio Francisco Kino criticó fuertemente este texto desde un punto de vista aristotélico-tomista y publicó en 1681 la Exposicion Astronomica de el Cometa, Que el Año de 1680. por los meʃes de Noviembre, y Diziembre, y eʃte Año de 1681. por los meʃes de Enero y Febrero, ʃe ha viʃto en todo el mundo, y le ha obʃervado en la Ciudad de Cadiz, el P.... del cual hay una edición moderna por Montané Martí, pero, lejos de intimidarse, Sigüenza respondió publicando otra obra Libra astronómica y philosophica (1690), donde fundamentaba rigurosamente sus argumentos sobre los cometas según los conocimientos científicos más actualizados de su tiempo; contra el tomismo y el aristotelismo del padre Kino, citaba autores como Nicolás Copérnico, Galileo Galilei, René Descartes, Johannes Kepler y Tycho Brahe.
Hasta hace poco se pensaba que la obra Infortunios de Alonso Ramírez —publicada por Sigüenza en 1690 y que describe la vuelta al mundo de Alonso Ramírez, un español oriundo de San Juan de Puerto Rico— era una ficción inventada por Sigüenza. Sin embargo, José F. Buscaglia Salgado y Fabio López Lázaro han ofrecido pruebas documentales tomadas de varios archivos que prueban que Infortunios es un relato biográfico denso y complejo basado en la vida de un personaje real aunque muy escurridizo. Fue Buscaglia quien, en 2009, tras más de un siglo de controversia sobre el género y la autoría de la obra, puso fin al debate mostrando evidencia incontestable en torno a la existencia de Alonso Ramírez. Entre otros documentos, Buscaglia presentó en su edición cubana de los Infortunios el certificado de matrimonio de Alonso con Francisca Xaviera y el informe del gobernador de Manila dando parte al rey de la captura de la fragata Nuestra Señora de Aránzazu capitaneada por Ramírez y capturada por piratas ingleses, entre estos el célebre William Dampier, el martes 4 de marzo de 1687. Además, tras tres expediciones a la costa de Bacalar, Buscaglia ha localizado el lugar exacto donde naufragó su embarcación y, según informa en su edición bilingüe de los Infortunios/ Misfortunes, también los restos de la misma.
Las intensas lluvias de 1691 anegaron los campos y amenazaron con inundar la ciudad, y una plaga, consecuencia de toda esa humedad, consumió los maizales. Sigüenza mencionó en sus escritos esta plaga conocida como Chiahuiztli, voz náhuatl para designar la roya del maíz. Como consecuencia de este desastre, hubo al año siguiente una severa escasez de alimentos que provocó un motín popular. Las multitudes saquearon los comercios de los españoles europeos, provocando numerosos incendios en los edificios del gobierno. Sigüenza logró rescatar del incendio las actas del Ayuntamiento de la ciudad, salvándola de una gran pérdida. El motín se controló, como es usual, con violencia. Los cálculos de Sigüenza establecieron en unos diez mil el número de los participantes en el motín.
Como cosmógrafo real de la Nueva España trazó mapas hidrológicos del Valle de México. En 1693 fue enviado por el virrey Gaspar de la Cerda y Mendoza, conde de Galve, como acompañante del almirante Andrés de Pez en un viaje de exploración al norte del golfo de México y en especial a la península de Florida, donde trazó mapas de la bahía de Pensacola y de la desembocadura del río Misisipi.
En sus últimos años dedicó mucho tiempo a coleccionar material para una historia del México antiguo. Lamentablemente, su muerte interrumpió ese trabajo que no fue retomado hasta 80 años después, cuando la conciencia criolla, representada por Francisco Javier Clavijero se había desarrollado lo suficiente para interesarse en la identidad de su nación.
Al morir donó su valiosa biblioteca y sus instrumentos científicos al Colegio Máximo de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús (en cuya capilla fue enterrado, dado que fue admitido en la orden poco antes de morir). Asimismo, ordenó que su cuerpo fuera entregado a la medicina, para que se estudiara lo que le provocó la muerte.
Las ideas de Sigüenza sobre los antiguos mexicanos se basaron en los valiosísimos manuscritos de Fernando de Alva Ixtlilxóchitl, pero también desarrolló sus propias ideas sobre el origen de los mexicanos. Fue una de las primeras personas, durante el dominio español, en excavar alrededor de la Pirámide del Sol en Teotihuacán. Llevó al viajero italiano Giovanni Francesco Gemelli Careri a ese sitio antiguo. Las ideas de Sigüenza sobre los orígenes de los antiguos mexicanos fueron influenciadas por el jesuita alemán Athanasius Kircher, quien veía al antiguo Egipto como la fuente de toda sabiduría natural. Sigüenza adoptó las ideas de Kircher y, en la publicación que acompañaba su arco triunfal para la llegada del nuevo virrey, «Teatro de las virtudes políticas que constituyen a un gobernante», «proclamó audazmente que los indígenas mexicanos eran descendientes de Naftuhim, hijo de Misraim, fundador y gobernante de Egipto», y afirmó además que Naftuhim era una variación del nombre Neptuno, gobernante de la Atlántida, poblada por colonos egipcios. Al defender un origen egipcio para los antiguos mexicanos, rechaza la teoría de rechazo por parte de fray Juan de Torquemada.