Louis Jean Marie Daubenton (oder d’Aubenton; * 29. Mai 1716 in Montbard, Burgund; † 31. Dezember 1799 in Paris) war ein französischer Arzt und Naturforscher.
Daubenton war ein Sohn von Jean Daubenton (1669–1736), einem Notar, und dessen Frau Marie Pichenot (* ca. 1680). Pierre Daubenton war sein älterer Bruder. Er sollte auf Wunsch der Familie zum Priester ausgebildet werden. Im Alter von zwölf Jahren wurde er Novize. Er besuchte zunächst das jesuitische Collège des Godrans sowie das der Dominikaner in Dijon. Daubenton wurde nach Paris geschickt, um Theologie an der Sorbonne zu studieren. Während dieser Zeit begann er sich für Medizin zu interessieren. Er besuchte, ohne das Wissen seines Vaters, anatomische und botanische Vorlesungen am Jardin du Roi. Nach dem Tod seines Vaters im Jahr 1736 ging er nach Reims, um dort Medizin zu studieren. Daubenton wurde 1741 an der Universität Reims zum Doktor der Medizin promoviert. Er kehrte nach Montbard zurück, um dort als Arzt zu praktizieren.
Im Juli 1739 wurde Georges-Louis Leclerc de Buffon, der ebenfalls aus Montbard stammte, zum Intendanten des Jardin du Roi ernannt. Etwa 1740 forderte sein Gönner Jean-Frédéric Phélypeaux de Maurepas Buffon auf, einen Katalog der Bestände des Cabinet du roi (Kabinett des Königs) im Jardin du Roi von Paris zu erstellen. 1742 berief Buffon Daubenton nach Paris, um ihn bei seiner Arbeit dort zu unterstützen. Am 12. Juni 1745 wurde Daubenton zum Aufseher und Demonstrator („garde et démonstrateur“) des königlichen Kabinetts ernannt. Zuvor erschien 1743 in der Zeitschrift Histoire de l’Académie royale des sciences mit seinem Bericht über Schalentiere Daubentons erste Veröffentlichung, die zu seiner Aufnahme in die Académie des sciences führte.
Im Oktober 1748 wurde im Journal des sçavans das auf 15 Bände konzipierte und gemeinschaftlich von Daubenton und Buffon verfasste Werk Histoire naturelle, générale et particulière, avec la description du cabinet du roy (1749–1767) angekündigt. Die Veröffentlichung aller Bände erfolgte durch Laurent Durand von der königlichen Druckerei (Imprimerie Royale). Die ersten drei Bände erschienen gleichzeitig 1749. Davon verfasste Buffon die ersten beiden Bände allein. Der dritte Band enthält mit Description du Cabinet du roy hauptsächlich Daubentons Beschreibung des königlichen Kabinetts. Zu allen weiteren Bänden, die bis 1767 erschienen, lieferten beide Beiträge. Von Daubenton stammten hauptsächlich anatomische Beiträge. Insgesamt trug er zu den Bänden etwas weniger als die Hälfte des Textes bei.
Im Mai 1748 unterzeichnete Daubenton einen Vertrag mit Denis Diderot und Jean Baptiste le Rond d’Alembert, den Herausgebern der Encyclopédie. Für diese verfasste er von 1751 bis 1780 über 900 Einträge.
Am 21. Oktober 1754 heiratete er Marguerite Daubenton (1720–1818), eine Cousine ersten Grades und Schwester von Edme-Louis Daubenton (1730–1785). Das Paar hatte keine Kinder.
1778 wurde Daubenton auf den Lehrstuhl für Naturgeschichte am Collège royal berufen.
Für die Teilbände Histoire naturelle des animaux („Naturgeschichte der Tiere“) der Encyclopédie méthodique schrieb Daubenton Beiträge über die Vierbeiner und Wale (1782) und über die eierlegenden Vierfüßler und Schlangen (1784) und Fische (1787).
Daniel-Charles Trudaine (1703–1769), seit 1749 Handelsdirektor, und sein Sohn Jean-Charles-Philibert Trudaine de Montigny (1733–1777) beauftragten Daubenton die französischen Hausschafrassen zu verbessern, damit sie eine bessere Wollqualität als die der spanischen Merinowolle liefern könnten. 1766 gründete Daubenton in der Nähe seiner Heimatstadt Montbard eine Schaffarm. Die Regierung erklärte sich bereit, das Unternehmen zu subventionieren. Er züchtete Schafe aus dem Roussillon, Flandern, Spanien, England, Marokko und Tibet. Er dokumentierte ihre Haltung, ihre Kreuzungen und führte nach ihrem Tod Autopsien durch. Die Ergebnisse seiner Untersuchungen veröffentlichte Daubenton 1782 unter dem Titel Instruction pour les bergers (Katechismus der Schaafzucht) 1783 wurde Daubenton Professor der Agrarökonomie an der École nationale vétérinaire d’Alfort bei Paris.
Am 9. Juli 1793 wurde er zum ersten Direktor des Muséum national d’histoire naturelle gewählt. Außerdem wurde er auf den dortigen Lehrstuhl für Mineralogie berufen, den er bis zu seinem Tod bekleidete. Zu seinen Schülern gehörte unter anderen René Just Haüy. Am 24. Dezember 1799 wurde er unter Napoleons Konsulat zum Mitglied des Senats (Sénat conservateur) berufen. Während der ersten Sitzung des Senats erlitt er einen Schlaganfall, an dessen Folgen er kurz darauf verstarb.
Am 19. März 1744 wurde Daubenton als „adjoint botaniste“ in die Académie des sciences aufgenommen. Am 13. August 1758 wurde er zum „associé botaniste“, am 29. Mai 1759 zum „associé anatomiste“ und schließlich am 16. Mai 1760 zum „pensionnaire anatomiste“ befördert. Seit dem 15. Juni 1752 war er auswärtiges Mitglied der Preußischen Akademie der Wissenschaften. Am 9. Januar 1755 wurde er zum Mitglied („Fellow“) der Royal Society gewählt. 1775 wurde er Mitglied der American Philosophical Society. Seit Dezember 1776 war er Ehrenmitglied der Russischen Akademie der Wissenschaften in Sankt Petersburg. 1779 wurde Daubenton Mitglied der Real Sociedad Bascongada de los Amigos del País und 1786 Mitglied der Société Vaudoise des Sciences Naturelles sowie der Accademia dei Georgofili.
Die Wasserfledermaus (Myotis daubentonii) und das Fingertier (Daubentonia madagascariensis) wurden nach Daubenton benannt.
Quaestio medica, An quinque medicinae partes medico necessariae. Reims 1741 – Dissertation unter dem Vorsitz von Pierre Josnet (1697–1766).
Instruction pour les bergers et pour les propriétaires de troupeaux. Paris 1782 (Digitalisat).
Katechismus der Schaafzucht zum Unterrichte für Schäfer und Schäferey-Herren. Leipzig / Dessau 1784 – herausgegeben von Christian August Wichmann.
2. Auflage. Siegert, Liegnitz / Leipzig 1795 (Digitalisat) – herausgegeben von Christian August Wichmann.
3. Auflage. Paris 1802 (Digitalisat).
4. Auflage. Paris 1810 (Digitalisat).