Das Logo besteht aus einer Kugel, die sich aus Puzzleteilen zusammensetzt und nicht abgeschlossen ist, weil am oberen Pol mehrere Teile fehlen. Die einzelnen Puzzleteile tragen die Aufschrift von Glyphen verschiedener Schriftsysteme. Unter der Kugel wird auf den Webseiten die Wortmarke der jeweiligen Sprachversion angezeigt.
Es wird angenommen, dass der erste, der die Idee hatte, das Internet zur gemeinsamen Entwicklung einer Enzyklopädie zu verwenden, der Internet-Pionier Rick Gates war. In einem nicht mehr erhaltenen Beitrag am 22. Oktober 1993 stellte er die Idee in einer Newsgroup im Usenet zur Diskussion. Das Projekt, das den Namen Interpedia erhielt, kam jedoch nicht über das Planungsstadium hinaus. Auch der 1999 von Richard Stallman angeregten GNUPedia war kein Erfolg beschieden.
Im März 2000 startete der Internet-Unternehmer Jimmy Wales mit dem damaligen Doktoranden der Philosophie Larry Sanger über das Unternehmen Bomis ein erstes Projekt einer englischsprachigen Internet-Enzyklopädie, die Nupedia. Der Redaktionsprozess der bisherigen Enzyklopädien diente der Nupedia als Vorbild: Autoren mussten sich bewerben und ihre Texte anschließend ein Peer-Review-Verfahren durchlaufen, wobei Sanger als Chefredakteur amtierte.
Am 20. Juni 2003 schließlich kündigte Wales die Gründung der gemeinnützigen Wikimedia Foundation an. Er übereignete ihr die Namensrechte (die bei Bomis oder ihm persönlich lagen) und später ebenfalls die Server. Im September wurde Nupedia eingestellt. Die Foundation ist mit einer Stiftung vergleichbar, insofern sie keine Mitglieder hat. Geleitet wird sie von einem Board of Trustees (Kuratorium oder Stiftungsrat). Wales ist eines der ständigen Kuratoriumsmitglieder.
Währenddessen intensivierte man, etwa in Deutschland, die Kooperation mit Wissenschaftseinrichtungen. So kam es zu einem Kooperationsvertrag zwischen Wikimedia Deutschland und dem Bundesarchiv über die kostenlose Bereitstellung von mehr als 80.000 Bildern. Im März 2009 kam es zu einem ähnlichen Vertrag mit der Universitätsbibliothek Dresden. Sie stellte 250.000 Bilddateien aus der Deutschen Fotothek zur Verfügung. 2009 stellte das Niederländische Königliche Tropeninstitut der Wikimedia 49.000 Abbildungen zur Verfügung, am 6. September 2010 folgte das Nationaal Archief mit 13.000 Abbildungen.