Otto Baumgarten (* 29. Januar 1858 in München; † 21. März 1934 in Kiel) war ein deutscher evangelischer Theologe und Professor der Theologie.
Der Sohn des Historikers Hermann Baumgarten (1825–1893) studierte in Straßburg, Göttingen und Zürich. Von 1882 bis 1887 diente er der Evangelischen Landeskirche in Baden. In Halle habilitierte er sich im Jahre 1888. Im selben Jahr wurde er Prediger für das Friedrichs-Waisenhaus Rummelsburg (ab 1920 zu Berlin). 1890 wurde Baumgarten Privatdozent in Berlin; im selben Jahr erlangte er das Professoren-Amt in Jena. In den Jahren 1894 bis 1926 wirkte Baumgarten in Kiel als Universitätsprediger sowie o. Professor für Praktische Theologie. 1903/04 war er Rektor der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel.
Baumgarten zählt zu den Führern der theologischen Linken und zu den Vorkämpfern des Kulturprotestantismus. Er war Mitbegründer des Evangelisch-Sozialen Kongresses und von 1912 bis 1925 dessen Vorsitzender. Im Jahr 1919 war er ein Mitglied der deutschen Friedensdelegation; nach 1918 wirkte er auch als Mitglied der Deutschen Demokratischen Partei.
Baumgarten war einer der ersten protestantischen Theologen, die öffentlich zum Widerstand gegen den Nationalsozialismus aufriefen. In seiner Broschüre Kreuz und Hakenkreuz (1926) kam er zu dem Schluss: „Richtig gedeutet sind die Symbole Kreuz und Hakenkreuz einander ausschließende Gegensätze.“ Zugleich gestand er zu, dass die Zurückdrängung des Jüdischen aus der deutsch-christlichen Religiosität eine gewisse Berechtigung habe.
Bismarcks Stellung zu Religion und Kirche – zumeist nach eigenen Aeußerungen. Mohr, Tübingen 1900 (Die christliche Welt; 44).
Neue Bahnen. Der Unterricht in der christlichen Religion im Geist der modernen Theologie. Mohr, Tübingen 1903.
Predigten aus der Gegenwart gehalten in der Kieler Universitätsaula. Mohr, Tübingen 1903.
Predigt-Probleme. Hauptfragen der heutigen Evangeliumsverkündigung. Mohr (Siebeck), Tübingen 1904.
Herders Lebenswerk und die religiöse Frage der Gegenwart. Mohr, Tübingen 1905.
Über Kindererziehung. Erlebtes und Gedachtes. Mohr, Tübingen 1905.
Carlyle und Goethe. Mohr, Tübingen 1906 (Lebensfragen; 13).
Die persönlichen Erfordernisse des geistlichen Berufs. Oeffentliche Vorlesung. Mohr, Tübingen 1910.
Altes und Neues aus dem Schatz des Psalters. 11 Psalm-Predigten in der Aula der Kieler Universität gehalten. Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1911 (Moderne Predigt-Bibliothek; 9,1).
Jesuspredigten gehalten in der Kieler Universitätsaula. Mohr, Tübingen 1911.
Meine Anklage gegen den preußischen evangelischen Oberkirchenrat. Mohr, Tübingen 1913.
Bismarcks Glaube. Mohr, Tübingen 1915.
Politik und Moral. Mohr, Tübingen 1916.
Christentum und Weltkrieg. Tübingen, Mohr 1918 (Digitalisat).