Sonthofen ist die Kreisstadt des schwäbischen Landkreises Oberallgäu in Bayern. Sie wurde zur Alpenstadt des Jahres 2005 gekürt. Sie ist die südlichste Stadt Deutschlands.
Das Stadtgebiet liegt in einem Bereich von etwa 750 bis 1689 m ü. NHN am Nordrand der Allgäuer Alpen. Durch die Stadt fließen die Flüsse Iller und Ostrach. Sonthofen ist etwa 60 Kilometer vom Bodensee und 150 Kilometer von München entfernt und die am südlichsten gelegene Stadt Deutschlands. Nach den Eingemeindungen von 1976 grenzt der Grünten an das Gemeindegebiet Sonthofens.
Es gibt 20 Gemeindeteile (in Klammern ist der Siedlungstyp angegeben):
Am Fuße des Kalvarienberges lag vermutlich eine alamannische Siedlung, mit der die Ortsgeschichte begann. Auf der Kuppe vermutet man eine alte Thingstätte. Hier wurde ab 1120 alljährlich ein Frongericht abgehalten. In einer Schenkungsurkunde aus dem Jahr 839 wird erstmals der Ort „Nordhovun in Pago Albegauge“ (Nordhofen) erwähnt, zu dem es vermutlich bereits das Gegenstück „Sunthovun“ (Südhofen) gegeben hat. Nordhofen lag ungefähr im Gebiet zwischen der heutigen B 308 und der Ostrach. Das größere Sunthovun umfasste das Gebiet der heutigen Marktstraße. Mit der wachsenden Population ging Nordhovun in Sunthovun auf und der Ort wurde fortan Sunthoven genannt, welcher 1145 erstmals urkundlich erwähnt wurde. Aus Sunthoven wurde Sundhof, was bis ins späte Mittelalter blieb und später wurde der Ort zu Sonthofen.
Im Jahre 1429 verlieh König Sigismund von Luxemburg auf Vorschlag des Landesherrn und Bischof von Augsburg Kardinal Peter von Schaumberg den Orten Bad Hindelang, Nesselwang und Sonthofen das Recht, jährlich einen fünftägigen Jahrmarkt und einen Wochenmarkt abzuhalten. 1544 genehmigte das Hochstift Augsburg zwei Markttage pro Jahr: den Magnus-Markt am 14. September und den Gallus-Markt am 15. Oktober. Mit dem Marktrecht waren Schutzrechte für Marktbesucher und Händler verbunden sowie die Gerichtsbarkeit. Der Blutbann brachte das Recht mit sich, über Leib und Leben zu richten. Der Reichsvogt, gleichzeitig Vorsitzender des Blutgerichtes, war berechtigt, über die vier todeswürdigen Verbrechen (Mord, Raub, Notzucht, Brandstiftung) abzuurteilen. Der Gedenkstein in der Nordstraße erinnert an den bis 1817 dort existierenden Galgen des Hochgerichtes Sonthofen. Die letzte Hinrichtung in Sonthofen fand 1944 statt. Die Stadt Sonthofen entwickelte sich ab 1812 bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts zu einem Zentrum des Viehhandels für die Alpenländer Bayern, Italien, Frankreich, Österreich und Schweiz, und hatte auch internationale Bedeutung für Händler aus Russland, Schweden und Ungarn. Dreimal jährlich, im März, September und Oktober, kamen Tausende Händler und Schaulustige zusammen und handelten bis zu 6000 Stück Vieh. Ab 1873 konnte für den Transport der Tiere die Eisenbahn genutzt werden.
Am 14. Februar 1525 versammeln sich aufständischen Bauern aus dem Allgäu in Sonthofen, was als Auftakt zum Bauernkrieg als „Sonthofner Tag“ in die Geschichte einging. Vor 1800 war Sonthofen Pflegeamt und gehörte zum Hochstift Augsburg. Mit dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 kam Sonthofen zu Bayern. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde.
Die Bahnstrecke Immenstadt–Sonthofen wurde 1872/73 gebaut und 1888 nach Oberstdorf verlängert. Als zweite Buslinie in Bayern entstand 1905 eine Omnibusverbindung nach Bad Hindelang.
Im Ersten Weltkrieg sowie im Zweiten Weltkrieg war Sonthofen Garnison.
Das NS-Regime ließ während der Aufrüstung der Wehrmacht vor dem Zweiten Weltkrieg 1936 die Jäger-Kaserne und 1938 die Grünten-Kaserne für die Gebirgstruppe errichten.
Überregionale Bedeutung erhielt Sonthofen zur Zeit des Nationalsozialismus durch Stationierung von Wehrmacht und SS-Verbänden. Die NS-Ordensburg diente der NSDAP als Adolf-Hitler-Schule. Nach dem Krieg zählten große Teile Bayerns zur US-Besatzungszone. US-Streitkräfte nutzten die Ordensburg. Diese wurde 1956 von der 1955 gegründeten Bundeswehr übernommen und in Generaloberst-Beck-Kaserne umbenannt. Die Jäger-Kaserne und die Grünten-Kaserne in Sonthofen werden bis heute genutzt.
Sonthofen wurde im Zweiten Weltkrieg zweimal bombardiert: Das erste Mal am 22. Februar 1945; dabei wurden das Käslager, die Spitalkirche und die Genossenschaftsbank getroffen. Der zweite Angriff erfolgte am 29. April 1945; dabei wurde die katholische Pfarrkirche St. Michael getroffen. Einen Tag später wurde Sonthofen von französischen Soldaten besetzt. Sie wurden im Juli 1945 von US-Truppen abgelöst und zogen in die Französische Besatzungszone.
Am 18. August 1963 wurde der bisherigen Marktgemeinde Sonthofen die Bezeichnung „Stadt“ verliehen; 1972 wurde sie zur Kreisstadt des neuen Landkreises Oberallgäu.
1975 geriet Sonthofen in die Schlagzeilen mit dem Vorschlag des bayerischen Ministerpräsidenten und CSU-Vorsitzenden Franz-Josef Strauss, durch eine veränderte Oppositionsstrategie einen Wahlsieg bei der Bundestagswahl 1976 vorzubereiten. Dieser Vorschlag ist als Sonthofen-Strategie bekannt.
Am 1. Januar 1976 wurde im Rahmen der Gebietsreform in Bayern die Gemeinde Altstädten mit Hinang, Beilenberg und Hochweiler eingegliedert.
Wie bereits 1999 richtete auch 2005 eine Hochwasserkatastrophe große Schäden im Stadtgebiet an (Siehe auch Alpenhochwasser 2005). Im selben Jahr erhielt Sonthofen die Auszeichnung „Alpenstadt des Jahres“.
Das Amtsgericht Sonthofen wurde 2008 von Kempten gelöst und eine selbständige Justizbehörde.
Zwischen 1988 und 2018 wuchs die Stadt von 20.037 auf 21.541 um 1.504 Einwohner bzw. um 7,5 %.
Die Einwohnerzahlen ab 1840 beziehen sich auf die heutige Gemeindefläche (Stand: 1987).