Johann Werner Marx (* 20. Oktober 1746 in Elsdorf; † 2. April 1806 in Köln) war Generalvikar des Erzbischofs von Köln.
Marx wurde am 22. September 1770 zum Priester geweiht, und 1778 zum Lic. theol. promoviert. Er wurde Kanoniker am Stift St. Andreas und Pfarrer der dazugehörigen Pfarrkirche St. Paul. Seit 1786 auch Stiftsdechant, ernannte ihn der Generalvikar Johann Philipp Jakob von Horn-Goldschmidt nach der Flucht vor den Franzosen am 10. Oktober 1794 zum interimistischen Generalvikar für die besetzten Gebiete links des Rheins, worin ihn der Kölner Erzbischof Maximilian Franz von Österreich, nach dem Tod des Generalvikars, am 2. Januar 1797 abermals bestätigte. Nach dem Untergang des Erzbistums und der Aufhebung des Andreasstiftes wurde Marx Dompfarrer in Köln. Nach dem Tod des Erzbischofs am 26. Juli 1801 wurde Marx von Papst Pius VII. als Apostolischer Vikar für den linksrheinischen Teil der alten, von Napoleon Bonaparte aufgelösten Kölner Erzdiözese eingesetzt.
Peter Mösgen: Untergang und Wiedererrichtung des Erzbistums Köln., Seminararbeit, Wintersemester 1989/1990, S. 6–7 online (PDF; 128 kB, S. 7–8.)
Kirchenkampf am Niederrhein 1794–1801 auf epoche-napoleon.net
Liste der Kölner Generalvikare
Kurzbiografie auf epoche-napoleon.net