Die Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg (MLU) mit Hauptsitz in Halle (Saale) ging 1817 aus zwei Vorgängereinrichtungen hervor. Die ältere wurde 1502 als Leucorea in Wittenberg gegründet. Die jüngere Friedrichs-Universität entstand 1694 auf Veranlassung des Brandenburgischen Kurfürsten Friedrich III. in Halle. Als Zentrum von Pietismus und Aufklärung wurde sie bald eine der bedeutendsten Universitäten ganz Deutschlands. Ihren heutigen Namen erhielt die Volluniversität am 10. November 1933, als des 450. Geburtstages von Martin Luther gedacht wurde. 1994 feierte man ihr 300-jähriges Gründungsjubiläum. Die Universität Halle hat vier Nobelpreisträger hervorgebracht: den Mediziner Emil von Behring, die Chemiker Hermann Staudinger und Karl Ziegler sowie den Physiker Gustav Hertz. Zu den großen Gelehrten gehört Kurt Mothes, von 1954 bis 1974 Präsident der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina.
Friedrich III., Kurfürst von Brandenburg (und ab 1701 König Friedrich I. in Preußen), wollte im südlichen Herzogtum Magdeburg eine neue Universität errichten. Die Hallenser Ritterakademie, 1688 aus einer Exerzitienschule hervorgegangen, reichte schon lange nicht mehr für die Bedürfnisse der aufstrebenden Stadt aus.
Nach längerem Hintertreiben der Pläne an den Dresdener und Wiener Höfen hatte Kaiser Leopold I. endlich das Privileg zur Universitätsgründung erteilt. Am 30. Juni 1694 wollte Kurfürst Friedrich III. in Halle einziehen. Beim Dorf Trotha, wo der Landesherr Mittagstafel hielt, waren ihm viele berittene Studenten mit gezogenem Degen entgegengeritten, um ihm beim feierlichen Einzug das Geleit zu geben. Gegen 15 Uhr brach der Zug aus Trotha auf. Voran Jäger, Halloren, die Leibgarde, der Hofstaat, die Studenten, Pauker und Trompeter, dann der Kurfürst und sein Bruder Markgraf Philipp Wilhelm und zum Schluss ein Heer von Trabanten. Am Leipziger Tor empfingen der Stadtrat und die Professoren den einziehenden Kurfürsten. Am 1. Juli 1694 (nach gregorianischem Kalender am 11. Juli), dem Geburtstag Friedrichs III., wurde die Universität eingeweiht und auf den Namen des Landesherrn und Stifters „getauft“. 2000 Studenten von den Nachbaruniversitäten hatten sich eingefunden, um die neue Hochschule zu feiern. In der Domkirche hielt der Hofprediger Benjamin Ursinus die Festpredigt. Darauf eröffnete Staatsminister Paul von Fuchs mit der Inaugurationsrede die Friedrichs-Universität im Namen Kaiser Leopolds I. und auf Befehl Kurfürst Friedrichs III. Zum Rector Magnificus wurde Kurprinz Friedrich Wilhelm und zum Prorector der Theologe Johann Wilhelm Baier bestimmt. Der jeweilige Kurprinz sollte für die Zukunft stets das Rektorat bekleiden. Am 2. Juli wurden durch die Dekane der Fakultäten zwei doctores theologiae, acht doctores iuris, zehn doctores medicinae und 30 magistri ernannt. Damit war die neue Universität ins Leben getreten.
Das Universitätshauptgebäude war bis 1834 die Ratswaage. Die herausragenden an der Gründung beteiligten Gelehrten waren der Rechtsgelehrte und Philosoph Christian Thomasius und der Philosoph Christian Wolff. Durch die praktischen ethischen Schriften Thomasius’ wurde die hallische Universität zu einem Ausgangspunkt der deutschen Aufklärung. Im 18. Jahrhundert gingen diejenigen, die später die höheren Beamten des preußischen Staates wurden, nicht zuletzt aufgrund des Ansehens, das die Universität Halle durch Thomasius gewonnen hatte, zum Studium dorthin und nicht länger – wie zuvor – zumeist an die Brandenburgische Universität Frankfurt.
In den Folgejahren entstanden jedoch Konflikte mit den 1698 gegründeten Franckeschen Stiftungen, die das Zentrum des deutschen Pietismus wurden. Als Konsequenz der Unnachgiebigkeit Wolffs wurde dieser vom preußischen König Friedrich Wilhelm I. 1723 unter Androhung der Todesstrafe des Landes verwiesen. Wolff, der mit Gottfried Wilhelm Leibniz die Philosophie Deutschlands dominierte, emigrierte nach Marburg, wo er umjubelt eintraf. Nachdem sich die Konflikte zwischen Wolff und den hallischen Pietisten gelegt hatten, holte Friedrich II. Wolff 1740 wieder an die Universität Halle zurück. Im Jahr 1743 wurde Wolff als Nachfolger Johann Peter von Ludewigs Kanzler der Universität.
