La bandera de la provincia de Mendoza fue adoptada el 21 de octubre de 1992, mediante la Ley Provincial N.º 5.930. Se trata de una reproducción fiel, en colores, dimensiones y figuras heráldicas, de la bandera empleada por el Ejército de los Andes, diseñada con motivo del Cruce de los Andes de 1817.
En 1816 el general José de San Martín preparaba una expedición desde la intendencia de Cuyo hacia el Chile controlado por los realistas. No se sabe con precisión la fecha en que se decidió su confección, ni de quien surgió la iniciativa, pero si que el Ejército de los Andes portó una bandera confeccionada por damas de toda la región y esposas de los oficiales de San Martín.
La base de la nueva bandera era la bandera nacional oficial de las Provincias Unidas del Río de la Plata, adoptada el 26 julio del mismo año. La bandera también presenta el escudo de armas adoptado por la Asamblea del Año XIII, pero con el dibujo adicional de una montaña debajo de la pica. El escudo no se encuentra en el centro. Se desconoce cómo exhibía la bandera el propio Ejército de los Andes. La versión con el escudo «acostado» y franjas verticales fue pintada a principios del siglo XX por el artista chileno Pedro Subercaseaux, cuyas obras han perpetuado esta versión. Otra imagen de la época de la guerra muestra una bandera mucho más alargada, con el escudo «erguido» desplazado hacia el lado del asta.
El 5 de enero de 1817, en Mendoza —la víspera de la partida de la expedición—, San Martín ordenó a los soldados jurar lealtad a la patrona del ejército, Nuestra Señora del Carmen, y a la bandera. El estandarte acompañó al ejército durante los combates en Chile, pero no fue llevado consigo cuando San Martín emprendió la expedición al Perú en 1820. En marzo de 1823, el gobernador de Mendoza, Pedro Molina, solicitó a Chile la devolución del emblema, que fue entonces depositado en la iglesia de San Francisco. Aunque la iglesia original quedó destruida por el terremoto de 1861, la bandera fue rescatada de las ruinas del templo y trasladada a la Casa de Gobierno. En 1866, tras el último levantamiento federal contra el presidente Bartolomé Mitre, la bandera fue tomada por los rebeldes derrotados que huyeron a Chile. Se desconoce el paradero de la bandera hasta 1877, año en que fue devuelta a Mendoza. En 1880, con motivo de la repatriación de los restos de José de San Martín, el estandarte acompañó el cortejo fúnebre ceremonial. Posteriormente, la bandera permaneció expuesta en un muro de la Catedral Metropolitana de Buenos Aires. En 1889 fue devuelta y exhibida ante el pueblo de Mendoza durante una procesión cívica celebrada el 25 de mayo. Desde entonces, la bandera ha sido llevada ocasionalmente a ceremonias en Mendoza, así como a la inauguración de un monumento en Santa Fe en 1902. Durante la gestión de Rodolfo Gabrielli en 1992, se asignó a la bandera una guardia de honor del Regimiento de Infantería de Montaña 11. Ese mismo año, la profesora Patricia Lissa llevó a cabo la primera restauración de la bandera. En noviembre de 2011, la misma especialista realizó trabajos de conservación más minuciosos, los cuales culminaron con una ceremonia de presentación el 17 de agosto de 2012.
Según la Ley Provincial N.º 5.930, la conservada bandera del Ejército de los Andes sirvió de modelo para la primera bandera provincial de Mendoza. Esta bandera está vigente desde el 21 de octubre de 1992 y, de iure, debería ser idéntica a la original; sin embargo, la ley no especifica cómo debe izarse, por lo que el lado de la vaina se coloca junto al escudo o sobre él. El Día de la Bandera de Mendoza se celebra el 5 de enero y conmemora el juramento realizado por el Ejército de los Andes. En 1994, la provincia de Jujuy adoptó como propia otra bandera de la guerra de la Independencia, compuesta también por un escudo de armas arcaico sobre un paño de proporciones similares al de Mendoza.