Die Philipps-Universität Marburg (genannt auch Alma Mater Philippina) umfasst 16 Fachbereiche, deren Einrichtungen über das Marburger Stadtgebiet verteilt sind. Mit 21.162 Studierenden (2024/25) zählt sie zu den mittelgroßen deutschen Volluniversitäten. Sie wurde 1527 von Landgraf Philipp dem Großmütigen als protestantische Hochschule gegründet und ist damit die älteste hessische Hochschule und die älteste noch bestehende Universität, die auf eine protestantische Gründung zurückgeht.
Am 1. Juli 1527 weihte der landgräfliche Kanzler Johann Feige die von Landgraf Philipp mit Befehl vom 30. Mai gegründete Universität feierlich ein. Ihr gehörten damals elf Professoren und 88 Studenten an. Erster Rektor war der Professor der Rechte und Beisitzer am landgräflichen Hofgericht Johannes Eisermann, genannt Ferrarius Montanus, aus Amöneburg. Er hatte die Universität bereits am 20. Mai 1527 eröffnet. Im selben Jahr verlieh er der Universität die erforderlichen akademischen Freiheiten. Am 4. Oktober 1541 folgte mit der Dotationsurkunde die wirtschaftliche Selbstständigkeit der Universität. Im Folgejahr erhielt der Landgraf von Kaiser Karl V. das Universitätsprivileg, das auf dem Reichstag zu Regensburg ausgefertigt wurde und vor dem Hintergrund des Regensburger Vertrags zwischen dem Kaiser und dem Landgrafen zu sehen ist. Erst mit diesem letzten Schritt war die Gründung vollständig abgeschlossen.
Die Hochschule nutzte zunächst in erster Linie die vorhandenen, 1527/1528 säkularisierten Klostereinrichtungen der Dominikaner, Franziskaner und Kugelherren. Sie erhielt von Philipp große Privilegien wie das Recht, einen Abgeordneten zum Landtag zu entsenden. Außerdem wurden die Angehörigen der Universität von Zöllen und Abgaben befreit. Zwei Jahre nach der Universitätsgründung gründete Philipp zur Förderung von begabten Landeskindern die Hessische Stipendiatenanstalt, die heute noch als Studentenwohnheim der Universität existiert und mittlerweile im Marstallgebäude, der Schmiede und dem Zeughaus des Marburger Schlosses untergebracht ist. Die Universität war 1529 Schauplatz des Marburger Religionsgesprächs zwischen Martin Luther, Ulrich Zwingli und Philipp Melanchthon. Der Ruf der theologischen Fakultät zog besonders viele Ausländer, vor allem Schweizer, Dänen, Schweden, Niederländer und Schotten an. So war Patrick Hamilton zeitweise Student an der Philippina, und auch den italienischen Dominikaner-Mönch Giordano Bruno zog es kurzfristig nach Marburg. Das Auftreten von Seuchen (z. B. Englischer Schweiß, Pest) in der Stadt führte im ersten Jahrhundert der Philippina wiederholt zur Verlegung der Universität in benachbarte Städte, so nach Frankenberg (Eder) (1530, 1554, 1564, 1575, 1585, 1611), nach Grünberg (Hessen) (1541/42, 1633), nach Gießen (1633) und nach Kirchhain/Homberg (Efze)/Gemünden (Wohra) (1597); das mit der Universität verbundene Pädagogium wich mehrfach nach Wetter (Hessen) aus.
Bis zu seinem Tod im Jahr 1560 hatte Johann Dryander den medizinischen Lehrstuhl der Marburg Universität inne. Als berufene Nachfolger kamen etwa Petrus Lotichius Secundus, Johannes Villebrochius, der Nürnberger Arzt Georg Palma, Eustachius Quercetanus aus Flandern und Theodor Zwinger in Betracht. Eine längerfristige Neubesetzung (nach kurzer Besetzung mit Justus Velsius aus Frankfurt am Main und anschließend Guglielmo Gratorolo aus Basel) gelang aber erst fünf Jahre später mit der Anstellung von Georg Marius als Professor durch den Landgrafen Wilhelm IV. (Hessen-Kassel) ohne Einwilligung der Universität am 15. November 1565. Eine zweite medizinische Professur erhielt Marburg 1566 mit Victorinus Schönfeldt, der bereits als Mathematikprofessor an der Universität tätig war.
Weitere renommierte Hochschullehrer waren der Theologe Johann Lonitzer, der Rechtswissenschaftler Johann Oldendorp sowie die Philologen Petrus Nigidius der Ältere (1501–1583) und Petrus Nigidius der Jüngere (1536–1602).
