Die Thomaskirche in Leipzig ist – zusammen mit der Nikolaikirche – eine der beiden Hauptkirchen der Stadt und als Wirkungsstätte Johann Sebastian Bachs und des Thomanerchores weltweit bekannt. Sie ist das Gotteshaus der Evangelisch-Lutherischen Kirchgemeinde St. Thomas.
Grundmauern einer romanischen Kirche von etwa 1160, als Markgraf Otto der Reiche von Meißen der Burg und dem Burgvorort Libzi das Stadtrecht verlieh, kamen bei archäologischen Grabungen unter dem Chorraum und unter der Vierung zu Tage.
Zwischen 1212 und 1222 wurde diese ältere Marktkirche zur Stiftskirche des neuen Thomasklosters der Augustiner-Chorherren umgebaut. Der Minnesänger Heinrich von Morungen soll dem Kloster anlässlich seines Eintritts eine Reliquie des Hl. Thomas geschenkt haben, die er aus Indien mitgebracht hatte.
Der Thomanerchor wurde bereits 1212 gegründet und ist somit einer der ältesten Knabenchöre Deutschlands. Im Laufe der Geschichte bekleideten immer wieder bedeutende Komponisten und ausübende Musiker das angesehene Amt des Thomaskantors.
Um 1355 baute man den romanischen Chorraum um. Im Jahr 1391 ging die Kirche Sommerfeld vom Kreuzkloster Meißen an die Thomaskirche Leipzig über.
Gegen Ende des 15. Jahrhunderts gelangte die Handels- und Messestadt Leipzig durch Silberfunde im Erzgebirge zu üppigem Wohlstand. Dadurch konnte man es sich leisten, die Leipziger Kirchen innerhalb von etwa 40 Jahren neu zu bauen oder zumindest zu erweitern. So riss man das alte Kirchenschiff 1482 ab und errichtete es in der großteils bis heute bestehenden Gestalt neu. Die Kirche wurde durch den Merseburger Bischof Thilo von Trotha am 10. April 1496 erneut geweiht. Im Laufe der Jahrhunderte erfuhr sie einige An- und Umbauten; am bedeutendsten ist dabei der 68 m hohe Turm, dessen unterstes Geschoss noch aus der Zeit vor 1355 stammt und der im 14. Jahrhundert den achteckigen Aufsatz erhielt. 1537 wurde der obere Teil des Turms (Achteck, Welsche Haube mit Laterne) neu gebaut. Gegen Mitte des 19. Jahrhunderts erhielt er seine jetzige Gestalt.
Der mit einem Aufstieg über 232 Stufen im Rahmen von Führungen zu besichtigende Turm enthielt von alters her die sich über drei Etagen erstreckende Wohnung des Türmers. Diese war von 1533 bis 1917 bewohnt.
Zu Pfingsten 1539 predigte hier der Reformator Martin Luther.
Die äußere Gestalt der Kirche ist vor allem von Renovierungen und Umbauten des 19. Jahrhunderts geprägt. Nachdem die Kirche 1869 vom Besitz des Rates in die Selbstverwaltung der Kirchengemeinde entlassen worden war, fanden rund 30 Jahre lang historisierende Umbauten an der Außenfassade statt. Unter anderem brach man zwei Kapellenanbauten aus dem 17. Jahrhundert sowie einen langgestreckten Vorbau an der Nordwand des Kirchenschiffs, über den die obere Galerie der damals zweistöckigen Nordempore erreicht werden konnte, ab. Die neogotische Schaufassade am Westgiebel wurde 1884 bis 1889 nach Entwürfen von Constantin Lipsius ausgeführt, während gleichzeitig alle gotischen und renaissancezeitlichen Fassadenelemente sowie die fast gesamte barocke Innenausstattung entfernt wurden. Erhalten blieben das gegenüber der Kanzel angebrachte Kruzifix sowie die Gemälde der Superintendenten im Chorraum. Auch die vier hohen Fialen an den Ecken und das Apostelportal an der Nordseite des Langhauses sind Zutaten aus dieser Umgestaltung im späten 19. Jahrhundert.
Neben elf Kindern Bachs wurde u. a. im Jahr 1813 Richard Wagner und 1871 Karl Liebknecht in der Thomaskirche getauft, dessen schriftliche Taufpaten Karl Marx und Friedrich Engels waren.
Beim Luftangriff auf Leipzig am 4. Dezember 1943 entstanden Schäden am gesamten Bauwerk. Beim Angriff wurden auch große Teile der die Kirche einst umgebenden Bebauung zerstört, so dass bei den Wiederherstellungen nach Kriegsende weitere Fassadenumgestaltungen notwendig waren. Hierbei ist vor allem der einheitliche Putz zu nennen, während die durch den Abriss der Anbauten gegen Ende des 19. Jh. zu weiten Teilen freigewordenen Fassadenbereiche zuvor nur aus unverputztem Backsteinmauerwerk bestanden hatten.
1949 wurden die mutmaßlichen Gebeine Bachs, der hier von 1723 bis zu seinem Tod 1750 Thomaskantor war, aus der zerstörten Johanniskirche überführt.
Bei der Innenrenovierung von 1961 bis 1964 wurde versucht, das Bauwerk wieder als spätgotische Hallenkirche wirken zu lassen.
Die EKD stellte zwischen 1973 und 1975 die Summe von 466.000 D-Mark bereit, damit über ein Kirchenbauprogramm in der DDR dieselbe Summe in DDR-Mark für Sanierungs-Bauleistungen dieses Sakralbaus verfügbar war.
Nach der deutschen Wiedervereinigung bot sich die Gelegenheit zu einer großangelegten Restaurierung und Instandsetzung, welche mit der Weihe der Woehl-Orgel zum 250. Todestag Johann Sebastian Bachs großteils vollendet war.
Die dreischiffige Hallenkirche hat eine Gesamtlänge von 76 m. Die Länge des Hauptschiffs beträgt 50 m, die Breite 25 m und die Höhe 18 m. Der Chor ist gegen das Langhaus leicht nach Norden abgewinkelt. Das Dach hat einen ungewöhnlich steilen Neigungswinkel von 63° und ist damit eines der steilsten Giebeldächer Deutschlands. Im Inneren verfügt es über sieben Ebenen (Firsthöhe 45 m). Die Decke des Langhauses besteht aus einem farblich abgesetzten Netzrippengewölbe.
Ein Schnitzaltar mit Predella und vier Flügeln wurde um 1500 aufgestellt. Valentin Silbermann und Michael Treuding fertigten 1587 Standflügel und Aufsatz. Der Altar befindet sich heute in der Lutherkirche in Plauen. In die damalige Gottesackerkirche wurde er 1722 versetzt.
Der barocke Portikus-Altar oder Bornsche Altar in der Thomaskirche zu Leipzig war von 1721 bis 1888 dort aufgestellt. Benannt ist er nach dem Mäzen Jacob Born (1638–1709), Präsident des Leipziger Konsistoriums. Die wesentlichen Künstler waren Giovanni Maria Fossati und der Bildhauer Paul Heermann (1673–1732). Den Marmor zum Bau des Altars stiftete August der Starke. Aus stilistischen Gründen wurde der Altar 1888 entfernt. Nach dem Neubau der Leipziger Johanniskirche durch Hugo Licht wurde ein Großteil des architektonischen Aufbaus im dortigen neobarocken Chorraum als Altar wiederverwendet. Als die Kirche infolge des Luftangriffes vom 4. Dezember 1943 ausbrannte, wurde er vernichtet.