Die Universität Rostock wurde im Jahre 1419 gegründet und ist damit die älteste Universität im Ostseeraum und eine der ältesten Hochschulen Deutschlands.
Im Wintersemester 2025/26 waren 12.775 Studierende immatrikuliert, darunter auch viele Erasmus- und weitere Auslandsstudenten. 2025 begannen insgesamt 3.558 Fachanfänger ein Studium an der Universität, etwa die Hälfte davon kam aus Mecklenburg-Vorpommern, 14,6 % kamen aus dem Ausland. 2023 lehrten in Rostock 303 Professoren. Insgesamt werden von der Universität etwas mehr als 2.900 Mitarbeiter (darunter ca. 850 in der Universitätsmedizin) direkt beschäftigt. Die Universität Rostock gilt auf Grund ihres umfangreichen Studienangebots als Volluniversität. Die Mehrheit der über 100 Studiengänge in zehn Fakultäten wird mit Master- und Bachelorabschlüssen angeboten, daneben gibt es aber auch Staatsexamina, insbesondere im Lehramtsstudium. In einem 2018 veröffentlichten Ranking von Times Higher Education wurde die Hochschule als die schönste Universität Deutschlands und die viertschönste Europas gelistet.
Vier Nobelpreisträger haben in Rostock studiert oder geforscht: Albrecht Kossel, Karl von Frisch, Hans Spemann und Otto Stern. Das Drittmittelvolumen der Hochschule lag im Jahr 2025 bei über 73 Millionen Euro. Im Umfeld der Universität haben sich durch Institute, Gründungen und Unternehmensansiedlungen Cluster der Wirtschaft und Forschung in Bereichen der Spitzentechnologie gebildet. Vor allem in den Sektoren Biotechnologie, Medizin und Lebenswissenschaften (zum Beispiel BioCon Valley und DZNE), Nanotechnologie und Chemie (LIKAT), in der Lichtforschung und Photonik, Agrar- und Umweltwissenschaften, in der maritimen Forschung (IOW) sowie in der Erforschung von Bereichen der Datenverarbeitung und Informationsgesellschaft (Fraunhofer-Institut für Graphische Datenverarbeitung) haben sich bedeutende Vertreter angesiedelt. Auch die demografische Forschung im Umfeld der Rostocker Universität, die über mehrere Sonderforschungsbereiche und Graduiertenkollegs, verfügt, ist von Weltrang, vor allem mit dem zuständigen Max-Planck-Institut.
Die Universität wurde 1419 von den Herzögen Johann IV. und Albrecht V. von Mecklenburg und dem Rat der Hansestadt Rostock als erste Hochschule im Norden des Heiligen Römischen Reiches und als erste Universität im gesamten Ostseeraum gegründet. Wer der Initiator der Gründung war, ist aufgrund fehlender Quellen unklar; fest steht aber, dass sie anfangs zum großen Teil durch die Bürgerschaft der Hansestadt Rostock finanziert wurde. Das Ersuchen wurde im Jahre 1418, also gleich nach dem Ende des Abendländischen Schismas, ausgearbeitet und unter Mitwirkung des Schweriner Bischofs Heinrich II. von Nauen verschickt. Ein solches Ersuchen konnte zur damaligen Zeit nur von Landesfürsten, Königen oder Kaisern an den Papst gerichtet werden, nicht von Städten. Papst Martin V., der 1418 auch den über Herzog Johann IV. verhängten Kirchenbann aufgehoben hatte, stellte jedenfalls nach Prüfung des Wahrheitsgehalts der Angaben im Antrag am 13. Februar 1419 eine päpstliche Bulle aus, mit der er die Gründung zuließ.
Die feierliche Eröffnung der Universitas Rostochiensis erfolgte am 12. November 1419 unter ihrem Kanzler Bischof Heinrich III. von Wangelin, der auch den ersten Rektor, Petrus Stenbeke, bestellte. In der Bundesrepublik Deutschland gibt es nur zwei Universitäten, die älter sind und ebenfalls ohne Unterbrechung seit dem Spätmittelalter bis heute bestehen: die Universität Heidelberg (1386) und die Universität Leipzig (1409).
Der Lehrbetrieb in Rostock begann in bereits bestehenden Gebäuden nahe der Petrikirche und dem Zisterzienserkloster „Zum Heiligen Kreuz“. Anfangs bestand die Hochschule aus einer juristischen und einer medizinischen Fakultät sowie der Facultas artium (heute die philosophische Fakultät). Wegen häretischer Strömungen im Reich blieb die Universität aber bis 1433 ohne die übliche theologische Fakultät. Erst als der Papst Eugen IV. im Jahre 1432 der Errichtung einer theologischen Fakultät zustimmte, waren die vier mittelalterlichen Traditionsfakultäten für ein „Studium generale“ vollständig.
