Johannes (von) Nepomuk oder Johannes von Pomuk (lateinisch Joannes de Pomuk, tschechisch Jan Nepomucký oder Jan z Pomuku, * um 1350 in Pomuk, Pilsner Kreis; † 20. März 1393 in Prag) war ein böhmischer Priester und Märtyrer. Er wurde 1729 von Papst Benedikt XIII. heiliggesprochen. Die Jesuiten erhoben ihn 1732 zu ihrem zweiten Ordenspatron. Nepomuk gilt als Brückenheiliger und Patron des Beichtgeheimnisses.
Johannes Nepomuk wurde als Johannes Welflin oder Wolfflin im westböhmischen Pomuk (seit 1918 Nepomuk) geboren und entstammte vermutlich einer deutsch-böhmischen Familie. Pomuk gehörte zur Grundherrschaft des gleichnamigen Stifts der Zisterzienser. Sein Vater Welflin ist möglicherweise identisch mit dem 1355 bis 1367 in Pomuk wirkenden Ortsrichter. Johannes gehörte als Familiare (domesticus commensalis) zum Gefolge des Erzbischofs von Prag und ist seit 1369 als Notar, Protonotar und Sekretär (notarius, prothonotarius cancellarie) in der Kanzlei des Erzbistums belegt. 1370 wird er erstmals als Kleriker genannt. Mit seiner Priesterweihe im Jahre 1380 übernahm er den Titel eines Altarpriesters bei den Heiligen Erhard und Ottilie in der Veitskirche und erhielt die gut dotierte Pfarrstelle an der Galluskirche. Er studierte zunächst an der Juristenuniversität von Prag, wo er nach dem Zeugnis eines Kommilitonen bei Deutschen und Tschechen gleichermaßen beliebt war, und setzte sein Studium nach dem juristischen Examen (1381 Bacc. iur.) an der Universität Padua fort, wo er 1386 als Rektor der transmontanen Studentenschaft genannt wird und 1387 das Doktorat des Kirchenrechts (Dr. iur. can.) erlangte. Nach der Rückkehr aus Padua tauschte er ein Kanonikat an der Ägidiuskirche in Prag gegen einen Platz im renommierten Vyšehrader Kollegiatkapitel, dessen Anwalt er 1389 wurde. Im September desselben Jahres ernannte ihn der Prager Erzbischof Johann von Jenstein (Jenštejn) oder Jenzenstein (a. 1378–1396) zu einem seiner beiden Generalvikare neben Nikolaus Puchník von Černice. 1390 tauschte Johannes seine Pfarrpfründe mit dem Titel eines Erzdiakons von Saaz.
In der Zeit des Großen Abendländischen Schismas kam es zu machtpolitischen Auseinandersetzungen zwischen König Wenzel IV. und seinem früheren Kanzler, dem Erzbischof Johannes Jenstein von Prag. Dabei ging es um die Abgrenzung der weltlichen und kirchlichen Machtbereiche in dem früheren Missionsgebiet Böhmen, besonders die Übertragung hoher kirchlicher Ämter und Privilegien und die Ernennung von Bischöfen. In dem jahrelangen Zwist wurde 1392 ein Günstling König Wenzels in einem Verfahren exkommuniziert, dem Johannes von Nepomuk als Vertreter des Erzbischofs vorsaß. Im gleichen Jahr übergab der Erzbischof eine Beschwerdeschrift an König Wenzel, mit der er eine Klärung der kirchenrechtlichen Verhältnisse erreichen wollte und sich gegen die Unterdrückung der Kirche und des Klerus wandte. Der König verweigerte eine Antwort und beabsichtigte, den kirchlichen und wirtschaftlichen Einfluss des Erzbischofs zu schmälern. Zu diesem Zweck plante er, das Gebiet des Erzbistums Prag durch Errichtung eines westböhmischen Bistums Kladrau zu verkleinern. Zur Dotation dieses Bistums sah er das reiche Benediktinerkloster Kladrau vor, dem 87 Dörfer unterstanden. Nach dem Tode des Kladrauer Abtes Racek sollte eigentlich der königliche Kandidat Wenzel Gerard von Burenitz zu dessen Nachfolger und gleichzeitig zum ersten Bischof des neu zu errichtenden Bistums Kladrau ernannt werden. Doch die Mönche wählten am 7. März 1393 ihren Mitbruder Olen (auch Odilo und Odelenes genannt) zum Abt. Nach Vorlage des Wahlbriefs bestätigte der erzbischöfliche Generalvikar Johannes von Pomuk am 10. März 1393 auf Weisung des Erzbischofs diese Wahl sehr zügig innerhalb von drei Tagen. Der König konnte auf Grund seiner Abwesenheit – er befand sich gerade auf der Burg Křivoklát – die Einspruchsfrist nicht einhalten.
