Philipp Franz Balthasar Siebold, ab 1801 (Jonkheer) von Siebold (* 17. Februar 1796 in Würzburg; † 18. Oktober 1866 in München), war ein bayerischer Arzt, Japan- und Naturforscher, Ethnologe, Botaniker und Sammler. Er lebte von 1823 bis 1829 sowie von 1859 bis 1862 in Japan. Siebold ist einer der wichtigsten Zeugen des isolierten Japans der späten Edo-Zeit und wird auch im heutigen Japan hochverehrt. Er gilt als Mittler zwischen japanischem und europäischem Kulturverständnis sowie als Begründer der internationalen Japanforschung. Sein offizielles botanisches Autorenkürzel lautet „Siebold“.
Philipp Franz Siebolds Vater war der renommierte, an der Medizinischen Klinik des Juliusspitals den medizinisch-klinischen Unterricht ausbauende Mediziner und erste Würzburger Physiologe (Johann Georg) Christoph Siebold (1767–1798), der Begründer einer in dem Würzburger Freihaus am Inneren Graben 18 am 17. Dezember 1791 (dem Jahr seiner Antrittsvorlesung) eingerichteten Entbindungsanstalt, die bis 1805 bestand; der Vater seinerseits war ein Sohn des 1796 zum Direktor der Medizinischen Klinik am Juliusspital gewordenen Carl Caspar von Siebold, des Begründers der modernen Chirurgie.
Siebolds Mutter war die Ehefrau seines Vaters, Apollonia, geborene Lotz. Die Eltern hatten am 19. Januar 1795 geheiratet und kurz danach eine Wohnung in der Würzburger Marktgasse bezogen. Getauft wurde Siebold am Tag seiner Geburt im Würzburger Dom.
Die Erziehung und Förderung des Knaben übernahm nach dem frühen Tod des Vaters und dem 1805 erfolgten Umzug nach Heidingsfeld bei Würzburg ab 1809 Franz Joseph Lotz, ein Bruder Apollonias, der 1808 als Stadtpfarrer nach Heidingsfeld versetzt worden war. In dessen Haus lebten Philipp Franz von Siebold und seine Mutter ab 1809. Philipps Onkel war bemüht, die Vorzüge christlicher Soziallehre mit den Errungenschaften seiner Aufklärungsepoche in Einklang zu bringen.
Auf die Lateinschule und das ab seinem 13. Lebensjahr besuchte Königliche Gymnasium folgte für Philipp Franz von Siebold 1816 – die Siebolds waren unterdessen in den erblichen Adelsstand erhoben worden – das Studium der Medizin an der Würzburger Julius-Maximilians-Universität, wo zukünftigen Heilkundigen auch botanische Kenntnisse vermittelt wurden und wo er sich neben der Medizin mit Naturwissenschaften, Länder- und Völkerkunde beschäftigte und 1820 die medizinische Doktorwürde erlangte. Zu seinen akademischen Lehrern gehörte der Anatom und Physiologe Ignaz Döllinger. Von Siebold wurde Doktor der Medizin, Chirurgie und Entbindungskunst. Als wertvoll sollte sich die an der Universität erlernte Präzision im Umgang mit dem Zeichenstift erweisen. Seit 1816 war er Mitglied der „Gesellschaft Moenania“ dem späteren Corps Moenania Würzburg. Er war zudem Mitglied der Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte und seit 1843 auswärtiges Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften.
Auf die Promotion im Jahre 1820 folgte eine kurze Tätigkeit als praktischer Arzt in Heidingsfeld. Zwei Jahre später erreichte ihn ein Angebot der Militärführung der Niederlande für eine Stabsarztstelle in Ostindien. Er bewarb sich mit den Worten: „Die Naturgeschichte... war es, die mich zu einem solchen Schritte in andere Weltteile bestimmte und sie wird es auch sein, die die Möglichkeit tüchtiger Resultate meiner Reisen begründet.“
Im Jahre 1822 folgte er dem Ruf nach Den Haag, wo er am 21. Juli durch königlichen Erlass zum Chirurgijn-Majoor in der niederländisch-indischen Armee ernannt wurde. Dabei hatte man ihm in Aussicht gestellt, in den Kolonien Naturforschung zu betreiben. Im Jahr 1822 wurde er zum Mitglied der Leopoldina gewählt.
