Antonio Pérez del Hierro (¿?, 1540-París, 7 de abril de 1611) fue el secretario de cámara y del Consejo de Estado del rey de España Felipe II. Era hijo de Gonzalo Pérez, secretario, a su vez, de Carlos I. Juzgado culpable en los cargos de traición a la Corona y del asesinato de Juan de Escobedo, usó su ascendencia aragonesa (la familia procedía de Monreal de Ariza) para acogerse a la protección del Justicia Mayor de Aragón, y así ganar tiempo y apoyos para evadir la justicia real y poder huir a Francia.
Su lugar de nacimiento es discutido. Se sabe que en 1542 fue legitimado por el emperador como hijo de Gonzalo Pérez, uno de los más prestigiosos secretarios de Carlos I. Puesto que Gonzalo había sido ordenado sacerdote, sus enemigos le acusaron de haber engendrado a Antonio tras su ordenación, acusación siempre negada por Gonzalo pero que empañaría el origen de Antonio. Por otra parte, Gregorio Marañón considera que hay indicios de que Antonio podría haber sido hijo natural del príncipe de Éboli (Ruy Gómez de Silva), en cuyas tierras se crio y cuya protección recibió en diversas ocasiones, prestándose Gonzalo Pérez a admitir su paternidad como favor al destacado aristócrata. En cualquier caso, fue educado en las más prestigiosas universidades de su tiempo, como las de Alcalá de Henares, Salamanca, Lovaina, Venecia y Padua.
Su padre, Gonzalo Pérez, le inició en los asuntos de Estado. Antonio fue nombrado, en 1553, secretario del príncipe (y luego rey) Felipe. En 1556 el emperador Carlos abdica y deja a su hijo Castilla (que incluye los territorios americanos), Aragón (que incluye los reinos italianos de Cerdeña, Nápoles y Sicilia), Borgoña (Países Bajos, Luxemburgo y Franco condado) y el ducado de Milán. Proclamado Felipe II rey, Antonio Pérez continúa como su secretario particular mientras su padre, Gonzalo Pérez, sigue como secretario de Estado.
Gonzalo Pérez muere en 1566 y su hijo Antonio es nombrado secretario de Estado un año más tarde, aunque sus competencias fueron recortadas respecto a las de su padre, haciéndose cargo solamente de los asuntos atlánticos (Países Bajos, Francia, Inglaterra y Alemania). A través de su secretaría en el Consejo de Castilla también tenía acceso a la correspondencia interna. Los asuntos del Mediterráneo quedaron al cargo de Diego de Vargas, tras cuya muerte Antonio intentó por todos los medios conseguir asimismo esa secretaría. Esto hizo que Felipe II comenzara a desconfiar de él. Con el apoyo del marqués de los Vélez y el arzobispo Quiroga, Antonio Pérez pidió para sí la oficina vacante de Vargas en 1568, a lo cual se opusieron el conde de Chinchón y todos los que temían al poder de Antonio Pérez. Felipe II concedió finalmente los asuntos mediterráneos e italianos a Gabriel de Zayas.
Durante sus primeros diez años de secretario, Antonio Pérez ejerció una gran influencia sobre Felipe II, el cual normalmente seguía sus consejos reconociendo su inteligencia, conocimiento en los asuntos del Estado e instinto infalible. Esta confianza real le sirvió para conseguir más poder y, como la mayoría de sus contemporáneos, enriquecerse en su cargo.
Ya desde la época de Carlos I existían dos facciones en la Corte española: La parte «liberal» encabezada por Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli, y su secretario Francisco de Eraso; y la parte «conservadora» encabezada por Fernando Álvarez de Toledo y Pimentel, III duque de Alba de Tormes, y el inquisidor general Fernando de Valdés. Tras la muerte del príncipe de Éboli, en 1573, Antonio Pérez pasó a encabezar la facción liberal y comenzó su asociación con Ana de Mendoza de la Cerda, princesa de Éboli, siendo provechosa para Antonio por mejorar su relación con la aristocracia, y que benefició económicamente a ambos. Antonio Pérez reveló a la princesa de Éboli secretos de Estado y juntos traficaron con información gubernamental. En su contra estaban el duque de Alba, los Álvarez de Toledo y el conde de Barajas.
