Der Nürnberger Ärzteprozess war der erste der zwölf Nürnberger Nachfolgeprozesse gegen Verantwortliche des Deutschen Reichs zur Zeit des Nationalsozialismus. Er fand vom 9. Dezember 1946 bis zum 20. August 1947 im Nürnberger Justizpalast vor einem amerikanischen Militärgericht (Military Tribunal I) statt und umfasste 139 Verhandlungstage. In dem Prozess wurden unfreiwillige Menschenversuche verschiedener Art, Krankenmorde (unter anderem die Aktion T4) sowie Morde im Zusammenhang mit der Straßburger Schädelsammlung behandelt.
Angeklagt waren 23 Personen: 20 KZ-Ärzte sowie ein Jurist und zwei Verwaltungsfachleute als Organisatoren von Medizinverbrechen. Karl Brandt war der Hauptangeklagte, nach ihm wurde das Verfahren offiziell als Vereinigte Staaten vs. Karl Brandt et al. bezeichnet. Unter den Angeklagten war eine Frau, die Lagerärztin Herta Oberheuser. Von den 23 Angeklagten wurden sieben zum Tode verurteilt, fünf zu lebenslangen Haftstrafen und vier zu Haftstrafen zwischen 10 und 20 Jahren. Sieben Angeklagte wurden freigesprochen.
Zum Kriegsende gab es keine Pläne der UN War Crime Commission oder des alliierten Oberkommandos in Europa medizinische Gräueltaten strafrechtlich zu verfolgen. Der amerikanische Wissenschaftler und Geheimdienstmitarbeiter John Thompson machte im November 1945 auf Menschenversuche aufmerksam und führte den Begriff „medizinisches Kriegsverbrechen“ und Kriterien dafür ein. Er kam zu dem Schluss, dass neunzig Prozent der medizinischen Forschungsarbeiten führender deutscher Klinikärzte und Forscher kriminell gewesen seien. Parallel dazu kamen beim Nürnberger Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher medizinische Gräueltaten zur Sprache. Im August 1946 fiel dann anhand des gesammelten Materials die Entscheidung einen Ärzte-Prozess mit medizinischen Menschenversuchen im Mittelpunkt einzuleiten. Viele prominente Persönlichkeiten konnten nicht angeklagt werden, wie Erich Hippke (Sanitätsinspekteur der Luftwaffe) Ernst Grawitz (Reichsarzt-SS), Sigmund Rascher (Versuche in Dachau), Erwin Ding (SS-Arzt in Buchenwald) und Philipp Bouhler (Organisator der Krankenmorde T4), die nicht auffindbar waren. Andere wie Leonardo Conti (Reichsgesundheitsführer) und Eduard Wirths (Lagerarzt in Auschwitz) hatten Selbstmord begangen.
Die Auswahl der Angeklagten orientierte sich an dem Ziel, führende Vertreter der „staatlichen medizinischen Dienste“ des NS-Staates anzuklagen, um das Wirken des verbrecherischen Systems und nicht nur verbrecherischer Einzelpersonen zu demonstrieren. 14 der Angeklagten waren bereits im Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher als verantwortlich benannt worden.
Basis der Anklage bildete das Kontrollratsgesetz Nr. 10, welches die Rechtszuständigkeit für diesen Prozess dem Militärgerichtshof Nr. 1 in Nürnberg zuwies (Anordnung Nr. 7 der Militärregierung) und aus dem die Anklageschrift abgeleitet wurde.
Chefankläger war Brigadegeneral Telford Taylor und stellvertretender Chefankläger James M. McHaney.
Die Anklageschrift vom 25. Oktober 1946 beruhte auf vier Anklagepunkten:
I Verschwörung zur Begehung von Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit
II Kriegsverbrechen gegen feindliche Zivilisten und Kombattanten
III Verbrechen gegen die Menschlichkeit gegen Angehörige von Nichtfeindstaaten und Deutsche
IV Mitgliedschaft in einer verbrecherischen Organisation
Auf Antrag der Verteidigung und nach Prüfung der Rechtsgrundlage fasste das Gericht den Beschluss, den Anklagepunkt der Verschwörung nicht eigenständig zu verhandeln.
Beim vierten Anklagepunkt ging es konkret um die Mitgliedschaft in der SS. Die SS war laut Urteil im Hauptkriegsverbrecher-Prozess eine verbrecherische Organisation. Dieser Anklagepunkt traf bei zehn Angeklagten zu.
Kopien der Klageschrift wurden allen Angeklagten am 5. November 1946 in deutscher Sprache zugestellt. Noch vor Prozessbeginn plädierten die Beschuldigten während einer gerichtlichen Anhörung sämtlich mit „nicht schuldig“. Jedem Beschuldigten wurde ein Rechtsbeistand seiner Wahl gestellt.
Die Ankläger orientierten sich an der Analyse von Sheldon Gluecks über Kriegsverbrecher und die Strafbarkeit eines Angriffskrieges, Franz Neumanns Buch Behemoth zur nationalsozialistischen Machtstruktur und Raphael Lemkins Axis Rule in Occupied Europe. Die Anklage wollte die Rolle der Medizin bei der Durchführung eines Angriffskrieges und den exterminatorischen Charakter der medizinischen Forschung herausarbeiten. Die „medizinischen Kriegsverbrechen“ umfassten die medizinische Forschung (Menschenversuche) im Bereich Luftfahrt, chemische Waffen, Behandlung von Wundinfektionen sowie Eugenik, Rassenforschung, Sterilisation und Krankenmorde an Psychiatrieinsassen und an Personen, die als „lebensunwert“ galten.
Den Vorsitz des Gerichts übernahm Walter B. Beals, Oberster Richter des Supreme Court des Staates Washington. Seine Beisitzer waren Harold L. Sebring, Richter des Supreme Court des Staates Florida, und Johnson T. Crawford, ehemaliger Richter des District Court des Staates Oklahoma. Als Ersatzrichter fungierte Victor C. Swearingen, Assistent beim General-Staatsanwalt der USA.
Am 9. Dezember 1946 wurde der Prozess gegen die 23 Angeklagten eröffnet. Das Verfahren wurde in deutscher und englischer Sprache durchgeführt.
Die Anklagevertretung umriss nach Prozessbeginn zunächst die Vorwürfe gegen die Beschuldigten und untermauerte die Schuldvorwürfe mit Beweisstücken. Ab dem 20. Januar 1947 kamen die Verteidiger der Beschuldigten zu Wort, ebenfalls unter Vorlage von Beweismitteln. Neben 32 Zeugen der Anklage wurden während des Prozesses 53 Zeugen der Verteidigung gehört. Insgesamt 1471 Eidesstattliche Erklärungen und sonstige Dokumente, davon allein 901 von der Verteidigung eingebrachte, wurden vor Gericht angenommen. Die Plädoyers von Anklagevertretung und Verteidigung fanden in der Woche ab dem 14. Juli 1947 statt. Am 19. Juli 1947 wurden schließlich noch die Angeklagten selbst gehört. Am 20. August 1947 erfolgte die Urteilsverkündung. Eine Revision war nicht zugelassen.