In der Zeit von 1580 bis 1628 war Rudolf Goclenius der Ältere Professor für Philosophie, Logik und Ethik an der Philipps-Universität. Er versuchte, wie zahlreiche andere Professoren seiner Zeit, Melanchthons Philosophie mit der von Petrus Ramus zu verbinden. Im Jahr 1609 wurde Johannes Hartmann zum Professor für Chymiatrie berufen und erhielt damit den weltweit ersten pharmazeutisch-medizinisch orientierten Chemie-Lehrstuhl.
Als Landgraf Moritz von Hessen-Kassel, an den die Landgrafschaft Hessen-Marburg 1604 durch Erbe gefallen war, im darauffolgenden Jahr zum Calvinismus übertrat, nahm die Universität unter Zwang ebenfalls das reformierte Bekenntnis an (und behielt es bis zum Ende der konfessionellen Ausrichtung 1866), was viele lutherische Professoren an die 1607 neu gegründete Gießener Universität vertrieb. Als im Jahr 1624 Marburg vorübergehend an das lutherische Hessen-Darmstadt fiel, wurde die Universität von 1625 bis 1649 mit der Gießener Universität vereinigt und danach geschlossen. Am 24. Juni 1653 wurde die Universität von Wilhelm VI. von Hessen-Kassel wiedereröffnet, der den Universitätsstandort des Landes wieder von Kassel nach Marburg verlegte und damit die Universität Kassel schloss. Die Hochschule erlebte danach wegen der Konfessionalisierung und Finanzknappheit schwere Jahre.
Großen Glanz verbreitete an der Hochschule das Wirken des Philosophen Christian Wolff, der, 1723 aus Halle von Friedrich Wilhelm I. vertrieben, dem Ruf des Landgrafen folgte und einen Lehrstuhl in Marburg annahm. Ein Teil der Theologen widersetzte sich zwar seiner Berufung, doch konnte Wolff durch Protektion des Landesherrn bis 1740 an der Philippina lehren, ehe ihn Friedrich II. wieder nach Preußen berief. Wolff zu Ehren wird seit 1999 jährlich in Marburg die Christian-Wolff-Vorlesung veranstaltet. Der Siebenjährige Krieg störte die Entwicklung der Universität, da Hessen fast ununterbrochen Kriegsschauplatz und die Stadt Marburg Festung war.
1785 war die Universität Landstand, da sie bei Landtagen unter den Prälaten Sitz und Stimme hatte, besonderer Teil des Landes, da sie eine eigene Jurisdiktion hatte, und geistliche Stiftung, da sie Kirchengüter besaß, und schließlich gelehrte Anstalt. Rektor war der Landesherr selbst, Kurator der Etats-Minister Freiherr von Fleckenbühl. Der Senat wählte an jedem Neujahrstag den Prorektor. Der Senat bestand aus dem Kanzler, drei Theologen, sechs Juristen, zwei Medizinern und neun Philosophen. Hierzu kamen zwei Lehrer der französischen, ein Lehrer der englischen und ein Lehrer der italienischen Sprache, ein Stallmeister, ein Fechtmeister, ein Tanzmeister, ein Konzertmeister, ein Mechanikus und ein Zeichenmeister. Die Bibliothek war in den juristischen und historischen Fächern gut bestückt, da Johann Georg Estor rund 10.000 Bände gestiftet hatte. Der Ankaufetat betrug 150 Gulden (umgerechnet etwa 6000 bis 7500 Euro) jährlich. Der Universität gehörten zwei Buchhandlungen, eine Druckerei und eine Apotheke.
Einen neuerlichen Aufschwung erfuhr die Hochschule erst unter Napoleon. 1807 kam das Kurfürstentum Hessen mit den benachbarten Gebieten an das neugeschaffene Königreich Westphalen, einen napoleonischen Satellitenstaat, wodurch der Universität Marburg schwere Gefahr erwuchs. Fünf Hochschulen lagen im Gebiet des neuen Staates und mehrere sollten abgeschafft werden. Allerdings traf dieses Schicksal die Universitäten Rinteln und Helmstedt, während Marburg, Göttingen und Halle von den umverteilten Einkünften der aufgehobenen Hochschulen profitieren konnten. Die Universitätsbibliothek wurde durch Zuweisungen aus der Rintelner bedeutend vergrößert. Zum ersten Mal seit geraumer Zeit wurden neue Universitätsgebäude gebaut.
Im Februar 1810 untersagten die westphälischen Behörden den Marburger Studenten das Tragen landsmannschaftlicher Abzeichen und Uniformen. Das führte zu längeren Konflikten zwischen Studentenschaft und den Behörden. Nachdem der Student Stein nach einem Streit mit einem Gendarmen verhaftet und auf dem Marburger Schloss inhaftiert worden war, beteiligten sich am 12. Mai 1811 etwa 200 Studenten, ein Großteil der damaligen Studentenschaft, an einem Auszug nach Gladenbach. Damit wurde sowohl die Freilassung Steins als auch eine Untersuchung gegen den verantwortlichen Beamten erreicht.