Maria Anna von Bayern (* 21. März 1551 in München; † 29. April 1608 in Graz) war durch Geburt Prinzessin von Bayern und durch Heirat Erzherzogin von Innerösterreich-Steiermark.
Maria Anna entstammte dem deutschen Adelshaus der Wittelsbacher. Sie war die älteste Tochter von Herzog Albrecht V. von Bayern (1528–1579) und seiner Ehefrau der Erzherzogin Anna von Österreich (1528–1590), zweite Tochter von Kaiser Ferdinand I. und dessen Gemahlin Anna Jagiello, Prinzessin von Böhmen und Ungarn.
Ihre frühen Jahre verbrachte Maria Anna am Münchener Hof, an dem Malerei und Musik blühten. Sie wurde unter der Aufsicht ihrer Mutter tief katholisch und sehr streng erzogen, bisweilen sogar körperlich gezüchtigt. Sie war Schülerin von Andreas Staudenmaier und erlernte von diesem außer einer Grundbildung auch Latein. Großes Talent legte sie auf dem Gebiet der Musik an den Tag, war mit dem bedeutenden Komponisten Orlando di Lasso befreundet und spielte Orgel.
1570 war die rötlich-blondhaarige Prinzessin Maria Anna als Gemahlin für den Woiwoden Johann Sigismund Zápolya von Siebenbürgen vorgesehen, doch kam diese angedachte Eheverbindung nicht zustande. Dann warb Erzherzog Karl II. von Innerösterreich-Steiermark (1540–1590), dritter Sohn von Kaiser Ferdinand I. und dessen Gattin Prinzessin Anna von Böhmen und Ungarn, um die Hand seiner 10 Jahre jüngeren Nichte Maria Anna, die er schon früher bei den Hochzeitsfeierlichkeiten ihres Bruders Wilhelm kennengelernt und zu der er Zuneigung gefasst hatte. Nachdem Papst Pius V. wegen der nahen Verwandtschaft des Paars Dispens erteilt hatte, fand die Heirat von Maria Anna und Erzherzog Karl am 26. August 1571 in Wien statt. Anlässlich dieses freudigen Ereignisses gingen in Wien prachtvolle Feste vonstatten. Zeitgenössische Schriftsteller wie Heinrich Wirri und Wenzel Sponrib verarbeiteten das Thema der glänzenden Hochzeitsfeierlichkeiten des Erzherzogspaars literarisch. Am 10. September 1571 hielten die Frischvermählten ihren Einzug in Graz, woran sich siebentägige Festlichkeiten anschlossen. Diese Heirat brachte Erzherzog Karl eine wichtige Stützung durch die Herrscherfamilie Bayerns ein.
Aus der glücklichen Ehe von Maria Anna und Karl II. von Innerösterreich-Steiermark gingen fünfzehn Kinder, sechs Söhne und neun Töchter, hervor, von denen drei früh verstarben:
Ferdinand (* 15. Juli 1572; † 3. August 1572)
Anna (* 16. August 1573; † 10. Februar 1598) ⚭ 1592 Sigismund III. Wasa, König von Polen und Schweden
Maria Christina (* 10. November 1574; † 6. April 1621), 1607 Stiftsdame, 1612 Oberin zu Hall/Tirol ⚭ 1595–1599 Sigismund Báthory, Großfürst von Siebenbürgen
Katharina Renata (4. Januar 1576; † 29. Juni 1595)
Elisabeth (* 13. März 1577; † 29. Januar 1586)
Kaiser Ferdinand II. (* 9. Juli 1578; † 15. Februar 1637)
⚭ Maria Anna von Bayern (1574–1616)
⚭ Eleonore von Gonzaga (1598–1655)
Karl (* 17. Juli 1579; † 17. Mai 1580)
Gregoria Maximiliane (* 22. März 1581; † 20. September 1597)
Eleonore (* 25. September 1582; † 28. Januar 1620), Stiftsdame zu Hall/Tirol
Maximilian Ernst (* 17. November 1583; † 18. Februar 1616), Erzherzog
Margarete (* 25. Dezember 1584; † 3. Oktober 1611) ⚭ 1599 König Philipp III. von Spanien