Im Jahr 1716 werden zum ersten Mal farbentragende Hallesche Studenten schriftlich erwähnt. Ein Jahr später existierten zwölf Landsmannschaften in Halle. Man hatte sich zusammengeschlossen, nachdem ein Theologiestudent gewaltsam zum Soldaten gepresst worden war. In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts dominierte die Landsmannschaft der Mosellaner die Studentschaft. Sie war 70 bis 80 Mann stark und trug grün-weiße Kokarden am Hut. Zeitweise existierten auch in Halle die freimaurerisch geprägten Studentenorden, u. a. Constatisten und Amicisten, die aber kaum eine nennenswerte Stellung einnehmen konnten. Nach 1786 verschwanden sie allmählich und 1801 wird die Auflösung des letzten Halleschen Ordens, des Unitistenordens vermeldet.
1717 eröffnete Johann Juncker an den Franckeschen Stiftungen das erste deutsche akademische Krankenhaus. 1724 wurde Moyses Sobernheim aus Bingen als einer der ersten Juden an einer deutschen Universität in Halle zum Dr. med. promoviert. Als erste Frau an einer deutschen Universität wurde Dorothea Christiane Erxleben 1754 in Halle promoviert.
Am 17. Oktober 1806 nahmen napoleonische Truppen Halle ein (Preußen erklärte Frankreich am 9. Oktober den Krieg – Vierter Koalitionskrieg; 14. Oktober 1806 Schlacht bei Jena und Auerstedt). Am 19. Oktober ritt der Kaiser Napoleon selbst in die Stadt ein. Eine Deputation begab sich sofort zu ihm, um Schutz für die Hochschule zu erbitten, den der bisherige kommandierende Befehlshaber, Marschall Bernadotte, bereits zugesagt hatte. Napoleon bestätigte den Deputierten sein Wohlwollen, nur um am Folgetag den Prorektor Maaß zu sich zu rufen und ihm mitzuteilen, dass die Friedrichs-Universität vom selbigen Tag an aufgehoben sei. Sämtliche Studenten, mit Ausnahme der geborenen Hallenser, sollten die Universität binnen 24 Stunden verlassen. Ihr bisheriges Hauptgebäude, die Ratswaage, funktionierte die Besatzungsmacht zum Lazarett um. Dabei wurde die wertvolle Inneneinrichtung zerstört. Danach diente die Ratswaage zeitweise auch als Schlachthaus. Mit Wiedereröffnung der Universität erhielt das Gebäude der Ratswaage nach Restaurierung wieder seine bisherige Funktion, bis 1834. König Hieronymus I. von Westphalen, zu dem Halle nun gehörte, hatte am 23. Dezember 1807 Deputierte seines neuen Königreiches, darunter auch Abgesandte der aufgehobenen Hochschule unter Führung Niemeyers, empfangen und die Wiedereröffnung der Universität versprochen. Am 16. Mai 1808 wurde die Wiedererrichtung in feierlicher Weise vollzogen. Neuen Zuzug von Lehrkräften brachte die Auflösung der Universitäten Helmstedt und Rinteln. Am 15. Juli 1813 ließ Kaiser Napoleon die Friedrichs-Universität ein zweites Mal aufheben, da sich in Anbetracht der Befreiungskriege die Studenten in Scharen ihrem ehemaligen Landesherrn Friedrich Wilhelm III. zum Kampf gegen die Franzosen anschlossen. Nach dem Sieg Preußens in der Völkerschlacht bei Leipzig ordnete der König am 15. November 1813 an, „dass die Universität Halle sofort in ihre volle Wirksamkeit eintreten solle“. Der Sieg über Frankreich führte auch in Halle zu nationaler Begeisterung unter den Studenten. Am 1. November 1814 gründete sich mit der Teutonia eine gemeinsame Landsmannschaft aller deutscher Studenten Halles, die die alten regionalen Zusammenschlüsse ersetzen sollte. Am 12. April 1817 wurde die vormals kursächsische und durch die Teilung Sachsens an Preußen gekommene Wittenberger Universität auf die Hallesche verschmolzen.
Die Universität hieß von nun an, mit Bezug auf die beiden im Doppelsiegel präsenten Gründer, den sächsischen Kurfürsten Friedrich den Weisen und den brandenburgischen Kurfürsten Friedrich III., die „(Königliche) Vereinigte Friedrichs-Universität Halle-Wittenberg“.
Die vom Preußischen Staat durch die Zusammenlegung erwarteten Synergieeffekte traten nach 1817 auf dem Gebiet der Naturwissenschaften und der Medizin tatsächlich ein. Bis zur Reichsgründung war die Universität jedoch einem ständigen Säuberungsprozess ausgesetzt. Nach 1817 wurden Professoren, die sich mit der Napoleonischen Fremdherrschaft arrangiert hatten, zurückgestuft oder entlassen.