Die Operation Seroja (Operasi Seroja, deutsch Lotus) war eine indonesische Militäroperation, die der Invasion und Besetzung Osttimors diente. Sie begann am 7. Dezember 1975 und wurde am 26. März 1979 als erfolgreich für beendet erklärt. Der Zeitraum zwischen 1977 und 1979 wird als die „größte humanitäre Tragödie in der Geschichte Osttimors“ bezeichnet. Er war von Hungersnöten geprägt, die durch die indonesischen Militäroperationen verursacht wurden, die den osttimoresischen Widerstand brechen sollten. Die Operation Seroja war eine der größten indonesischen Militäroperationen überhaupt.
Nach der Nelkenrevolution 1974 sollte Portugiesisch-Timor auf die Unabhängigkeit vorbereitet werden, doch mit der Operation Komodo hatte der indonesische Militärgeheimdienst Bakin 1974/75 die Kolonie destabilisiert und einen Bürgerkrieg zwischen der FRETILIN und der União Democrática Timorense (UDT) ausgelöst. Die portugiesische Kolonialregierung zog sich daraufhin auf die der Kolonialhauptstadt Dili vorgelagerte Insel Atauro zurück. Die FRETILIN ging aus dem dreiwöchigen Bürgerkrieg als Sieger hervor und übernahm faktisch die Kontrolle über die Kolonie. UDT- und APODETI-Anhänger mussten in das indonesische Westtimor fliehen. Sie arbeiteten nun direkt mit den Indonesiern zusammen. Indonesien stellte den Bürgerkrieg als Bedrohung der regionalen Stabilität dar, obwohl die FRETILIN nach ihrem Sieg schnell wieder für Ruhe und Ordnung sorgte und die Unterstützung der Bevölkerung hatte. Am 31. August 1975 wurde die Operation Komodo durch die Operation Flamboyan ersetzt, die nun großangelegte militärische Operationen einschloss. Indonesische Soldaten begannen, die Grenzgebiete als osttimoresische Milizionäre getarnt zu besetzen, trafen dabei aber auf heftigen Widerstand durch die FRETILIN und ihren militärischen Arm, die FALINTIL.
Die FALINTIL konnte sich auf etwa 10.000 Mann stützen. 2.500 davon waren ausgebildete osttimoresische Soldaten der portugiesischen Armee, die anderen ausgebildete Zivilisten. Ihre Bewaffnung stammte aus den Beständen der portugiesischen Armee, so dass ausreichend Mauser-Gewehre und Munition vorhanden waren. Mit Fernando do Carmo, Vizeminister für Information, Inneres und Sicherheit, stand auch ein ehemaliger Unteroffizier der portugiesischen Armee als kompetenter militärischer Führer zur Verfügung. Wo den Indonesiern die Unterstützung durch Marineartillerie fehlte, behielt die FALINTIL die Oberhand und konnte Kampferfahrung sammeln. Dies veranlasste die Indonesier zur Gründung des Operation Seroja Joint Task Force Command (indonesisch Komando Tugas Gabungan Operasi Seroja) im Oktober 1975 und der Erhöhung der Zahl der eingesetzten Soldaten auf 3.200 Mann. Zu dieser Verstärkung gehörten auch die Heeresspezialeinheit Kopassandha (Geheimes Sonderkommando für Kriegsführung) 2. Combat Detachment, das 5. Marine-Infanteriebataillon aus Surabaya (späterer Name: Pasmar 1), das U-Boot Ratulangi, zwei Transportflugzeuge der Luftwaffe und drei Bataillone der 2. Infanteriebrigade aus Ostjava. Als Kommandeur der Task Force wurde Brigadegeneral Chamid Soeweno bestimmt, Kommandant des Kopassandha Intelligence Center. Der die Operation Flamboyan führende Oberst Dading Kalbuadi wurde zum Assistent für Aufklärung.
Die Exklave Oecusse befand sich schon seit Juni 1975 in indonesischer Hand. Schließlich waren mit Hilfe von Einheiten der Luftwaffe und der Marine auch Batugade, Balibo und Aidabaleten (auch Atabae genannt) und weitere Teile der Distrikte Bobonaro und Cova Lima besetzt.
Nach der Besetzung von Aidabaleten am 28. November durch die indonesische Spezialeinheit Tim Susi und die 2. Infanteriebrigade versuchte die FRETILIN mit der einseitigen Ausrufung der Unabhängigkeit noch internationale Unterstützung zu bekommen.
Indonesien reagierte auf die Unabhängigkeitserklärung mit der Meldung, die Führer der anderen osttimoresischen Parteien hätten am 30. November die sogenannte Balibo-Deklaration unterzeichnet, in der zum Anschluss Osttimors an Indonesien aufgerufen wurde. Die Unterzeichner waren aber mehr oder weniger Gefangene Indonesiens, die zur Unterschrift gezwungen wurden. Der Text war unter anderem vom Bakin-Agenten Louis Taolin verfasst worden.
