El asunto de Huber Matos fue un escándalo político en Cuba cuando el 20 de octubre de 1959, el comandante del ejército Huber Matos renunció y acusó a Fidel Castro de «enterrar la revolución». Quince de los oficiales de Matos renunciaron con él. Inmediatamente después de la renuncia, Castro criticó a Matos y lo acusó de deslealtad, enviando a Camilo Cienfuegos a arrestar a Matos y a los oficiales que lo acompañaban. Matos y los oficiales fueron llevados a La Habana y encarcelados en La Fortaleza de San Carlos de La Cabaña. Los comunistas cubanos afirmaron más tarde que Matos estaba ayudando a planear una contrarrevolución organizada por la Agencia Central de Inteligencia de Estados Unidos y otros opositores a Castro.
El escándalo se destaca por su ocurrencia junto con una mayor tendencia de destituciones de excolaboradores de Fidel Castro en la revolución. Marcó un punto de inflexión en el que Castro comenzaba a ejercer un control más personal sobre el nuevo gobierno en Cuba. El oficial que arrestó a Huber Matos y excolaborador de Castro, Camilo Cienfuegos, moriría pronto en un misterioso accidente aéreo poco después del incidente.
A principios de enero de 1959, Fidel Castro nombró a varios economistas como Felipe Pazos, Rufo López-Fresquet, Ernesto Bentacourt, Faustino Pérez y Manuel Ray Rivero. Para junio de 1959, estos economistas designados comenzarían a expresar su desilusión con las políticas económicas propuestas por Castro.
A principios de 1959, el gobierno cubano inició reformas agrarias que redistribuyeron la propiedad de la tierra de Cuba. Las tierras expropiadas pasarían a ser de propiedad estatal y el recién formado Instituto de la Reforma Agraria (INRA) supervisaría las expropiaciones y estaría encabezado por Fidel Castro. En la provincia de Camagüey había una creciente oposición al gobierno cubano debido a la resistencia de los agricultores conservadores a las reformas agrarias y al disgusto por la promoción de los ideales comunistas de Raúl Castro y el Che Guevara en el gobierno local y el ejército. La oposición anticomunista dentro del gobierno cubano asumió que Fidel Castro no estaba al tanto de la creciente influencia comunista debido a las frecuentes negaciones públicas del comunismo por parte de Fidel Castro.
Huber Matos, quien era el comandante del ejército de la provincia de Camagüey, se indignó por el uso de tropas del ejército para apoderarse del ganado de los agricultores que se resistieron a las órdenes del INRA. Matos creía que estas medidas se estaban volviendo demasiado entusiastas.
En julio de 1959, Matos empezó a sospechar del nuevo gobierno tras la deposición del presidente Manuel Urrutia Lleó e intentó dimitir pronto. El 26 de julio, Fidel Castro y Huber Matos se reunieron en el Hotel Hilton de La Habana, donde, según Matos, Castro le dijo:"Tu renuncia no es aceptable en este momento. Todavía tenemos mucho trabajo por hacer. Reconozco que Raúl [Castro ] y el Che [Guevara] están coqueteando con el marxismo... pero tú tienes la situación bajo control... Olvídate de renunciar... Pero si dentro de un tiempo crees que la situación no cambia, tienes derecho a renunciar".Huber Matos había estado viajando a La Habana durante meses antes de su eventual renuncia. En La Habana Matos realizó encuentros con varios funcionarios desde Manuel Ray Rivero hasta Manuel Fernández, y conversó sobre sus preocupaciones sobre la creciente influencia comunista y la necesidad de alertar a Fidel Castro. Si bien se sabe que Huber Matos conversaba con los futuros líderes de la Invasión de bahía de Cochinos, el propio Matos afirmó no haber acatado nunca las influencias extranjeras, que el gobierno cubano le acusa de seguir. En septiembre de 1959 Matos se consolidó en su decisión de renunciar pronto. En octubre de 1959 Fidel Castro ordenó a un miembro menor del Movimiento 26 de Julio salir en televisión y acusar a Matos de traición. Este sería el punto de inflexión de Matos al negarse a seguir tolerando su posición en el gobierno cubano.
