Das Wort Kapitän (vom lateinischen caput „Kopf, Haupt“, Wortstamm capit-, und davon abgeleitet capitaneus „Anführer“), auch Schiffsführer oder Schiffer, hat in fast alle europäischen Sprachen Eingang gefunden und bezeichnet unter anderem den Führer eines Schiffes. Die Führer von Kriegsschiffen werden offiziell Kommandant genannt; die Führer zivil besetzter Marinehilfsschiffe werden jedoch als Kapitän bezeichnet.
Jedes Wasserfahrzeug hat einen einzigen verantwortlichen Schiffsführer. Insbesondere auf großen Schiffen liegen eine Vielzahl nautischer, technischer und kaufmännischer Aufgaben und Verantwortlichkeiten in seiner Hand. In erster Linie trägt der Kapitän die Verantwortung für das Schiff als solches sowie für seine Teilnahme am Verkehr und an technischen Prozessen. Auch für die Navigation und die Sicherheit an Bord zeichnet er verantwortlich. Seine nächsten untergebenen Mitarbeiter sind der Leitende Ingenieur und der Erste Offizier. Als Betriebsleiter ist der Schiffsführer für die Besatzung und die Arbeitsorganisation, als Personenbeförderer oder Frachtführer für die Passagiere und die Ladung verantwortlich. Als „Hausherr“ auf dem Schiff besitzt der Schiffsführer die Bordgewalt.
In der Freizeitschifffahrt spricht man von Skippern, die in ihrer Funktion dem Kapitän gleichgestellt sind. Die Ausbildung ist aber wesentlich einfacher.
Im römischen Reich wurden Schiffe von einem „magister navis“ geführt, dieser war in der Regel Sklave – konnte aber auch Eigentümer „dominus navis“ oder Reeder „exercitor navis“ sein – und vereinte als nautischer Leiter und Geschäftsführer des Schiffs die Aufgaben des Kapitäns, des Korrespondentreeders und des Schiffsmanagers in einer Person.
Die nordeuropäischen mittelalterlichen Segelschiffe fuhren unter einem als „Master“ (niederdeutsch „Meester“) bezeichneten Schiffsführer. Dieser „Meister“ war der seemännische und nautische Führer eines Schiffes. Seine Helfer bezeichnete man als „Mates“ (englisch) oder „Maate“ (im Plattdeutschen bis heute in der Pluralform „Maaten“ gebräuchlich).
Als man begann, die Handelsschiffe (es gab in Nordeuropa damals keine regelrechten Kriegsschiffe) zum Schutz vor Überfällen zu bewaffnen, gab man dem „Master“ einen militärischen „Kapitän“ oder „Captain“ (also Hauptmann) mitsamt einigen Offizieren und Seesoldaten mit, die bei einem etwaigen Kampf die Führung des Schiffes übernahmen.
Schließlich wurden die bisherigen Schiffsführer (der Meester und seine Maaten) ganz dem Militär untergeordnet und bildeten nur mehr das für Segelführung und Navigation zuständige nautische Führungspersonal an Bord. Der eigentliche Schiffsführer hieß von da an Kapitän, seine direkten Assistenten waren die Schiffsoffiziere. So wurde aus dem militärischen „Kapitän“ (englisch „Captain“, deutsch „Hauptmann“) ein Schiffskapitän und nicht, wie häufig angenommen, umgekehrt.
Um die Doppelfunktion als militärischer und nautischer Führer zu unterstreichen, wurden im 18. und frühen 19. Jahrhundert Kommandanten militärischer Sloops als „Master and Commander“ bestallt, während auf größeren Schiffen ein eigener „Sailing Master“ für die Navigation zuständig war. Bis heute ist der Begriff Master oder Ship-Master eine übliche Bezeichnung für den Kapitän im englischsprachigen Raum, genauso wie für nautische Offiziere Mate eine übliche Bezeichnung ist.
Auch heute noch entspricht der Dienstgrad „Captain“ in englischsprachigen Heeren einem deutschen Hauptmann (entsprechend einem Kapitänleutnant der Marine). In der englischsprachigen Marine hingegen entspricht der Dienstgrad „Captain“ dem deutschen Kapitän zur See (entsprechend einem Oberst bei Heer und Luftwaffe). Um Verwechslungen zwischen dem Captain bei Land- und Luftstreitkräften einerseits und dem dienstgradhöheren Captain der Marine andererseits zu verhindern, führt Letzterer im Schriftverkehr häufig den Zusatz (USN) (in den USA) oder (RN) (in Großbritannien). Bei der englischsprachigen Polizei – mit Ausnahme der britischen, wo dem Captain angenähert im Rang der chief inspector entspricht – werden Revierleiter oder vergleichbare Führungsränge der Kriminalpolizei auch als „Captain“ bezeichnet. Dieser Rang ist in etwa mit einem deutschen Polizei-/Kriminalhauptkommissar oder Erstem Polizei-/Kriminalhauptkommissar vergleichbar.
