Magdalena Sibylla von Sachsen-Weißenfels (* 2. September 1648 in Halle; † 7. Januar 1681 in Gotha) war eine geborene Prinzessin von Sachsen-Weißenfels und -Querfurt aus dem Hause der albertinischen Wettiner und durch Heirat Herzogin von Sachsen-Gotha-Altenburg.
Magdalena Sibylla war die älteste Tochter des Herzogs August von Sachsen-Weißenfels und dessen Gemahlin Anna Maria von Mecklenburg-Schwerin, Tochter des Herzogs Adolf Friedrich I. von Mecklenburg-Schwerin.
Sie ist nach ihrer Großmutter väterlicherseits, der sächsischen Kurfürstin Magdalena Sibylle von Preußen, benannt.
Im Jahr 1669 heiratete sie den Erbprinzen Friedrich von Sachsen-Gotha, der ab 1672 als Statthalter seines Vaters in Altenburg und ab 1674 als Prinzregent bzw. ab 1675 als Herzog ganz Sachsen-Gotha-Altenburg regierte.
Magdalena Sibylla starb im Alter von 32 Jahren und wurde in der Fürstengruft der Schlosskirche auf dem Gothaer Friedenstein bestattet.
Ihre einzige Ehe schloss sie am 14. November 1669 in Halle mit Friedrich I., Herzog von Sachsen-Gotha-Altenburg, dem Sohn Ernsts I., Herzog von Sachsen-Gotha, aus dessen Ehe mit Elisabeth Sophia von Sachsen-Altenburg.
Mit ihrem Gemahl hatte sie folgende Kinder:
Anna Sophia (* 22. Dezember 1670 in Gotha; † 28. Dezember 1728 in Rudolstadt), Prinzessin von Sachsen-Gotha-Altenburg ⚭ Ludwig Friedrich I., Fürst von Schwarzburg-Rudolstadt
Magdalena Sibylla (* 30. September 1671 in Gotha; † 2. März 1673 in Altenburg), Prinzessin von Sachsen-Gotha-Altenburg
Dorothea Maria (* 22. Januar 1674 in Gotha; † 18. April 1713 in Meiningen), Prinzessin von Sachsen-Gotha-Altenburg ⚭ Ernst Ludwig I., Herzog von Sachsen-Meiningen
Friederike (* 24. März 1675 in Gotha; † 28. Mai 1709 in Karlsbad), Prinzessin von Sachsen-Gotha-Altenburg ⚭ Johann August, Fürst von Anhalt-Zerbst
Friedrich II. (1676–1732), Herzog von Sachsen-Gotha-Altenburg ⚭ Magdalena Augusta von Anhalt-Zerbst
Johann Wilhelm (* 4. Oktober 1677 in Gotha; † 15. August 1707 in Toulon), Prinz von Sachsen-Gotha-Altenburg
Elisabeth (* 7. Februar 1679 in Gotha; † 22. Juni 1680 in Gotha), Prinzessin von Sachsen-Gotha-Altenburg
Johanna (* 1. Oktober 1680 in Gotha; † 9. Juli 1704 in Strelitz), Prinzessin von Sachsen-Gotha-Altenburg ⚭ Adolf Friedrich II., Herzog von Mecklenburg-Strelitz
Durch ihre Nachkommen ist sie sowohl Stammmutter von Königin Viktoria als auch von deren Gemahl Prinz Albert.
Druckschriften von und über Magdalena Sibylla von Sachsen-Weißenfels im VD 17.
Johann Hübners ... Drey hundert und drey und dreyßig Genealogische Tabellen. Tab. 169