Carl o Karl Gegenbaur (Würzburg, 21 de agosto de 1826 - Heidelberg, 14 de junio de 1903) fue un anatomista alemán.
En 1845 entró en la universidad de Würzburg, donde estudió con anatomistas y fisiólogos como Rudolph Albert von Kölliker y Rudolf Virchow. Después de obtener el doctorado, viajó por Italia antes de volver a su ciudad natal.
En 1855 se incorporó a la Facultad de Medicina de la Universidad de Jena, donde tres años más tarde obtuvo la cátedra de anatomía y fisiología.
En 1873, Gegenbaur pasó a ser catedrático de la universidad de Heidelberg, donde dirigirá también el Instituto de Anatomía. Sus trabajos le valieron la medalla Copley en 1896.
Al principio, el trabajo de Gegenbaur se centró en los invertebrados, pero debido a su formación en medicina Gegenbaur reorientó sus intereses hacia la anatomía comparada y la embriología del esqueleto y el sistema nervioso de los vertebrados.
Su obra más conocida es Grundriss der vergleichenden Anatomie (Leipzig, 1874; 1878) (Elementos de Anatomía Comparada). Publicada en 1859, antes de la aparición de El origen de las especies, la obra se enmarca en la tradición de la morfología idealista. No obstante, a partir de la segunda edición (1870), Gegenbaur fue dotando al enfoque trascendental de una lectura filogenética. Al igual que Jacques von Bedriaga y Ernst Haeckel, Gegenbaur subraya la importancia de la embriología para el estudio de la evolución, basándose en la anatomía comparada de los órganos homólogos.
Atelocystis gegenbauri Haeckel, 1896
Dolioletta gegenbauri Uljanin, 1884
Eutima gegenbauri Haeckel, 1864
Thliptodon gegenbauri Boas, 1886
Leptocephalus gegenbauri Kaup, 1856
Leucosolenia gegenbauri Haeckel, 1870
1870. „Über das Skelet der Gliedmassen der Wirbeltiere im Allgemeinen und der Hintergliedmassen der Selachier insbesondere“. Jenaische Z. Med. Naturwiss. 5: 397-447
1871. „Ueber die Kopfnerven von Hexanchus und ihr Verhältnis zur „Wirbeltheorie des Schädels“. Jenaische Z. Med. Naturwiss. 6: 497-559
1872. „Untersuchungen zur vergleichenden Anatomie der Wirbeltiere. 3. Heft: Das Kopfskelet der Selachier, als Grundlage zur Beurtheilung der Genese des Kopfskeletes der Wirbelthiere“; Verlag von Wilhelm Engelmann, Leipzig
1872. „Über das Archipterygium“. Jenaische Z. Med. Naturwiss. 7: 131-141
1876. „Die Stellung und Bedeutung der Morphologie“. Morphol. Jahrb. 1: 1-19
1883. Text-book of Human Anatomy