Die Nikolaikirche (offiziell: Stadt- und Pfarrkirche St. Nikolai) ist die älteste und größte Kirche in der Innenstadt von Leipzig sowie neben der Thomaskirche die bekannteste Kirche der Stadt. Der nach dem heiligen Nikolaus benannte Sakralbau ist Hauptkirche der evangelisch-lutherischen St.-Nikolai-Kirchengemeinde Leipzig. Die Umgestaltung und Ausstattung des Innenraumes der Nikolaikirche stellt eine bedeutende Schöpfung des Klassizismus dar.
Die Gemeinde der Johanniskirche, deren Gebäude infolge des Bombenangriffs auf Leipzig am 4. Dezember 1943 ausbrannte und 1949 abgerissen wurde, ist seither Bestandteil der Nikolaigemeinde. Die Heilig-Kreuz-Kirche im Leipziger Stadtteil Neustadt ist neben der Nikolaikirche das zweite Gotteshaus der Kirchgemeinde St. Nikolai.
Im Herbst 1989 war die Nikolaikirche zentraler Ausgangspunkt der friedlichen Revolution in der DDR mit dem anschließenden Mauerfall in Berlin am 9. November 1989 und der Wiedervereinigung Deutschlands am 3. Oktober 1990.
Ende 2021 hatte die Nikolaigemeinde 2600 Mitglieder.
Die Stadt- und Pfarrkirche St. Nikolai wurde ab 1165 nach der Verleihung des Stadt- und Marktrechtes an Leipzig im romanischen Stil erbaut. An der Westseite der Kirche ist der romanische Ursprung bis heute sichtbar. Im 15. und 16. Jahrhundert, nachdem Leipzig durch Silberfunde im Erzgebirge zu üppigem Wohlstand gelangte, erfolgten Erweiterungen und der vollständige Umbau zur dreischiffigen spätgotischen Hallenkirche.
Am 25. Mai 1539 wurde durch die Predigten der Reformatoren Justus Jonas der Ältere und Martin Luther die Reformation in Leipzig begonnen. Die Kirche wurde damit Sitz des ersten Superintendenten der Stadt Johann Pfeffinger.
In der Nikolaikirche führte Johann Sebastian Bach zahlreiche seiner Kantaten und Oratorien zum ersten Mal mit dem Thomanerchor auf, darunter auch die Johannespassion, sein bis dahin umfangreichstes Werk, am Karfreitag, dem 7. April 1724. Mit dem Amtsantritt von Günther Ramin zog der Thomanerchor, nachdem er die Kirchenmusik seit der Reformation auch in der Nikolaikirche gestaltete, sich 1940 in die Thomaskirche zurück. 1945 wurde darum ein eigener Nikolaikirchenchor gegründet.
Der achteckige Mittelturm wurde wesentlich 1555 über dem romanischen Westwerk von Hieronymus Lotter unter Beteiligung des Baumeisters Paul Speck und anderer erbaut; damals entstanden die drei unteren achteckigen Geschosse. In den Jahren 1730–1734 setzte der Architekt Johann Michael Senckeisen die Türmerwohnung mit Dach und Laterne auf, wodurch nunmehr eine Gesamthöhe von 75 m erreicht wurde. Er wurde bis 1932 von einem Türmer bewohnt.
Im Zuge der Aufklärung und Revolutionsarchitektur wurde der Innenraum der Kirche zwischen 1784 und 1797 nach dem Ideal der Urhütte (Bäume (Säulen), Blätterdach usw.) umgestaltet. Darauf weist auch die 1999 errichtete Palmsäule vor der Kirche hin. Der sich über sieben Ebenen erstreckende Dachstuhl weist bis heute einige Beschädigungen bzw. Einschläge von Kanonenkugeln, die vermutlich während der Völkerschlacht passierten, auf. Die Turmuhr ist von 1874. Die letzten großen baulichen Veränderungen erfolgten von 1901 bis 1902 an der Außenfassade. Das spätgotische Aussehen wurde beibehalten.
Die EKD stellte zwischen 1973 und 1975 eine nicht näher bekannte Summe in D-Mark bereit, damit über ein Kirchenbauprogramm in der DDR dieselbe Summe in DDR-Mark für Sanierungs-Bauleistungen dieses Sakralbaus (Fußboden-Restaurierung) verfügbar war.
