Sebastian Peregrin Zwyer (von Evebach) (* 1597 vermutlich in Klingnau; † 15. Februar 1661 in Altdorf UR, Kanton Uri) war ein Schweizer Militär, Diplomat und Politiker aus dem Geschlecht der Zwyer von Evibach.
Zwyer wurde 1610 bereits im Alter von 13 Jahren in das Schweizerregiment in Mailand aufgenommen. 1619 trat er in das habsburgische kaiserliche Heer ein und wurde 1642 Kaiserlicher Feldmarschall-Leutnant. 1644 erwarb er zusammen mit seinem Bruder Johann Franz Zwyer die Herrschaft und Schloss Hilfikon (in heutigen Kanton Aargau) und wurde Statthalter zu Uri und Tagsatzungsgesandter, ab 1648 Landammann. Von 1653 bis 1656 war er Oberbefehlshaber der Schweizer Armee und führte 1653 die innerschweizerischen Truppen („Luzerner Truppen“) im Bauernkrieg. Nach dem ersten Villmergerkrieg 1656 wurde seine Kriegführung gegen Zürich öffentlich angezweifelt und kritisiert. Dies und der von Sigmund von Erlach ausgestellte Schutzbrief für sein Schloss Hilfikon erweckte den Verdacht der Kollaboration mit den Evangelischen. Der daraus entstandene Streit, der Zwyerhandel, entzweite 1656–1661 die ganze Eidgenossenschaft.
Zwyer starb 1661 in Altdorf. Von den zehn Kindern aus der 1619 geschlossenen Ehe mit Maria von Roll, der Tochter des Urner Landammanns Johann Peter von Roll, überleben acht den Vater. Das Geschlecht Zwyers starb 1836 mit Freiherr Franz Sigmund Zweyer, Königlich bayerischer Generalleutnant, aus.
Andreas Suter: Der schweizerische Bauernkrieg von 1653: politische Sozialgeschichte – Sozialgeschichte eines politischen Ereignisses (= Frühneuzeit-Forschungen, Band 3). Bibliotheca-Academica, Tübingen 1997, ISBN 3-928471-13-9 {Habilitationsschrift Universität Zürich 1995).
Hermann Wahlen, Ernst Jaggi: Der Schweizerische Bauernkrieg 1653 und die seitherige Entwicklung des Bauernstandes, Oekonomische und gemeinnützige Gesellschaft des Kantons Bern, Verbandsdruckerei, Bern, 1952, DNB 455346267.
Anselm Zurfluh: Rapporte und Berichte über die Lage der Schweiz an den Kaiserlichen Hof zu Wien 1641-1661 (mehrteiliges Werk), Staatsarchiv Uri, Thesis, Zürich 1993, ISBN 3-908544-01-7.
Anselm Zurfluh: Sebastian Peregrin Zwyer von Evebach. Eine sozio-kulturelle Biographie eines innerschweizerischen Kriegsmannes im Dienste der Habsburger während des Dreissigjährigen Krieges, Staatsarchiv Uri, Thesis, Zürich 1993, ISBN 3-90854-40-5-X.
Gerold Meyer von Knonau: Zwyer, Sebastian Bilgerin. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 45, Duncker & Humblot, Leipzig 1900, S. 575–577.
Beat Emanuel von May, Histoire militaire de la Suisse, Band 7, S.104f
Anselm Zurfluh: Zwyer von Evibach [Zwyer von Evebach], Sebastian Peregrin. In: Historisches Lexikon der Schweiz.
Literatur von und über Sebastian Peregrin Zwyer im Katalog der Deutschen Nationalbibliothek