El 19 de octubre de 1959, Huber Matos escribió en una carta de renuncia a Fidel Castro:"La influencia comunista en el gobierno ha seguido creciendo. Tengo que dejar el poder lo antes posible. Tengo que alertar al pueblo cubano de lo que está pasando".Matos lamentó en su renuncia que los comunistas estuvieran ganando posiciones de poder que consideraba inmerecidos por no haber participado en la Revolución cubana. La carta de renuncia aparentemente fue en respuesta directa al nombramiento de Raúl Castro como jefe del ejército y fue enviado en privado a Fidel Castro. Huber Matos había hecho arreglos para que el envío de la carta fuera cubierto por los medios locales e informado a los grupos locales de oposición. Matos planeó que sus oficiales también renunciaran en masa en apoyo. Por su parte Fidel Castro le envió otra carta en respuesta recriminándole a Huber Matos sus buenas relaciones con Pedro Luis Díaz Lanz y Manuel Urrutia Lleó a quienes Fidel consideraba traidores a la revolución.
El 21 de ese mismo mes Fidel Castro envió a su compañero revolucionario Camilo Cienfuegos a arrestar a Huber Matos. Cuando Cienfuegos saludó a Matos en las puertas de su puesto de mando, Matos ordenó a sus guardias que no dispararan y procedió a hablar con Cienfuegos tomando un café. Matos dice que advirtió a Cienfuegos que su vida estaba en peligro, que a Castro le molestaba la popularidad de Cienfuegos y que se había enfurecido deliberadamente y parecía haber esperado que los partidarios de Matos lo mataran en lugar de permitirle tomar el mando. Cienfuegos escuchó pero relevó a Matos del mando y lo arrestó junto a sus ayudantes militares. El periodista Faustino Miro y el coordinador provincial del Movimiento 26 de julio Joaquín Agramonte también es arrestados por su cercanía con Matos.
Mientras tanto, Fidel Castro voló hasta la sede del INRA en la provincia de Camagüey a organizar una turba de 3000 hombres para asaltar el puesto del ejército de Matos si Cienfuegos no podía arrestarlo. El jefe de seguridad de Raúl Castro, Ramiro Valdés Menéndéz, sacó a Matos de Cienfuegos y lo transportó a La Habana para esperar su juicio.
Incursión de Pedro Luis Díaz Lanz
El mismo día que Huber Matos fue arrestado, el exiliado cubano Pedro Luis Díaz Lanz, exjefe de personal de la fuerza aérea bajo Fidel Castro y amigo de Huber Matos durante su tiempo en la revolución, voló desde Florida y arrojó panfletos en La Habana que pedían la eliminación de todos los comunistas del gobierno, debido a esto se abrió fuego contra el avión de Lanz dejando varios heridos y un muerto. En respuesta, Fidel Castro realizó un mitin en el que pidió la reintroducción de tribunales revolucionarios para juzgar a Matos y Díaz Lanz por traición. Según The New York Times, cuando Castro preguntó a la multitud si Matos debía ser fusilado:"[c]asi todas las manos se levantaron y la multitud volvió a gritar: '¡Pelotón de fusilamiento! ¡Pelotón de fusilamiento!'"A juicio del Embajador de EE. UU. en Cuba Philip Bonsal, Castro usó la acción de Díaz Lanz, que caracterizó como un "bombardeo", para crear una reacción masiva y reprimir los problemas planteados por la renuncia de Huber Matos. Después del mitin, Fidel Castro convocó una reunión del gobierno para determinar el destino de Matos. El Che Guevara y Raúl Castro favorecieron la ejecución y 3 ministros que cuestionaron la versión de los hechos de Castro fueron reemplazados inmediatamente por leales al gobierno. Castro decidió no ejecutarlo y explicó que "no quiero convertirlo en un mártir".
En La Habana ocurrió una manifestación de jóvenes católicos contra el arresto de Huber Matos. Alrededor de un millón de personas salieron a esta procesión. Poco después de la detención de Matos, varios otros economistas desilusionados enviarían sus renuncias. Felipe Pazos renunciaría como titular del Banco Nacional y sería reemplazado dentro de un mes por el Che Guevara. También renunciaron los miembros del gabinete Manuel Ray Rivero y Faustino Pérez.