Die Montagsdemonstrationen, die gegen das DDR-Regime gerichtet waren, entwickelten sich aus den Montagsgebeten, die in der Nikolaikirche bereits Anfang der 1980er-Jahre stattfanden und anfänglich nur von einigen wenigen Menschen besucht wurden (vgl. Friedliche Revolution (Leipzig)). In den späten Novembertagen 1982 wurde in der Nikolaikirche zum ersten Mal in der DDR eine große Schautafel mit dem Symbol für Schwerter zu Pflugscharen öffentlich aufgestellt. Ende der 1980er-Jahre gingen allwöchentlich Zehntausende, manchmal sogar über 100.000 Menschen, während der Montagsdemonstrationen auf die Leipziger Straßen, um für Demokratie, freie Wahlen, Reisefreiheit und die Einheit Deutschlands zu demonstrieren.
Auf dem Nikolaikirchhof neben der Kirche wurde 1999 nach Entwürfen des Leipziger Künstlers Andreas Stötzner die Nachbildung einer Dautheschen Säule errichtet, die als Friedenssäule an die Montagsdemonstrationen und die Friedhaftigkeit der Revolution erinnern soll. Im Jahr 1995 drehte Frank Beyer einen nach der Kirche benannten Film, der die Geschehnisse des Jahres 1989 künstlerisch aufarbeitete.
Jahrzehntelang stellte die Nikolaigemeinde ihre Kirche dem Leipziger Propsteichor als Probe- und Aufführungsstätte zur Verfügung. Die Propsteikirche war im Zweiten Weltkrieg beschädigt und später gesprengt worden. Selbst als die Propsteigemeinde in den 1980er Jahren in eine neue Kirche am Rosenthal ziehen konnte, trat ihr Chor weiterhin auch in St. Nikolai auf, und führte dort z. B. jährlich am 2. Weihnachtsfeiertag ein Weihnachtsliedersingen auf.
Bis 1992 gab es an St. Nikolai vier Pfarrstellen, 2006 wurde auch die dritte Pfarrstelle abgeschafft.
Christian Führer war bis zum 30. März 2008 2. Pfarrer der Nikolaikirche. Sein Nachfolger wurde Bernhard Stief. Nachfolger von Superintendent und dem 1. Pfarrer Martin Henker wurde im Jahr 2020 Sebastian Feydt (54), zuvor Pfarrer an der Frauenkirche zu Dresden.
Von 1521 stammt die sogenannte Lutherkanzel in der Nordkapelle. Sie stand bis 1785 am dritten südlichen Pfeiler des Hauptschiffes. Von 1784 bis 1797 wurde der Innenraum im klassizistischen Stil durch den Leipziger Stadtbaumeister Johann Carl Friedrich Dauthe grundlegend umgebaut. Die Gemälde der klassizistischen Ausstattung schuf der Leipziger Akademiedirektor Adam Friedrich Oeser. Dauthes Umgestaltung ist beeinflusst durch die Architekturtheorie von Marc-Antoine Laugier. Das Gesamtkonzept folgt Laugiers Forderungen im Kapitel De la difficulté de décorer les églises gothiques seiner Observations sur l’architecture (Den Haag 1765). Laugier äußert sich positiv über die gotischen Kirchenbauten, will sie aber in klassischen Formen korrigieren und mittelalterliche Ausstattungselemente beseitigen.
Dauthe deutete nach Laugiers Vorstellungen die Pfeiler der spätgotischen Hallenkirche durch Abarbeitung bzw. Antragung eines Stuckmantels in kannelierte Säulen von rötlichem Farbton um. Die aus ihren Palmenkapitellen aufsprießenden hellgrünen Blätter kaschieren den Ansatz der gotischen Kreuzgewölbe. Deren Gewölbefelder sind zu klassischen, mit Rosetten besetzten Kassetten geworden. Alles ist auf den Farbakkord Weiß-Rosa-Hellgrün abgestellt. Die von Doppelsäulen korinthischer Ordnung getragenen Emporen orientieren sich hingegen mehr an Laugiers Essai sur l’architecture (Paris 1753, 2. Aufl. 1755). Im Chor wurde ein hölzernes Tonnengewölbe unterhalb des mittelalterlichen Gewölbes eingezogen.
1903 erwarb die Kirchengemeinde St. Nikolai den zweiflügeligen sogenannten Niedergräfenhainer Altar aus der Kirche Niedergräfenhain. Der 1510 von unbekanntem Meister geschaffene Schnitzaltar stand bis 1943 in der Nordkapelle und fand erst lange nach dem Zweiten Weltkrieg dort wieder seinen Platz.