Johann Michael Haydn (* 14. September 1737 in Rohrau, Erzherzogtum Österreich; † 10. August 1806 in Salzburg) war Komponist und Bruder von Joseph Haydn und Johann Evangelist Haydn.
Die Herrschaft auf Schloss Rohrau hielt Wallfahrten zur Rochus-und-Sebastian-Kirche im kaiserlichen Steinbruch am Leithaberg ab – 1746 wegen einer Viehseuche. Diese wurden von Mat(t)hias Haydn, Wagnermeister und Marktrichter von Rohrau, organisiert. Er war Vater zweier später berühmter Söhne, Joseph und Johann Michael. Beide Knaben erhielten dabei erste musikalische Eindrücke bei der großen Kirchenmusik, für die die Prozession nach Kaisersteinbruch berühmt war.
Johann Michael Haydn war wie sein bekannterer Bruder Joseph Sängerknabe zu St. Stephan in Wien. Nachdem er die Chorschule verlassen hatte, wurde er 1757 erst Geiger und 1760 bischöflicher Kapellmeister in Großwardein (ungarisch Nagyvárad, heute rumänisch Oradea) beim Bischof Adam Patachich. Sein Hornkonzert erregte 1762 in Wien Aufsehen. Von Erzbischof Sigismund von Schrattenbach nach Salzburg gerufen, wurde er am 14. August 1763 zum Hofkomponisten (Hofmusicus und Concertmeister) in Salzburg ernannt. 1768 heiratete er die Hofsängerin Maria Magdalena Lipp, Tochter des Hoforganisten Franz Ignaz Lipp. Aus der als glücklich bezeichneten Ehe ging nur eine Tochter hervor, die als Säugling starb.
Haydn wurde 1782 Nachfolger Wolfgang Amadeus Mozarts als Organist an der Dreifaltigkeitskirche; später war er auch für die Dommusik zuständig. In Salzburg wirkte Haydn insgesamt 43 Jahre lang. Er schrieb 360 sakrale und weltliche Kompositionen, vor allem Instrumentalmusik. Er war ein Freund Mozarts.
Michael Haydn wurde am 13. August 1806 in der Kommunalgruft im Petersfriedhof Salzburg beigesetzt. Anlässlich einer der regelmäßigen Gruftleerungen beschaffte sich Haydns Witwe den Schädel und stellte ihn neben ihrem Bett auf. Nach ihrem Tod wurde die Kopfschale in einem Teil des Haydn-Grabmals in der Stiftskirche von St. Peter verwahrt, heute noch befindet sie sich in der Erzabtei St. Peter.
Sein vor allem in Messen häufig gesungenes Werk ist das Deutsche Hochamt („Hier liegt vor Deiner Majestät“), das zu den wenigen kirchlichen Volksgesängen der Klassik gehört.
Haydn war ein wichtiger Wegbereiter der geistlichen Musik. Bekannt sind seine geistlichen Chorwerke, darunter die Missa Hispanica (für die er 1804 in Stockholm sein Diplom erhielt), eine Messe in d-Moll, ein Lauda Sion und eine Reihe von Gradualien, von denen 42 in Anton Diabellis Ecclesiasticon gedruckt wurden. Die weite Ausstrahlung seiner sakralen Musik zeigt sich u. a. daran, dass Michael Haydn den Generalbass schrieb für die unter dem Abt und Komponisten Nikolaus Betscher entstandene Choralhandschrift Antiphonarium ad usum chori Rothensis im Prämonstratenserkloster Rot an der Rot in Oberschwaben. Außerdem gilt Michael Haydn als wichtiger Verfechter des Männerchores. Des Weiteren schuf er unter anderem 41 Sinfonien, einige Instrumentalkonzerte und Kammermusik, darunter ein Streichquartett in C-Dur, das früher seinem Bruder Joseph zugeschrieben war. Ein für die Exequien seines Auftraggebers Erzbischof Sigmund Christoph von Schrattenbach 1771 komponiertes Requiem diente wohl als Vorbild für Mozarts gleichnamiges Werk. Ein weiteres, später komponiertes Requiem Haydns blieb unvollendet.
Eine Begründung, warum Michael Haydn weit weniger bekannt ist als sein berühmter Bruder Joseph, mag darin liegen, dass seine Werke zu Lebzeiten nicht verlegt wurden, sondern in handschriftlichen Kopien von Kloster zu Kloster verbreitet wurden. Ein Großteil des Schaffens von Michael Haydn ist der Öffentlichkeit noch weitgehend unbekannt, vor allem die weltlichen Kompositionen.
Oratorium, Der büßende Sünder, MH 147 (1771)
Konzert für Orgel, Viola und Streicher C-Dur
Konzert für Altposaune in D-Dur
Missa in honorem Sanctissimae Trinitatis, MH 1
Missa Sanctorum Cyrilli et Methodii, MH 13
Missa Beatissimae Virginis Mariae, MH 15 (Perger deest)
Missa in honorem Sancti Josephi, MH 16
Missa Sancti Francisci Seraphici (1a), MH 43
Messe C-Dur, MH 44 (Perger deest)
Missa dolorum Beatae Virginis Mariae, MH 57 (= identisch mit MH 552)