In jenen Jahren führten die Niederländer eine Neubewertung ihrer Kolonialpolitik und der überseeischen Besitzungen durch. In Batavia angekommen, bot ihm der Generalgouverneur Godert van der Capellen eine Stelle als Arzt der Faktorei Dejima an, einer kleinen, künstlichen Insel in der Bucht von Nagasaki, und stellte finanzielle Mittel bereit, auf dass Siebold umfassende Untersuchungen zu Land und Leuten durchführen würde. Westliche Medizin, Naturwissenschaften, Waffentechnik und Mathematik wurden in Japan seit langem geschätzt, und gebildete Europäer waren als Ratgeber gefragt. Die Ärzte auf Dejima, die mit den Handelsgeschäften nichts zu tun hatten, wurden häufig zu hochgestellten japanischen Patienten gerufen, was ihnen mehr Gelegenheiten als dem kaufmännischen Personal gab, Bekanntschaften zu schließen und Informationen und Materialien zu sammeln. Einige unter ihnen machten sich als Japanforscher einen Namen. Siebolds Aktivitäten stehen in einer langen Tradition der Erkundung des Landes durch Faktoreiärzte der Niederländischen Ostindien-Kompagnie, die 1650/51 mit dem Wundchirurgen Caspar Schamberger begann. Anfang des 18. Jahrhunderts setzte der Arzt Engelbert Kaempfer (1651–1716) den ersten großen Meilenstein mit seinem 1727 als „History of Japan“ publizierten Buch. Gegen Ende jenes Jahrhunderts erregte der schwedische Arzt Carl Peter Thunberg (1743–1828) mit einem wissenschaftlichen Reisebuch und einer „Flora Japonica“ großes Aufsehen, während Siebolds Studien zur japanischen Fauna und Flora wie auch seine gewaltige natur- und landeskundliche Japansammlung bis heute ihren Wert nicht verloren haben.
Siebolds erster Aufenthalt in Japan war in Nagasaki und dauerte vom 11. August 1823 bis zum 2. Januar 1830. Offiziell durften aus der „Westlichen Welt“ nur Niederländer japanischen Boden betreten. Siebolds niederländische Sprachkenntnisse waren zum Zeitpunkt seiner Ankunft schlechter als die der japanischen Dolmetscher, doch wurde wie in ähnlichen Fällen zuvor die Anlandung stillschweigend akzeptiert.
Wie fast alle seiner Vorgänger erfreute er sich bald vorzüglicher Beziehungen zu japanischen Gelehrten, Ärzten und einigen am Westen interessierten Landesherren. Eigentlich konnten die in der Handelsniederlassung Dejima tätigen Europäer nur ein- oder zweimal jährlich diese kleine Insel zu Tagesausflügen bzw. für das für die Stadt wichtige Fest des Suwa-Schreins verlassen. Die Gründe sind nicht geklärt, doch durfte Siebold mit der Erlaubnis des von der Zentralregierung eingesetzten Nagasaki-Gouverneurs in einem vor der Stadt in Narutaki gelegenen kleinen Anwesen eine Art Schule einrichten, in der er wöchentlich in niederländischer Sprache Unterricht zur westlichen Naturkunde und Medizin erteilte. Die Instruktionen fanden meist während der Behandlung der Patienten statt, die sich von nah und fern einfanden. Man sollte jedoch nicht übersehen, dass die Erfahrungen des jungen Arztes nicht immer ausreichten, was Siebold durchaus bewusst war:
„(25. Februar 1826) In aller Frühe kamen meine Schüler und andere Ärzte aus der Gegend mit ihren Kranken und fragten mich um Rat und Hülfe. Es waren, wie gewöhnlich, chronische, vernachlässigte und unheilbare Krankheiten, und die umständlichen Konsultationen kosteten viel Zeit und Geduld. Ich that alles meinen Schülern zuliebe, deren guter Ruf darunter gelitten hätte, wenn ihre Patienten, die sie auf mich vertröstet und oft aus entfernten Orten herbeigebracht hatten, rat und hülflos wieder von dannen gezogen wären. So mußte ich oft gegen meinen Willen den Charlatan spielen.“ – Siebold: Nippon. S. 117.
Viele seiner Therapien blieben in dem von seinen Vorgängern geschaffenen Rahmen. Siebold hatte das von dem vormaligen Leiter Dejimas, Jan Cock Blomhoff, angeforderte Pockenvakzin mitgebracht. Wie die zuvor auf Blomhoffs Anweisung durchgeführte Vakzination blieben auch Siebold Versuche infolge des unbrauchbaren Serums erfolglos. Von Anfang an nahm er keinerlei Entgelt für seine Krankenbehandlung an. Die in einer Kultur des Austauschs von Geschenken sozialisierten Patienten versuchten, ihre Dankbarkeit durch Geschenke zu vermitteln. Da Siebolds Interessen bald bekannt wurden, erhielt er zahlreiche Objekte für seine ethnographische und naturkundliche Sammlung. Seit dem 17. Jahrhundert war der Verkauf von allen die Verwaltung, Topographie, Geschichte des Landes, Religion, Kriegskunst und das Hofleben betreffenden japanischen Werken an Ausländer strengstens untersagt. Auch Kultusgegenstände, Waffen, Münzen, Landkarten bis hin zu Miniaturen wurden bei der Ausreise konfisziert. Dennoch konnte Siebold eine reichhaltige Sammlung zusammenstellen. Eigens hierzu engagierte Jäger durchstreiften die Wälder, und von ihm instruierte Assistenten präparierten die Bälge und Skelette der zoologischen Ausbeute. Siebolds Schüler hatten reichlich Gelegenheit zu beobachten, wie ein Europäer bei der Erforschung von Land und Leuten vorging. Auch sie leisteten wertvolle Hilfe durch Dissertationen über vielerlei landeskundliche Themen, die sie in niederländischer Sprache abfassten.