Die Paulinerkirche (eigentlich Universitätskirche St. Pauli, volkstümliche Bezeichnung „Unikirche“, „Paulinerkirche“ – nach den regional auch „Pauliner“ genannten Dominikanern; siehe auch Dominikanerkloster St. Pauli Leipzig) war eine evangelische Kirche in der Innenstadt von Leipzig am Augustusplatz. Das im Jahr 1240 geweihte Bauwerk war als Klosterkirche St. Pauli Gotteshaus eines Dominikanerklosters. Nach dessen Auflösung wurden 1543 alle seine Gebäude im Zuge der Säkularisation der Universität Leipzig übereignet.
Die Universitätskirche, die den Zweiten Weltkrieg überdauert hatte, wurde 1968 auf Betreiben der Universität und nach Beschluss der SED-geführten Stadtverwaltung gesprengt. An ihrer Stelle steht heute das Paulinum – Aula und Universitätskirche St. Pauli, ein Neubau, der in seiner Architektur Elemente der ehemaligen Kirche aufgreift.
Am 1. Advent 2017 weihte Landesbischof Carsten Rentzing die neue Universitätskirche St. Pauli mit einem Festgottesdienst. Am 18. August 2018 fand dort nach 50 Jahren Pause die erste kirchliche Trauung statt.
Nach der Ansiedlung eines Dominikanerkonvents innerhalb der Leipziger Stadtmauer begann 1231 am Platz neben dem Grimmaischen Tor der Bau als Konventskirche. Die Weihe der Paulinerkirche erfolgte 1240.
Typisch für die Architektur der Bettelorden im 13. Jahrhundert war die Klosterkirche mit einschiffigem Chor und dreischiffigem Langhaus ausgeführt. 1393 erfolgte an der Nordseite der Anbau der von der Familie Pflugk gestifteten Marienkapelle. Ab Mitte des 15. Jahrhunderts folgten die Haugkwitzsche und Leimbachsche Kapelle (östlich der Pflugkschen) und die Thümmelsche Kapelle (westlich der Pflugkschen).
Seit der Gründung der Universität Leipzig im Jahr 1409 ist die Geschichte der Paulinerkirche eng mit jener der Universität verbunden. Die Klosterkirche war jahrhundertelang ein bevorzugter Begräbnisort für Universitätsangehörige, deren Repräsentationsbedürfnis in künstlerisch anspruchsvollen Epitaphien zum Ausdruck kam. Zu den hier Bestatteten gehören der Jurist Johann Christoph Marci, dessen Schwiegersohn Stadtrichter Johann Caspar Pflaume, der Historiker und Philologe Christian Friedrich Franckenstein und der Jurist Benedikt Carpzov der Jüngere, dessen Epitaph 2011 als erstes vollständig restauriert wurde. Ein weiteres Epitaph, jenes des Mediziners Johannes Hoppe, war im Januar 2014 wiederhergestellt.
Die erste Orgel stammte aus dem 15. Jahrhundert und hatte nach einem Umbau im Jahr 1528 15 Register. Nach Ausbreitung der Reformation kam es 1539 zur Auflösung des Dominikanerkonvents: Das Kloster wurde säkularisiert und 1543 der Universität Leipzig übereignet. Im Zuge der Umgestaltung der Kirche zu einem evangelischen Gotteshaus wurden 1542/1543 Altäre abgerissen, der Lettner entfernt und alle Kapellen auf der Nordseite abgerissen, bis auf die Pflugksche, durch die der Zugang zur Kirche von der Grimmaischen Straße erfolgte.
1545 wurde die Paulinerkirche von Martin Luther als evangelische Universitätskirche geweiht. Der Kirchenraum diente seitdem sowohl als Gottesdienstraum als auch als Aula für akademische Festakte. 1617 wurde wieder eine Kapelle westlich der Pflugkschen errichtet, die Schwendendörffer Kapelle. Im 17. Jahrhundert gab es mehrere, erfolglose Instandsetzungsversuche der Orgel durch Angehörige der berühmten Orgelbauerfamilie Compenius.