Die engsten Verbündeten Australien und die Vereinigten Staaten ließen Indonesien gewähren. Die Nachrichtendienste der beiden Staaten beobachteten bereits vorab den indonesischen Truppenaufmarsch. Beide Länder waren erwiesenermaßen bereits vor der Invasion über die Pläne unterrichtet worden und hatten ihr Einverständnis dazu erklärt. Dies belegen ehemals geheime Regierungsdokumente, die im Dezember 2001 vom US-amerikanischen National Security Archive veröffentlicht wurden. Nur einen Tag vor der Besetzung Osttimors trafen sich demnach in der indonesischen Hauptstadt Jakarta US-Präsident Gerald Ford und US-Außenminister Henry Kissinger mit Indonesiens Präsident Suharto. Osttimor wurde nur kurz angesprochen und die US-Amerikaner bezogen eine klare Position:
Australiens Premierminister Gough Whitlam hatte am 6. September 1974 auf dem Dieng-Plateau, nahe Wonosobo, und am 4. April 1975 in Townsville bei seinen Treffen mit Suharto Indonesien freie Hand gegeben, in Bezug auf Osttimor. Whitlam erklärte, ein unabhängiges Osttimor sei eine leichte Beute für China oder die Sowjetunion und sei daher „ein Dorn im Auge Australiens und ein Dorn im Rücken Indonesiens.“ 2020 entschied ein australisches Gericht, dass Regierungsdokumente, wie Diplomatennachrichten und Kabinettsunterlagen über Australiens Rolle während der indonesischen Invasion weiterhin geheim bleiben müssten, da eine Veröffentlichung die Sicherheit Australiens oder internationale Beziehungen gefährden könnte. Bereits öffentlich gewordene Dokumente belegen, dass Australiens Interesse an den Öl und Gasvorkommen in der Timorsee es in seinem Handeln maßgeblich beeinflusste.
Das indonesische Parlament (MPR) gab der Regierung am 6. Dezember grünes Licht „zur Lösung von Osttimors Problem.“ Auch der Repräsentive Rat des Volkes (DPR) gab am selben Tag sein Einverständnis.
Die FRETILIN-Führung rechnete nun ständig mit dem Angriff der Indonesier auf Dili. Mitglieder des FRETILIN-Zentralkomitees (CCF) patrouillierten jede Nacht. Am 2. Dezember erhielt die Delegation des Internationalen Roten Kreuzes ein Telegramm der australischen Regierung, das alle australischen Staatsbürger aufforderte, das Land zu ihrer eigenen Sicherheit zu verlassen. Die FRETILIN hatte die Neutralität des Roten Kreuzes anerkannt, nicht aber UDT und APODETI, weswegen die Mitarbeiter noch am selben Tag nach Atauro evakuiert wurden, von wo aus sie die Klinik in Dili am Laufen halten wollten. Der Verteidigungsminister der FRETILIN Rogério Lobato erklärte, man erwarte eine breitangelegte Invasion und einen Angriff auf Dili, man dränge aber die Welt, diese „kriminelle Aggession“ zu stoppen, weil sie ein „nicht endendes Blutbad“ verursachen würde. Das osttimoresische Volk werde Widerstand leisten. Am 4. Dezember verließen er und die Minister Marí Alkatiri und José Ramos-Horta Osttimor, um mit einer Delegation auf dem diplomatischen Weg für Osttimor zu werben.
Am 6. Dezember verließen die letzten Rot-Kreuz-Mitarbeiter Dili in Richtung Atauro. Die Bevölkerung begann in die Berge zu fliehen. 1975 hatte Dili 28.000 Einwohner. Wer von der Bevölkerung konnte, floh in die Berge hinter der Stadt, die FRETILIN-Führung und die Regierung wurden in Richtung Aileu evakuiert. Auch die UDT- und APODETI-Mitglieder, die man im Bürgerkrieg gefangen genommen hatte, wurden mitgenommen. Zurück blieben Kampfeinheiten der FALINTIL, die den erwarteten Angreifern Widerstand leisten wollten. Der letzte in Dili verbliebene ausländische Korrespondent war der Australier Roger East, der an diesem Abend notierte:
Mit der Berufung auf die Balibo-Deklaration begann mit der Operation Seroja eine großangelegte offene Militäroffensive, inklusive See- und Luftunterstützung. Eine offizielle Kriegserklärung vorab gab es nicht. Am Nachmittag des 6. Dezember verließen einige hundert mit Indonesien verbündete UDT- und APODETI-Kämpfer und Soldaten der 1. Einheit der Marineinfanterie auf dem Kriegsschiff KRI Teluk Bone Aidabaleten in Richtung Dili. Sie sollten als Erste im Schutz der Dunkelheit in Dili anlanden. Die kleine Anzahl der osttimoresischen Milizionäre diente zum Erhalt des indonesischen Mythos, dass der Angriff in erster Linie von diesen und indonesischen Freiwilligen durchgeführt werde. Dazu wurden auch von Landungsfahrzeugen die Kennzeichnungen entfernt. Die Soldaten wurden mit sowjetischen AK-47-Gewehren, jugoslawischen RPG-2-Panzerabwehrwaffen und anderen leichten Waffen aus nicht-westlicher Produktion ausgerüstet, die eigens für den Angriff angeschafft worden waren. Die Waffen sollten nicht auf die USA zurückzuführen sein, den Hauptausstatter der Streitkräfte Indonesiens (ABRI). US-Außenminister Kissinger hatte bei seinem Besuch darauf hingewiesen, dass die Verwendung amerikanischer Waffen zu Problemen führen könnte. Der Großteil des schweren militärischen Geräts wie Flugzeuge, mehrere Schiffe und Landungseinheiten stammten aber aus den USA. Auch waren die eingesetzten Eliteeinheiten und Fallschirmjäger von Amerikanern ausgebildet worden. Militärische Fehler der Indonesier führten unter den Angreifern trotzdem zu einer signifikanten Zahl von zusätzlichen Toten.