Johannes Schulthess (* 28. September 1763 in Stettfurt; † 10. November 1836 in Zürich) war ein Schweizer Geistlicher und Hochschullehrer.
Johannes Schulthess war der vierte und jüngste Sohn des Pfarrers und Philologen Johann Georg Schulthess und dessen Ehefrau Anna (* 4. Oktober 1729 (Taufdatum) in Marthalen; † 3. Juli 1781 in Zürich), Tochter des Pfarrers Johann Heinrich Gossweiler (1688–1734); sein Bruder war der spätere Theologe Johann Georg Schulthess.
Er war in erster Ehe seit 1791 mit Elisabetha (* 17. Februar 1773 in Zürich; † 12. Dezember 1798), Tochter des Hochschullehrers Johann Rudolf Rahn verheiratet, gemeinsam hatten sie drei Kinder:
Hans Georg Schulthess (* 3. Juni 1795 in Zürich; † 1866), Pfarrer;
Hans Rudolf Schulthess (* 18. November 1798 in Zürich; † 10. November 1800 ebenda);
Johannes Schulthess (18. November 1798 in Zürich; † 1871), Französischlehrer an der Industrieschule.
In zweiter Ehe war er seit 1799 mit Anna Maria, Tochter von Salomon Hafner verheiratet; aus ihrer Ehe gingen vier Kinder hervor:
Rudolf Schulthess (* 3. Februar 1802 in Zürich; † 5. August 1833 in Paris), Arzt und Physik- und Botaniklehrer;
Anna Maria Schulthess (* 9. Juli 1803 in Zürich);
Friedrich Schulthess, übernahm 1831 das Verlagshaus seines Vaters und wurde Verleger;
Louise Schulthess (* 19. November 1806 in Zürich).
Johannes Schulthess wurde bis zu seinem vierzehnten Lebensjahr vom Vater unterrichtet und besuchte dann das Collegium humanitatis und das Collegium Carolinum in Zürich.
Nach Beendigung seiner theologischen Studien wurde ihm 1787 am Collegium Carolinum die Professur des Hebräischen übertragen. 1791 gründete er, gemeinsam mit dem Drucker Kaspar Näf (1760–1822), das Verlagshaus Schulthess (heute: Schulthess Juristische Medien); das Hauptanliegen des Verlages war vor allem die Herausgabe von theologischen und von Schulbüchern zur Bildung der Jugend.
1796 wurde er Professor der alten Sprachen und 1816 Professor der Theologie sowie Chorherr am Grossmünster.
Nachdem er sich vergeblich für die Erhaltung des Chorherrenstiftes bei der Neuordnung der Verhältnisse zu Beginn der 1830er Jahre eingesetzt hatte, lehrte er seit 1833 an der neugegründeten Universität Zürich als ausserordentlicher Professor bis zu seinem Tod weiter; zu seinen Studenten gehörte unter anderem Alexander Schweizer.
Johannes Schulthess beschäftigte sich mit exegetisch-theologischen Forschungen und wurde bekannt, als der schweizerische Vertreter des älteren Rationalismus in der Form von Heinrich Eberhard Gottlob Paulus und Johann Friedrich Röhr. Seine dogmatischen Grundsätze hat er 1822 in der mit Johann Caspar von Orelli herausgegebenen Broschüre Rationalismus und Supernaturalismus, Kanon, Tradition und Scription und von 1823 bis 1826 in seiner Revision des kirchlichen Lehrbegriffs niedergelegt.
Johannes Schulthess stiftete und leitete sowohl die Armenschule als auch die Blindenanstalt, die im Brunnenturm untergebracht war. Er war ein Anhänger von Johann Heinrich Pestalozzi’s Schulreform im Kanton Zürich und war von 1801 im Erziehungsrat, wo er sich für die Verbesserung der Lehrerausbildung einsetzte und deren Aktuar er bis 1813 war. Von ihm stammte auch der Plan der 1802 gegründeten Bürgerschule, deren Vorsteher er dann einige Jahre lang war. Gemeinsam mit Johann Heinrich Rusterholz (1760–1806) richtete er Schulmeisterkurse ein, die 1806 und 1807 auf dem Gut Riedtli bei Zürich abgehalten wurden.
Auf Wunsch Pestalozzi’s gründete er die Schweizerische Erziehungsgesellschaft, die, unter der Präsidentschaft von Pestalozzi, von 1808 bis 1812 in Lenzburg ihre jährlichen Zusammenkünfte durchführte und bei der Pestalozzi 1809 seine Rede Ueber die Idee der Elementarbildung hielt, die später von Johannes Niederer (1779–1843) teilweise überarbeitet wurde. Johannes Schulthess war für die Gesellschaft auch als Aktuar tätig und redigierte deren Verhandlungen.