Japan ist in 47 Präfekturen (-to/-dō/-fu/-ken, im Kaiserreich zunächst nur -fu/-ken) unterteilt, die die mittlere Verwaltungsebene zwischen dem Zentralstaat und den Gemeinden (-shi/-ku/-chō/-son) bilden. Für mehr Informationen zur Rolle und Geschichte der Präfekturen, siehe Präfektur (Japan).
Als territoriale Einheiten waren diese 47 Präfekturen bereits 1888 mit der Abtrennung Kagawas von Ehime etabliert, und mit der Übertragung des Tama-Gebiets von Kanagawa an Tokio erfolgte 1893 die letzte große Grenzverschiebung abgesehen von kleineren Korrekturen (einzelne Gemeinden oder Ortsteile); allerdings wurde die Tōkyō-fu erst 1943 zur Tōkyō-to, die [Hokkai]-dō (Neufassung der Präfekturordnung 1946) und die [Tōkyō]-to (Selbstverwaltungsgesetz 1947) wurden erst nach dem Zweiten Weltkrieg gesetzlich voll mit -fu und -ken als Präfekturen gleichgestellt, und Okinawa-ken, das ebenfalls erst im 20. Jahrhundert voll gleichgestellt wurde, war ab 1945 als US-Ryūkyū-Inseln unter Verwaltung der Vereinigten Staaten und wurde erst 1972 wieder de facto Teil Japans.
Ehemalige Präfekturen (unvollständig)
Die ersten Präfekturen (Stadtpräfekturen -fu und ländliche Präfekturen -ken) entstanden in der Meiji-Restauration 1868 in den vormaligen Shōgunatsstädten und den direkt vom Shōgunat kontrollierten ländlichen Gebieten. 1869 wurde der Status von -fu für die drei wichtigsten Stadtpräfekturen des Reiches – Kyōto, Osaka und Tōkyō – reserviert, alle anderen -fu wurden in -ken umgewandelt. Flächendeckend wurde das Kaiserreich mit der Abschaffung der Fürstentümer (-han) 1871 in Präfekturen unterteilt. Bis in die 1890er Jahre entstanden durch Zusammenlegungen in mehreren Schritten im Wesentlichen die heutigen Präfekturen, wobei noch unterschiedliche Regelungen für -fu und -ken galten und die Hokkaidō und die Okinawa-ken den anderen Präfekturen des Mutterlandes erst im 20. Jahrhundert gleichgestellt wurden. 1888/89/90 erließ die Regierung von preußischen Beratern mitgestaltete Präfekturordnung (fukensei), Landkreisordnung (gunsei) und Kommunalordnungen (shisei und chōsonsei), seitdem untergliedern sich alle Präfekturen in die heute noch bestehenden Gemeindeformen -shi, -chō/-machi und -son/-mura ([kreisfreie] Städte, [kreisangehörige] Städte und Dörfer, siehe Gemeinde (Japan)); die auf das Altertum und chinesische Einflüsse zurückgehenden und 1878 zunächst reaktivierten Landkreise (-gun) wurden im frühen 20. Jahrhundert als Verwaltungseinheit endgültig abgeschafft.
Für Präfekturen (-ken), die nur kurzzeitig bei der Abschaffung der Han 1871 aus gleichnamigen Fürstentümern (-han) geschaffen, territorial konsolidiert (En-/Exklaven etc.) und noch im Jahr Meiji 4 (greg. 19. Feb. 1871 – 8. Feb. 1872) fusioniert wurden, bestehen keine eigenen Einträge. Als Vorläufer sind solche als -han→-ken aufgeführt und verlinken auf das Fürstentum.
Die Jahresangaben in der Liste sollten sich auch vor der Einführung des gregorianischen Kalenders 1873 auf gregorianische Kalenderjahre beziehen. Schon manche japanische Quellen übergehen aber die Kalenderumstellung, wodurch auch in dieser Liste und in Quellen in europäischen Sprachen gelegentlich widersprüchliche Datumsangaben entstehen.
Präfektur Karafuto (樺太庁, Karafuto-chō) ab 1907, 1943 zum Teil des Mutterlandes erklärt (s. o.), heute Teil des Oblast Sachalin der Russischen Föderation
Nan’yō-chō (南洋庁, „Südseeamt/-behörde/-verwaltung“) ab 1922, s. Japanisches Südseemandat, anschließend Treuhandgebiet Pazifische Inseln der Vereinigten Staaten von Amerika
Taihoku-shū (臺北州, chin. Lesung Táiběi Zhōu) ab 1920, heute drei Städte (shì) und ein Landkreis (xiàn) der Republik China
Keiki-dō (jap. Lesung von 京畿道, kor. Gyeonggi-do), heute Gyeonggi-do und die später herausgelösten Städte Seoul und Incheon in der Republik Korea
Liste japanischer Präfektursymbole
National Governors' Association Website (englisch für Zenkoku Chijikai, nationale Gouverneurskonferenz)
National Association of Chairpersons of Prefectural Assemblies Website (englisch für zenkoku todōfuken gikai gichōkai, nationale Präfekturparlamentspräsidentenkonferenz)
Ishida Satoshi, 地理データ集: Karte der Präfekturen nach der ersten Konsolidierung 1871/72 (japanisch)