Der erste weibliche Kapitän bei der Deutschen Handelsmarine war vermutlich Annaliese Teetz, die im Dritten Reich auf Empfehlung Martin Bormanns die Ausnahmegenehmigung erhielt, zunächst das Steuermannspatent und während des Zweiten Weltkrieges auch noch das A6-Patent Kapitän auf großer Fahrt zu machen.
Die vielfältigen Aufgaben und Verantwortungen lassen sich anhand des deutschen Seehandelsrechts umfassend beschreiben; es ist im April 2013 im HGB reformiert worden. Nach § 478 HGB besteht die Schiffsbesatzung aus dem Kapitän, den Schiffsoffizieren, der Schiffsmannschaft sowie sonstigen im Rahmen des Schiffsbetriebs tätigen Personen. Der Kapitän ist befugt, für den Reeder alle Geschäfte und Rechtshandlungen vorzunehmen, die der Betrieb des Schiffes gewöhnlich mit sich bringt (§ 479 Abs. 1 HGB). Diese Formulierung entspricht der eines Handlungsbevollmächtigten. In ein Schiffstagebuch („Logbuch“) sind durch den Kapitän alle Unfälle einzutragen, die das Schiff, Personen oder die Ladung während der Reise betreffen. Der Kapitän ist zur Ausstellung von Konnossementen befugt (§ 513 Abs. 1 HGB).
Das Seearbeitsgesetz (SeeArbG) regelt umfassend unter anderem die Rollen von Kapitän und Besatzung. Der Kapitän war demnach der vom Reeder bestellte Führer des Schiffs und musste Inhaber eines staatlichen Befähigungszeugnisses sein („Kapitänspatent“; § 5 Abs. 1 und 2 SeeArbG). Damit ist er Inhaber der Schiffsgewalt, trägt die Verantwortung für die nautische und administrative Führung des Schiffes und ist Hausherr. Er ist der Vorgesetzte aller Besatzungsmitglieder (§ 121 Abs. 1 SeeArbG) und hat für die Erhaltung der Ordnung und Sicherheit an Bord zu sorgen (Abs. 2); zur Gefahrenabwendung kann er Anordnungen auch mit Zwangsmitteln durchsetzen einschließlich vorübergehender Festnahme (Abs. 3). Diese Vorgänge lösen eine Eintragung ins Schiffstagebuch aus. Das Tagebuch ist vom Kapitän zu unterschreiben und gilt als Urkunde insbesondere bei späteren gerichtlichen Auseinandersetzungen. Kapitäne sind meist bei Reedereien angestellt. In größeren Häfen arbeiten Hafenkapitäne.
In der seit 1924 bekannten und mehrfach verfilmten Komödie Die Tote Tante – Das Haus in Montevideo spielen Trauungen auf dem Schiff Atlanta eine zentrale Rolle.
Spätestens seit der Fernsehserie Das Traumschiff muss klargestellt werden, dass eine Eheschließung als so genannte „Hochseetrauung“ durch einen Kapitän, der nicht gleichzeitig die Qualifikation eines Standesbeamten vorweist, auf einem deutschen Schiff nicht zulässig und nicht gültig ist, auch wenn sich das Schiff in internationalen Gewässern befindet. Ein Kapitän ist immer an das Recht des Landes gebunden, unter dessen Flagge sein Schiff fährt. Ehen dürfen in Deutschland nur vor dem Standesbeamten geschlossen werden (§ 1310 Abs. 1 BGB). Um Trauungen auf See zu unterbinden, unterliegt die United States Navy beispielsweise folgender Bestimmung: „Der kommandierende Offizier darf an Bord seines Schiffes oder Flugzeuges keine Trauungszeremonie durchführen.“
Gibt der Kapitän ein Schiff etwa wegen Seeuntüchtigkeit auf (engl. abandonment), wird es herrenlos. Die Aufgabe erfordert die Ausübung eines Ermessens oder Willensvermögens durch den Kapitän. Wird dieser und die Besatzung durch Piraten oder fremde Schiffsbesatzungen gezwungen, das Schiff zu verlassen, kann nicht von Aufgabe die Rede sein.
Der Kapitän muss die erforderlichen Patente zum Führen des Wasserfahrzeuges in dem jeweiligen Fahrgebiet vorweisen. Die Ausbildung erfolgt an Seefahrtschulen oder Fachhochschulen. Kapitäne mit einem Hochschulabschluss in Nautik führen den akademischen Grad Dipl.-Nautiker oder Dipl.-Wirtschaftsingenieur Seeverkehr oder Dipl.-Ing. Seeverkehr, seit der Umstellung von Diplom- auf Bachelorstudiengänge erhalten sie den Titel Bachelor of Science (B.Sc.) verliehen; Kapitäne, die ihre Ausbildung auf der Fachschule absolviert haben, tragen den Titel Staatlich geprüfte(r) Techniker(in).