Antonio Machado y Núñez (Cádiz, 30 de marzo de 1815 - Madrid, 2 de julio de 1896) fue un médico, antropólogo, zoólogo y geólogo español. Fue profesor en Cádiz, Sevilla y Madrid y se erigió como uno de los introductores del darwinismo en España. En lo político, era de ideología liberal progresista.
Fue padre del folclorista Antonio Machado y Álvarez, apodado Demófilo, y abuelo de los poetas Antonio y Manuel Machado.
Estudió Historia Natural y Botánica en el Colegio de Medicina y Cirugía de Cádiz, siendo su profesor Manuel José de Porto. En este centro, se graduó como bachiller en Filosofía en 1831. Luego ejerció de médico en el Ejército del Norte durante la primera guerra carlista. Tras regresar a Cádiz, en 1836 realizó un curso de Matemáticas, en 1837 se licenció en Medicina y en 1838 obtuvo el título de doctor en Medicina y Cirugía. Entre 1839 y 1840 hizo un curso de Química.
Trabajó como médico titular del Puerto de Cádiz y como profesor auxiliar en el Colegio de Medicina.
Entre 1840 y 1841 estuvo en La Habana, en San Salvador y en Guatemala, donde vivía su hermano Manuel. La Universidad Central de Guatemala le dio a Antonio un doctorado honorífico. Durante su estancia en San Salvador tuvo conocimiento del cercano volcán de Izalco, que se encontraba activo, y percibió frecuentes terremotos. Durante su estancia en Guatemala se informó de la erupción del volcán Cosigüina de Nicaragua de 1835, que se sintió en Guatemala, y sobre la que escribió en su artículo De los terremotos o temblores de tierra de 1859. En América, tuvo la oportunidad de ver naturaleza salvaje, fósiles y restos arqueológicos.
En 1841 se trasladó a Cádiz y, ese mismo año, fue a París. Estudió en la Universidad de la Sorbona con personalidades del mundo académico como Mateo Orfila, padre de la toxicología moderna, o Constant Prevost, geólogo. Prevost era cercano a las tesis del geólogo escocés Charles Lyell, que había influido en Darwin.
Desde París, Antonio hizo viajes a Alemania y a Bélgica.
En 1843 se instaló en Sevilla, donde se dedica a la medicina. Por estas fechas impartió un ciclo de conferencias sobre geología en la Sociedad Económica de Amigos del País y asistió a clases de lengua griega impartidas por el sacerdote José de Oria.
Tras aprobar unas oposiciones, en 1844 pasó a ser catedrático de Física y Química Médicas en la Facultad de Ciencias Médicas de Cádiz. El gobierno había suprimido el Colegio de Medicina y esta facultad estaba sostenida económicamente por el ayuntamiento gaditano y por la Junta de Comercio.
En 1845 se aprobó el Plan Pidal, que reformó los estudios universitarios. Antonio se tuvo que trasladar a la Universidad de Santiago de Compostela para ser catedrático de Física y Química.
Antes de partir para Santiago de Compostela, contrajo matrimonio en Sevilla con Cipriana Álvarez Durán.
Cipriana había nacido el 16 de septiembre de 1827 en Sevilla. Era hija de José Álvarez Guerra, autor del libro Unidad simbólica y destino del hombre en la tierra o filosofía de la razón, editado en Madrid en 1837 y en Sevilla en 1857. Esta obra anticipaba tesis krausistas, doctrina traída de Alemania más adelante por Julián Sanz del Río.
Cipriana era sobrina de Agustín Durán, autor del Romancero general y reivindicador del teatro español del Siglo de Oro.
Cipriana era una mujer cultivada y poseía dotes artísticas, sobre todo hacia la pintura.
El 6 de abril de 1846 nació en Santiago de Compostela el único hijo del matrimonio, el folclorista Antonio Machado y Álvarez Demófilo, padre a su vez de los poetas Antonio y Manuel Machado, que cerraron esta ilustre saga. Antonio Machado y Ruiz declaró que había aprendido a leer con el Romancero general.
En 1846 Antonio Machado y Núñez tomó posesión de la cátedra de Mineralogía y Zoología de la Facultad de Filosofía de la Universidad de Sevilla.
En 1848 entró como miembro supernumerario en la Real Academia Sevillana de Buenas Letras con un discurso titulado Caracteres diferenciales de los animales y los vegetales.
Por orden del ministro Bravo Murillo de enero de 1849, creó el Gabinete de Historia Natural de Sevilla. Este llegó a contar con una nutrida colección de animales disecados y minerales. Fue creciendo con donaciones y con adquisiciones que Antonio Machado y Núñez llevaba a cabo en España y en el extranjero, especialmente en Francia, a donde viajaba con frecuencia. Llegó a ser el segundo gabinete de historia natural más importante de España.