Ferner gibt es nationale Non-Profit-Organisationen, sogenannte chapters und user groups. Sie sind mit der WMF vertraglich verbunden. Ein derartiger Vertrag ist auch die Basis, wie die über die Webseiten gespendeten Beträge aufgeteilt werden. Inhaberin der Internetdomänen ist meistens die Wikimedia Foundation; die Benutzung der eingetragenen Marken ist reglementiert. In den deutschsprachigen Ländern haben die Chapters die Rechtsform des Vereins gewählt: Wikimedia Deutschland e. V., Wikimedia Österreich und Wikimedia CH. 2012 hat die WMF angekündigt, neben den nationalen Vereinen auch thematische Vereine, losere user groups und eine Art von partners anerkennen zu wollen.
Die Wikimedia Foundation Inc. ist eine gemeinnützige Organisation (non-profit corporation) gem. United States Internal Revenue Code (26 U.S.C. § 501(c)) nach dem Recht des amerikanischen Bundesstaates Florida. Die Gesellschaft hat Gründungsparagraphen (Articles of Incorporation) und eine Satzung (by-law), umfassende Leitungsmacht hat das Kuratorium (Board of Trustees).
Den Namen „Wikimedia“ erfand Sheldon Rampton, amerikanischer Autor und Betreiber von SourceWatch (vormals Disinfopedia).
Das höchste Gremium der Foundation ist das Board of Trustees, das Kuratorium. Es setzt sich zusammen aus drei indirekt von der Community gewählten, vom Board bestellten Mitgliedern, zwei von den nationalen Organisationen (Chaptern) ausgewählten, vom Board bestellten Vertretern, vier direkt vom Board bestellten Mitgliedern und dem vom Board jährlich zu bestätigenden Gründer Jimmy Wales. Ferner gibt es weitere Gremien wie einen Beirat und Arbeitsgruppen.
Juni 2003 – Oktober 2006: Jimmy Wales
Oktober 2006 – Juli 2008: Florence Nibart-Devouard
Juli 2008 – Juli 2010: Michael Snow
Juli 2010 – Juli 2012: Ting Chen
Juli 2012 – August 2013: Kat Walsh
August 2013 – Juli 2015: Jan-Bart de Vreede
Juli 2015 – Juni 2016: Patricio Lorente
Juni 2016 – Juli 2018: Christophe Henner
Juli 2018 – Juni 2021: María Sefidari
seit Juni 2021: Nataliia Tymkiv