Infolge politischer Wirren musste die Universität auf kirchlichen Druck und unter der Vorgabe eines Interdikts durch das Basler Konzil im Jahre 1437 zeitweilig nach Greifswald umziehen. Dieser Auszug dauerte bis 1443 an, obwohl bereits 1440 das Interdikt aufgehoben worden war. 1487 bis 1488 (nach anderen Aussagen bis 1492) befand sich der Sitz der Universität aufgrund eines weiteren Auszugs im Zusammenhang mit der Rostocker Domfehde in der Hansestadt Lübeck.
Frühe Neuzeit: Blüte und Niedergang
Im 15. und 16. Jahrhundert war die Universität Rostock mit 400 bis 500 Studenten aus ganz Norddeutschland sowie besonders aus Holland, Skandinavien und dem Baltikum eine der bedeutendsten Universitäten in Deutschland. Ein berühmter Student war in dieser Zeit Ulrich von Hutten, der 1509 von Greifswald kommend in Rostock eintraf und hier sein Studium weiterführte. Er schwärmte vom „beschwingten Geiste und der Freiheit“, die in Rostock herrschten. Einige Zeit später als die Stadt Rostock wurde die Universität 1542 protestantisch. Wenig später legten der Rat der Stadt und der Herzog einen längeren Streit über die Finanzierung der Universität und die Besetzung der Professuren bei und ermöglichten der Hochschule so eine erste Blütezeit.
Ab 1566 war Tycho Brahe für zwei Jahre Student an der Rostocker Universität. Während dieser Zeit war er in ein Duell verwickelt, das ihn die Nase kostete. Der Anlass des Streites war eine mathematische Formel. Die Universität gilt als die erste, an der das Kopernikanische Weltbild gelehrt wurde, nachdem der Rostocker Dozent Duncan Liddel es in modifizierter Form übernommen hatte. Beim Universitätsjubiläum im Jahre 1600 wurde die Theaterkomödie Cornelius Relegatus (lat. „der von der [Universität] verwiesene Cornelius“), auch „der verbummelte Cornelius“, von Albert Wichgreve (um 1575–1619) uraufgeführt, die auf satirische Weise die unrühmliche Laufbahn eines gescheiterten Studenten des 16. Jahrhunderts schildert und für lange Zeit die Ansichten der Öffentlichkeit vom Leben eines Bummelstudenten prägte. Gleichzeitig ist das Stück ein Dokument der akademischen Sitten und Gebräuche des ausgehenden 16. Jahrhunderts. Das Stück erzielte einen enormen Publikumserfolg mit außergewöhnlicher Langzeitwirkung.
Eine der wichtigsten Einrichtungen für die Studenten und Mitarbeiter ist die bereits 1569 gegründete Universitätsbibliothek, die aus drei Bereichsbibliotheken, 10 Fachbibliotheken, dem Universitätsarchiv, der Kustodie und dem Patent- und Normenzentrum besteht. Sie hat heute einen Bestand von rund 2,2 Mio. Bänden. Sie besitzt außerdem einen umfangreichen Altbestand, der auch ca. 2.800 Handschriften und Autographen, 650 Inkunabeln und 14 Nachlässe enthält.
Humanismus und Luthertum waren bestimmend für die Rostocker Universität; zugleich war sie zusammen mit der Universität Rinteln und der Universität Wittenberg („Leucorea“) eine führende gutachterliche Universität während der Hexenprozesse. Die Spruchpraxis an den allgemeinen deutschen juristischen Fakultäten war recht unterschiedlich; die juristischen Fakultäten der Universitäten Helmstedt („Academia Julia“) und Rinteln galten dabei als „hardliner“ in Sachen Hexenverfolgung. Rostock galt als vergleichsweise milde, dennoch war die Hochschule bis ins 18. Jahrhundert an etwa 4000 Hexenprozessen beteiligt.
Infolge des Dreißigjährigen Krieges verlor die Rostocker Universität ihre überregionale Bedeutung und verkümmerte zu einer Hochschule für Landeskinder, zumal ihr seit 1665 neben Greifswald auch die Universität Kiel erfolgreich Konkurrenz machte. Der Stadt Rostock fehlten nun die Mittel für eine angemessene Finanzierung der Hochschule. Vielfach wurden die Lehrstühle nun als Pfründe vererbt, statt an möglichst qualifizierte Bewerber vergeben zu werden. 1760 wurde die Rostocker Hochschule überdies aufgrund von erneuten Konflikten der Stadt mit dem herzoglichen Landesherrn in eine rätliche Universität in Rostock und eine fürstliche Universität in Bützow geteilt und erst 1789 wiedervereinigt. Dieser Streit lähmte die Entwicklung der Hochschule für mehrere Jahre.