Durante el gobierno de Juan de Austria en los Países Bajos, Antonio Pérez y sus aliados (el marqués de los Vélez y el cardenal Quiroga) aconsejaban al rey una paz negociada con los rebeldes y una invasión de Inglaterra, consejo que el rey ignoró por el momento, pues no se consideraba preparado para dicha invasión. Por razones desconocidas, Antonio Pérez jugó con las ya tensas relaciones entre Felipe II y su hermano Juan de Austria e hizo parecer a los ojos del rey como subversivas las pretensiones de este acerca de Inglaterra. Pero Felipe II ya desconfiaba de su secretario, por lo que en 1578, Juan de Escobedo (secretario de Juan de Austria) llegó a la Corte para explicar la posición de su maestro al rey, lo cual podía dejar al descubierto a Antonio. Por ello, Antonio culpó a Escobedo por las ambiciones de don Juan y aconsejó al rey eliminarlo.
El rey parece que accedió a que Escobedo fuese eliminado. Antonio Pérez primero hizo un intento fallido de envenenamiento y luego contrató a un grupo de asesinos que acabaron con la vida de Escobedo en Madrid el 31 de marzo de 1578.
Pronto se esparció un rumor acerca de su implicación en el asesinato de Juan de Escobedo. Felipe II intentó en un principio proteger a Antonio Pérez, en parte por su propio sentimiento de culpabilidad y en parte por lo que podía revelar, pero cuando su hermano don Juan murió y sus documentos llegaron a Madrid, descubrió la trama y mentiras de Antonio Pérez, dándose cuenta de que don Juan siempre había sido leal. Considerándose traicionado, Felipe II empezó a desconfiar de la asociación de Antonio Pérez y la princesa de Éboli, y sospechaba de un tráfico de secretos de Estado.
En la noche del 28 de julio de 1579, Antonio Pérez fue detenido tras salir de su despacho en Madrid. La princesa de Éboli, asimismo, fue puesta bajo custodia, primero en la Torre de Pinto, luego en el castillo de Santorcaz y, finalmente, fue recluida en su propio palacio de Pastrana, donde pasó el resto de su vida. Años después, el puesto de Antonio Pérez fue ocupado por Granvela.
Antonio Pérez tenía libertad para moverse por Madrid, siendo vigilado continuamente por la Corona, pues el rey necesitaba sus documentos (los cuales podían inculparle a él también en el asesinato de Escobedo). Más tarde, los Escobedo y sus aliados, tras presionar en la Corte, consiguieron que Antonio Pérez fuera detenido por segunda vez en 1585 bajo los cargos de tráfico de secretos y corrupción (sin mencionar el asesinato); fue encontrado culpable y condenado a dos años de prisión y una enorme multa. En 1590 reconoció bajo tortura su implicación en el asesinato de Escobedo.
En abril de 1590, ayudado por su esposa Juana Coello, Antonio Pérez escapó de su prisión en Madrid y huyó a Zaragoza, donde se aprovechó de la protección especial que le aseguraban los fueros aragoneses. En el Reino de Aragón encontró el apoyo de los nobles Fernando de Gurrea y Aragón, duque de Villahermosa, Luis Ximénez de Urrea y Enríquez, conde de Aranda, y especialmente de Diego de Heredia (hijo del conde de Fuentes, considerado de la baja nobleza). Mientras tanto y durante su ausencia, en Madrid fue condenado a muerte sin saberlo.
Felipe II hizo un alegato contra Antonio Pérez ante el Justicia de Aragón por los cargos del asesinato de Escobedo, tráfico de secretos de Estado y huida de prisión. El Justiciazgo aragonés era una antigua institución medieval que existía desde 1115, era considerada (después del Rey) como la segunda institución más importante del Reino de Aragón, está no podía ser influenciada ya que era independiente al poder real, era también el órgano encargado de hacer cumplir y defender los fueros de Aragón frente a los abusos del rey o cualquier potencia agresora, externa o interna (el famoso lema: "En Aragón antes fueron leyes que reyes" haría referencia al legendario fuero de Sobrarbe, el más antiguo según las crónicas aragonesas). En pocas palabras, el Justicia hacía de juez encargado de dirimir los conflictos entre la monarquía reinante y los aforados, así como mediador entre ambos, y protector de los derechos aragoneses. Después de los Reyes Católicos, la norma era que todos los reyes de España debían jurar los fueros aragoneses al llegar al trono, de lo contrario no podrían ser reyes de Aragón, renunciando a su vez a los estratégicos territorios mediterráneos dominados por dicha Corona.