Thomas Haffenecker (* 20. Mai 1669 in Haldensee, Tirol; † 16. November 1730 in Prag) war ein Tiroler Baumeister des Barocks, der als kaiserlicher Hofbaumeister in Böhmen wirkte.
Thomas Haffenecker entstammte einer Tiroler Baumeisterfamilie und ist der Vater von Anton Haffenecker. Ab 1711 arbeitete er in Prag mit Christoph Dientzenhofer und später auch mit dessen Sohn Kilian Ignaz Dientzenhofer zusammen. Haffenecker erhielt 1707 die Bürgerrechte in der Prager Kleinseite. Er entwarf zahlreiche Pläne für Sakralbauten, die zum großen Teil nach seinem Tode realisiert wurden.
Umbau des Jesuiten-Gymnasiums auf der Prager Kleinseite, gemeinsam mit Christoph Dientzenhofer, vollendet durch Kilian Ignaz Dientzenhofer
barocke Umgestaltung der Klosterkirche Mariä Geburt im Kloster Doksany, ca. 1710–1729
Projekt für den Umbau des Schlosses Manětín nach dem Brand von 1712, 1712–1715, realisiert nach seinem Tode durch den Polier Johann Georg Hess aus Reutte
Pläne für die Kirche St. Maria Magdalena in Lázně Bohdaneč, 1715 realisiert
Pläne für den Umbau der Kirche in Moravany, 1728
Pläne für den Umbau der Kirche in Holice, 1729, realisiert 1736–1739 nach seinem Tode
Pläne für den Umbau der Kirche in Vysoké Chvojno, 1729
Umbau des Schwarzenberg-Palais auf dem Hradschin in Fortsetzung der Arbeiten von Marcantonio Canevalle. Die Vollendung erfolgte durch Anton Erhard Martinelli.
Umbau des Prämonstratenserkloster Strahov auf dem Hradschin
Pläne für den Umbau der Kirche Johannes des Täufers in Mýto
Klosterkirche St. Josef des Paulinerklosters in Obořiště, 1702–1711
Klosterkirche Mariä Himmelfahrt in Nová Paka, 1709–1724
Pläne für den barocken Umbau der Kirche Jakobus des Älteren in Kunratice bei Prag, realisiert nach seinem Tode zwischen 1730 und 1736
Vollendung des Palais Clam-Gallas in der Prager Altstadt nach den Plänen von Johann Bernhard Fischer von Erlach, 1714–1718
barockes Pfarrhaus in Mýto, erbaut 1726 – 1727
barocke Wallfahrtskirche Maria Heimsuchung in Hejnice, 1722–1729