Kelheim ist die Kreisstadt des gleichnamigen Landkreises im Regierungsbezirk Niederbayern und mit rund 17.000 Einwohnern zugleich die bevölkerungsreichste Stadt im Landkreis. Überragt wird Kelheim von der Befreiungshalle, die auf einem Bergsporn zwischen Donau- und Altmühltal liegt.
Die Stadt liegt am Ausgang des Donaudurchbruchs unterhalb des Michelsberges an der Mündung der Altmühl in die Donau, demnach kurz hinter der Stelle, an der die Donau die Fränkische Alb durchquert. Die Stadt liegt an Donau und Altmühl bzw. Main-Donau-Kanal zwischen Ingolstadt und Regensburg. Westlich der Stadt liegt mit dem Naturwald Buchenwälder in der südlichen Frankenalb eines der größten Waldschutzgebiete Bayerns.
Es gibt 27 Gemeindeteile (in Klammern ist der Ortstyp angegeben):
Auf dem Gemeindegebiet gibt es 13 Gemarkungen:
Durch Ausgrabungen kann eine Besiedelung der Umgebung seit dem Neandertaler nachgewiesen werden. Im Stadtgebiet befinden sich bronzezeitliche Grab- und Siedlungsfunde (etwa 2000 v. Chr.), ein bedeutendes Urnengräberfeld (etwa 800 v. Chr.) und hallstattzeitliche Gräberfelder. Zwischen dem dritten und ersten vorchristlichen Jahrhundert befand sich auf dem Michelsberg ein spätkeltisches Oppidum namens Alkimoennis. Mit einer Fläche von 650 Hektar war es das zweitgrößte im Süden Deutschlands. Ebenso gibt es Funde aus der Römerzeit und Ausgrabungen einer bajuwarischen Siedlung (etwa 600 n. Chr.). Der Krieger von Kelheim ist ein Fund aus der Merowingerzeit.
Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 866. 879 war Kelheim Sitz der Kelsgaugrafen. Im 11. Jahrhundert kam es in den Besitz der Wittelsbacher. Die Stadtrechte wurden Kelheim (Cheleheim) 1181 durch den Bayernherzog Otto I. verliehen. Sein Sohn und Nachfolger, Herzog Ludwig der Kelheimer, machte die Stadt zu einer seiner bevorzugten Residenzen und soll hier auch geboren worden sein. Nach seiner Ermordung auf der Kelheimer Brücke 1231 verlegten die Wittelsbacher die Residenz nach Landshut, wo Ludwig die Burg Trausnitz erbaut hatte. 1476 wurde die alte Burg Kelheim abgebrochen und an ihrer Stelle ein schlichtes Amtsschloss erbaut. Steine der Burg wurden auch für den Neubau des Herzogskastens und des Schleiferturms der äußeren Stadtbefestigung verwendet. Auch nach der Verlegung des Regierungssitzes erfuhr die Stadt an dem wichtigen Donauübergang eine bevorzugte Förderung durch die Wittelsbacher. Sie entwickelte sich zu einem wichtigen Warenumschlagsplatz für Wein, Salz, Fisch, Vieh, Steine und Holz.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Stadt am 3. November 1633 vom schwedischen Heer des Herzogs Bernhard von Sachsen-Weimar besetzt und zu einer wichtigen Durchgangsstation beim Versuch der Schweden, Regensburg zu erobern. Hier fanden die Schweden nicht nur eine große Menge Proviant vor, hier wurde auch die Teilung des Heeres vollzogen in zwei Teilheere, die dann bei den Kämpfen um Regensburg die Reichsstadt auf beiden Ufern der Donau von Süden und von Norden her erreichen konnten. Das Übersetzen eines Teilheeres und später auch das Übersetzen der Kanonen und des Nachschubs auf das östliche (in Regensburg südliche) Donauufer konnte hier deshalb gut vollzogen werden, weil eine Fähre vorgefunden wurde, mit der man 60 Pferde gleichzeitig übersetzen konnte. Am 26. Juni 1634 wurde die Stadt von bayerischen Truppen wieder zurückerobert.
Kelheim verlor im Zuge der Reformen von Graf Montgelas 1803/4 seine magistratischen Eigenrechte. Erst mit dem bayerischen Gemeindeedikt von 1818 kann man wieder von Selbstverwaltungsrechten der Kommune sprechen. In Kelheim befand sich die Einfahrt des 1846 eröffneten Ludwig-Donau-Main-Kanals und der Handelshafen. Ein Werksteinbetrieb leitete 1850 frühzeitig die Industrialisierung der Stadt ein. 1882 folgte die Niederlassung eines Zweigwerkes der späteren Zellstofffabrik Waldhof; 1927 ließ sich hier die Parkettfabrik AG nieder. Im Jahre 1935 siedelte sich die Süddeutsche Chemiefaser AG an und 1938 die Süd-Chemie AG, Werk Kelheim.
Im Jahre 2011 wurde der Fund des Raubsauriers von Kelheim bekannt.
Am 1. Oktober 1937 wurde die Gemeinde Affecking eingegliedert. Im Jahr 1945 oder 1946 kam Gronsdorf hinzu. Im Zuge der Gebietsreform in Bayern folgte am 1. Januar 1972 Stausacker. Weltenburg kam am 1. Januar 1975, Staubing am 1. Januar 1976 hinzu. Die Reihe der Eingemeindungen wurde mit der Eingliederung der Gemeinden Herrnsaal, Kapfelberg, Lohstadt und Thaldorf am 1. Januar 1978 sowie Kelheimwinzer am 1. Mai 1978 abgeschlossen. Zum 1. Januar 2022 wurde das gemeindefreie Gebiet Hienheimer Forst aufgelöst und alle 126 Grundstücke des gemeindefreien Gebiets mit einer Fläche von insgesamt 2354,0096 Hektar wurden in das Gemeindegebiet der Stadt Kelheim eingegliedert, zum 1. Januar 2026 folgte das gemeindefreie Gebiet Frauenforst mit 19,85 km².
Im Zeitraum 1988 bis 2018 stieg die Einwohnerzahl von 14.676 auf 16.714 um 2.038 Einwohner bzw. um 13,9 %.
Stadt Kelheim nach dem jeweiligen Gebietsstand
Heutiges Gebiet der Stadt Kelheim
Im Mai 2026 wurde Dennis Diermeier (FW) zum Ersten Bürgermeister gewählt. Dessen Vorgänger war Christian Schweiger (CSU), der die Stichwahl gegen Diermeier verloren hatte.
Der Stadtrat umfasst (ohne Ersten Bürgermeister) 24 Mitglieder. Die Kommunalwahl am 8. März 2026 führte zu folgendem Ergebnis:
Kelheim ist Sitz der Kreisverwaltung des gleichnamigen Landkreises.
Deutschland Deutschland: Freundschaftsbund mit Sulzfeld am Main seit 1989
Frankreich Frankreich: Städtepartnerschaft mit Ambarès-et-Lagrave seit 1989