1710 stellte Thomaskantor Johann Kuhnau, der auch für die Musik an der Paulinerkirche zuständig war, den talentierten jungen Orgelbauer Gottfried Silbermann der Universitätsleitung vor, um die defekte Orgel zu begutachten. Silbermann riet von einer Reparatur ab und präsentierte stattdessen einen Entwurf für ein neues Werk mit 44 Registern, darunter einigen französischen Stimmen, die hierzulande völlig unbekannt waren. Den Auftrag erhielt jedoch der sächsische Orgelbaumeister Johann Scheibe. Johann Sebastian Bach prüfte dessen dreimanualigen Neubau mit 54 Registern im Jahr 1717 und empfahl ihn wohlwollend zur Abnahme. Silbermanns Neffe Johann Andreas Silbermann stellte der Scheibe-Orgel schon 1741 ein negatives Zeugnis aus. Die Gestaltung des Prospekts der im Jahr 2000 eingeweihten Woehl-Orgel der Thomaskirche greift Elemente des Prospekts der Scheibe-Orgel der Paulinerkirche auf. Einige Werke von Bach, zum Beispiel BWV 226, wurden in der Paulinerkirche uraufgeführt.
19. Jahrhundert und 20. Jahrhundert bis zum Zweiten Weltkrieg
Während der Völkerschlacht bei Leipzig 1813 diente die Kirche als Gefangenenlager und Lazarett. Nach 1785 erfolgte die Schleifung der Stadtbefestigung und der ehemals der Stadtmauer zugekehrte Kirchengiebel lag zum späteren Augustusplatz hin frei. Zur Errichtung des Augusteums durch Albert Geutebrück als neuem Hauptgebäude der Universität von 1831 bis 1836 wurden die an die Kirche im Süden angrenzenden ehemaligen Klostergebäude abgerissen, die bis dahin nahezu ohne Umbau durch die Universität genutzt worden waren. Die Schaufassade der Kirche zum Augustusplatz hin wurde 1836 der klassizistischen Fassade des Augusteums angepasst.
Felix Mendelssohn Bartholdy führte hier am 7. November 1836 Händels Oratorium Israel in Ägypten auf.
Um 1841 baute Johann Gottlob Mende eine neue Hauptorgel. 1844 erfolgte der Abbruch der Kapellen auf der Nordseite. Friedrich Ladegast baute die Mende-Orgel bis 1874 gründlich um.
Mit der Umgestaltung des Augusteums 1897 im Stil der Neorenaissance durch Arwed Roßbach erhielt auch die Kirche eine neue Schaufassade, diesmal im neogotischen Stil. Als Übergang der Kirche an ihrem Westgiebel zum neu erbauten Albertinum wurde ein campanileähnlicher Turm errichtet. Sämtliche Glasfenster der Kirche schufen Alexander Linnemann und sein Sohn Otto aus Frankfurt am Main.
Um 1900 erbaute die Firma Johannes Jahn, Dresden, eine kleine Orgel. Firma Eule, Bautzen, erweiterte sie später. Sie hat acht Register und diente als Schulorgel.
Das ungleiche, aber harmonische Gebäudeensemble von Paulinerkirche und Augusteum bestimmte von 1836 bis zu seiner Zerstörung die Westseite des Augustusplatzes.
Die Paulinerkirche diente vom 5. Mai 1946 bis zur Sprengung 1968 auch der katholischen Propsteigemeinde, die ihre Alte Trinitatiskirche durch mehrere, ab dem 4. Dezember 1943 erfolgte Luftangriffe und die Sprengung der Ruine 1954 eingebüßt hatte, als Gotteshaus.
1948 baute die Firma Eule die Hauptorgel um und erweiterte sie auf 80 Register auf vier Manualen und Pedal.