En los primeros años de la República brasileña, mientras el país aún intentaba definir los contornos de su nuevo régimen político, las tensiones entre las fuerzas armadas y el gobierno central alcanzaron un punto de ruptura. La Rebelión de la Armada fue el nombre dado a dos episodios distintos de revuelta protagonizados por unidades de la Marina de Brasil, ambos motivados por el descontento con el rumbo autoritario que estaban tomando los primeros gobiernos republicanos. Los movimientos ocurrieron en momentos diferentes, pero compartían la misma esencia: la resistencia de oficiales navales a la concentración de poder en manos del Ejército.
El primer episodio tuvo lugar en noviembre de 1891 y fue una reacción directa a una de las acciones más polémicas del mariscal Deodoro da Fonseca, entonces presidente de la República. Presionado por una grave crisis económica y sin lograr negociar salidas políticas con la oposición, Deodoro tomó una decisión que violaba abiertamente la Constitución recién promulgada ese mismo año: ordenó cerrar el Congreso Nacional. La medida generó una reacción inmediata en la Marina. Unidades estacionadas en la bahía de Guanabara, bajo el mando del almirante Custodio de Melo, se sublevaron y amenazaron con bombardear la ciudad de Río de Janeiro, capital de la República. Ante la inminencia de un conflicto armado, Deodoro optó por la renuncia el 23 de noviembre de 1891, tras solo nueve meses en el cargo.
Con la salida de Deodoro, el vicepresidente Floriano Peixoto asumió el poder en 1892. La transición, sin embargo, abrió una nueva disputa constitucional. La Constitución de 1891 establecía que, si la presidencia o vicepresidencia quedaban vacantes antes de completarse dos años de mandato, debían convocarse nuevas elecciones. La oposición comenzó a acusar a Floriano de mantenerse ilegalmente al frente de la nación, y el terreno para un nuevo conflicto quedó sembrado.
El segundo episodio, conocido como la Segunda Rebelión de la Armada, comenzó a tomar forma en marzo de 1892, cuando trece generales enviaron una carta-manifiesto a Floriano exigiendo la convocatoria de elecciones presidenciales. El presidente respondió con mano dura, ordenando la detención de los líderes del movimiento. La tensión fue escalando en los meses siguientes hasta estallar con toda su fuerza el 6 de septiembre de 1893, cuando un grupo de altos oficiales de la Marina formalizó la rebelión y exigió la realización inmediata de elecciones.
Entre los rebeldes había nombres de peso: los almirantes Saldanha da Gama, Eduardo Wandenkolk y Custodio de Melo, quien había sido ministro de Marina y era candidato declarado a la sucesión presidencial. La adhesión de estos oficiales expresaba también un descontento más profundo de la Marina respecto al prestigio político que el Ejército acumulaba en detrimento de la fuerza naval. En el movimiento se sumaban además jóvenes oficiales y una parte significativa de monárquicos que veían en la inestabilidad republicana una oportunidad de recuperación.
La revuelta, sin embargo, no logró conquistar el apoyo popular que esperaba en Río de Janeiro. A partir del 13 de septiembre, embarcaciones blindadas de los rebeldes intercambiaron disparos con la artillería de los fuertes controlados por el Ejército leal al gobierno. Hubo combates intensos en la Punta de la Armería, en Niterói, donde fuerzas gubernamentales compuestas por batallones de la Fuerza Pública y de la Guardia Nacional sumaban alrededor de 3 mil hombres. La violencia de los enfrentamientos fue tal que la capital fluminense, entonces ubicada en Niterói, llegó a ser trasladada a Petrópolis en 1894, regresando a su lugar original recién en 1903.
Sin perspectivas de victoria en la bahía de Guanabara, los rebeldes se desplazaron hacia el sur del país. Parte de los efectivos desembarcó en Desterro, la actual Florianópolis, en un intento de articular una alianza con los federalistas gaúchos que libraban su propio conflicto en Río Grande do Sul. La estrategia, sin embargo, no produjo los efectos esperados, y la revuelta fue perdiendo fuerza progresivamente.
Un factor decisivo para la derrota de los rebeldes fue la intervención estadounidense. Estados Unidos, que ya había ejercido influencia entre bastidores durante el primer episodio al presionar por la renuncia de Deodoro, volvió a intervenir en 1894. Tras informes de ataques a tres barcos estadounidenses por parte de los rebeldes, Washington envió una escuadra a Río de Janeiro. Floriano había adquirido buques de guerra en el extranjero a través del empresario y banquero estadounidense Charles Ranlett Flint —una flota que fue conocida tanto como "flota de papel" por los opositores como "Escuadra Flint" por los gobiernistas—. Los cruceros estadounidenses al mando del almirante Benham rompieron a tiros el bloqueo que los rebeldes mantenían sobre el puerto de Río el 29 de enero de 1894, sellando definitivamente el destino de la revuelta.
En marzo de 1894, la rebelión estaba vencida. La dureza con la que Floriano Peixoto enfrentó los dos movimientos revolucionarios consolidó su imagen de gobernante implacable, ganándole el apodo con el que quedaría para siempre en la historia brasileña: el Mariscal de Hierro. La Rebelión de la Armada, por su parte, pasó a los registros como uno de los episodios más turbulentos de la llamada República de la Espada, período inicial en el que los militares dominaban la escena política del país y la estabilidad institucional era, en el mejor de los casos, una aspiración aún lejana.