Im weiteren Verlauf der Auseinandersetzung wurde Johannes von Pomuk zusammen mit anderen erzbischöflichen Beamten verhaftet und gefoltert, während dem Erzbischof selbst die Flucht gelang. Als ranghöchster, seiner Herkunft nach aber unbedeutendster Bischofsvertreter wurde Johannes von Nepomuk schließlich von der Karlsbrücke in die Moldau gestürzt und ertränkt. Ertränken war im Mittelalter für Geistliche die übliche Todesstrafe. Die Leiche des im Wasser Treibenden soll der Legende nach von fünf Flammen bzw. „hell glänzenden Wunderzeichen“ umsäumt gewesen sein, weswegen Johannes Nepomuk oft mit fünf Sternen um sein Haupt abgebildet wird. Nach einer anderen Legende trocknete die Moldau aus, und der Leib des Toten konnte auf diese Weise aufgefunden werden. Tatsächlich wurde der ans Ufer gespülte Leichnam zuerst in der Heilig-Kreuz-Kirche bestattet. 1396 ließ ihn der Nachfolger des Erzbischofs, dessen Neffe Olbram von Škvorec, in den Prager Veitsdom überführen.
Schon unmittelbar nach der Tat nannte Johann von Jenstein, der bis zu seinem Tod nicht mehr in sein Erzbistum zurückkehrte, den ermordeten Generalvikar in einem (1752 in Prag entdeckten) Beschwerdebrief an Papst Bonifatius IX. einen Märtyrer. Auch in der wenige Jahre später von einem ihm nahestehenden Kleriker verfassten Biographie des Erzbischofs wird Jan Nepomuk als „glorreicher Märtyrer Christi, der viele Wunder veranlasst“ (gloriosum Christi martyrem miraculisque coruscum), bezeichnet. Das Andenken an den getöteten Priester wurde in Prag gepflegt, und schon kurze Zeit später entstanden Legenden und Wunderberichte. Vor allem Hagiographien aus dem 15. Jahrhundert schmückten die Lebensgeschichte mit unhistorischen Motiven aus.
Nach der Legende, die zur späteren Heiligsprechung des Johannes Nepomuk führte, entsprang sein Streit mit dem König nicht dem kirchenpolitischen Konflikt, sondern seiner Weigerung, das Beichtgeheimnis zu brechen. Demnach habe der Priester dem König nicht preisgeben wollen, was dessen von Wenzel der Untreue verdächtigte Frau ihm anvertraut hatte. Deshalb habe Wenzel ihn foltern und anschließend von der Prager Karlsbrücke ins Wasser stürzen lassen. Erstmals ist diese Version der Martyriumsgeschichte in dem um 1450 entstandenen Liber Augustalis („Kaiserchronik“) des Wiener Chronisten Thomas Ebendorfer belegt, der ihre Verbreitung für das Jahr 1433 attestiert.
Zeitweise wurde zwischen zwei Personen gleichen Namens unterschieden und die Legende vom standhaften Beichtvater der Königin einem anderen Jan Nepomuk zugeschrieben als dem historischen Generalvikar Johannes von Pomuk. Diese zuerst von dem böhmischen Chronisten Václav Hájek z Libočan († 1553) vorgenommene Unterscheidung spielte noch im Prozess zur Selig- und Heiligsprechung durch die Kirche im 18. Jahrhundert eine Rolle und man beschränkte die Kanonisation auf die mit der Wahrung des Beichtgeheimnisses in Verbindung gebrachte Gestalt.
Die Verehrung Jan Nepomuks in Böhmen nahm im 16. Jahrhundert zu, erreichte ihre Blüte allerdings erst mit den Rekatholisierungsbemühungen des 17. Jahrhunderts. Sie wurde dabei auch als Gegenkult inszeniert, um die Verehrung des tschechischen Reformators Jan Hus zu verdrängen, der ebenfalls in Prag und beinahe zeitgleich mit Nepomuk als Priester und Theologe gewirkt hatte und tatsächlich Beichtiger der Königin Sophie von Böhmen gewesen war, der zweiten Ehefrau König Wenzels IV. Im Zuge der Gegenreformation nach der Schlacht am Weißen Berg nahmen sich besonders die Jesuiten und der böhmische Adel des Kultes an. Noch im Dreißigjährigen Krieg ließ Graf Jaroslav Bořita von Martinitz in seinem Prager Palais eine Kapelle errichten, die Nepomuk gewidmet war. Der Prager Erzbischof Matthäus Ferdinand Sobek von Bilenberg bemühte sich als Erster um die Heiligsprechung und wurde darin seit den 1670er Jahren auch von Kaiser Leopold I. unterstützt. Der böhmische Jesuit Bohuslav Balbín verfasste 1670 die erste populäre Biografie des Märtyrers, die weitgehend Hájek folgt und in der von politischen Machtkämpfen keine Rede ist. Sie wurde in das Sammelwerk der Bollandisten aufgenommen, was für die weite Bekanntheit der Legende sorgte. Böhmische und mährische Missionare der Jesuiten und Franziskaner brachten die Verehrung auch nach Übersee in ihre Missionen.