Kyrillos Loukaris (griechisch Κύριλλος Λούκαρις (Λούκαρης), lateinisch Cyrillus Lucaris; * 1572 in Candia, Kreta; † 27. Juni 1638 am Bosporus, Osmanisches Reich) war ein orthodoxer Geistlicher und Gelehrter. Er war griechisch-orthodoxer Patriarch von Alexandrien (1602–1620) und Ökumenischer Patriarch in Konstantinopel (1621–1638 mit Unterbrechungen). In seinen Schriften vertrat er teilweise protestantische oder als solche verdächtigte Ansichten.
Loukaris stammte aus Kreta. Er wuchs unter dem Einfluss seines Onkels Meletios Pegas, des späteren Patriarchen von Alexandrien, auf. Er studierte in Padua und Venedig. Danach wurde er auf Kreta Vorsteher eines orthodoxen Klosters.
1592 schickte ihn Meletios das erste Mal nach Russland und Polen-Litauen, um Einfluss auf die geplante Union der ruthenischen orthodoxen Kirche mit der römisch-katholischen Kirche zu nehmen. Kyrill unterrichtete auch an der Ostroger Akademie griechische Sprache und war dort Rektor.
1596 nahm er als Exarch des Patriarchen an den Versammlungen des orthodoxen Klerus in Polen-Litauen teil, die die Union von Brest mit Rom ablehnten. 1597 ernannte ihn Patriarch Meletios zum provisorischen Nachfolger des Metropoliten von Kiew, der die Union mit dem römischen Papst angenommen hatte. Kyrill konnte dieses Amt allerdings nicht ausüben und musste Polen-Litauen verlassen.
Er ging nach Wittenberg und Genf als den wichtigsten Zentren des Protestantismus und studierte dort. 1600 kehrte er auf Wunsch des polnischen Königs nach Polen-Litauen zurück, um zwischen der griechisch-katholischen und der orthodoxen Kirche zu vermitteln, allerdings ohne Erfolg.
1602 wurde er Patriarch von Alexandrien und amtierte als solcher bis zu seiner Erhebung zum Ökumenischen Patriarchen 1620.
Den Stuhl des Konstantinopler Patriarchen gewann und verlor Loukaris mehrmals, je nach Stärke der innerkirchlichen Opposition und der auswärtigen christlichen Mächte gegensätzlicher Konfession:
Kyrillos Lukaris (Patriarchatsverweser)
Kyrillos I. Lukaris (zum zweiten Mal) 1620 – 1623
Kyrillos I. Lukaris (zum dritten Mal) 1623 – 1630,
Kyrillos I. Lukaris (zum vierten Mal) 1630 – 1633
Kyrillos I. Lukaris (zum fünften Mal) 1633 – 1634
Athanasios III. Patelaros 1634
Kyrillos I. Lukaris (zum sechsten Mal) 1634 – 1635
Kyrillos II. Kontares (zum zweiten Mal) 1635 – 1636
Kyrillos I. Lukaris (zum siebten Mal) 1637 – 1638
Kyrillos II. Kontares (zum dritten Mal) 1638 – 1639
Zwischen 1622 und 1627 bereiste Loukaris Nord- und Westeuropa, unter anderem Bremen, Hamburg und Oxford. Er suchte die Unterstützung der Protestanten. Sein Gegner Kyrillos Kontares, der vom Jesuitenkolleg Galata stammte, sicherte sich hingegen die Unterstützung der katholischen Kirche, die durchaus bestrebt war, in Konstantinopel Fuß zu fassen.