Die Johannes-Passion (Passio secundum Johannem, BWV 245) ist neben der Matthäus-Passion (BWV 244) die einzige vollständig erhaltene authentische Passion von Johann Sebastian Bach. Sie ergänzt den Evangelienbericht nach Johannes von der Gefangennahme und Kreuzigung Jesu Christi durch Choräle und frei hinzugedichtete Texte und gestaltet ihn musikalisch in einer Besetzung für vierstimmigen Chor, Gesangssolisten und Orchester. Das etwa zwei Stunden dauernde Werk wird heute meist als Konzertmusik aufgeführt, hat seinen ursprünglichen Platz jedoch im Gottesdienst und wurde am Karfreitag, dem 7. April 1724, in der Leipziger Nikolaikirche uraufgeführt.
Der Passionsgeschichte, also dem biblischen Bericht vom Leiden und Tod Jesu Christi, kam aufgrund ihrer zentralen Bedeutung innerhalb der christlichen Theologie schon früh eine besondere Rolle im Gottesdienst zu: Sie wurde ab dem 5. Jahrhundert in feierlichem Ton gesungen und ab der Mitte des 13. Jahrhunderts auf drei Sänger verteilt (Christus in tiefer Lage, Evangelist in mittlerer Lage und übrige Personen und Chor in hoher Lage). Ab der Mitte des 14. Jahrhunderts wurden an der Handlung beteiligte Menschenmengen durch Turba-Chöre dargestellt. Bereits aus dem 17. Jahrhundert liegen vollständige Passionsvertonungen vor, unter anderem drei Chorwerke von Heinrich Schütz (nach den Berichten von Lukas, Matthäus und Johannes) sowie eine Johannes-Passion von Thomas Selle und eine Matthäus-Passion von Johann Theile.
Diese „oratorischen“ oder „konzertanten“ Passionen vertonen den Bibeltext wortgetreu, wobei es seit dem 17. Jahrhundert üblich wurde, zusätzlich Choräle, Arien und reine Instrumentalsätze aufzunehmen. In der Tradition dieser Werke, die zur Aufführung im Gottesdienst bestimmt waren, stehen auch die Passionen Bachs. Sie sind von den „Passionsoratorien“ zu unterscheiden, die erstmals Anfang des 18. Jahrhunderts entstanden, sich mit ihren freien Dichtungen vom Wortlaut der Bibel entfernten und stärker auf die emotionale Rührung des Zuhörers abzielten (siehe Hauptartikel Passion (Musik)). Ein zur Zeit Bachs bekanntes und mehrfach vertontes Werk dieser Art war Der für die Sünde der Welt gemarterte und sterbende Jesus von Barthold Heinrich Brockes. An seinen Text sind einige der freien Dichtungen angelehnt, die in Bachs Johannes-Passion Einzug gefunden haben.
Als Bach 1723 seine Stelle in Leipzig als Thomaskantor und Musikdirektor antrat, bestand seit etwa einem halben Jahrhundert die Tradition, die Passionstexte im Morgengottesdienst auf feierliche Art singend vorzutragen. Hierzu diente die als Wechselgesang angelegte Passionsvertonung von Johann Walter, die im Chorgesangbuch des Gottfried Vopelius (1682) erschienen war. Mehrstimmige, konzertante Figuralmusik wurde erst 1717 in der Neuen Kirche eingeführt, 1721 in der Thomaskirche und 1724 in der Nikolaikirche. Sie fand dann im jährlichen Wechsel in den beiden Hauptkirchen statt. Die Passionsgottesdienste stellten Höhepunkte im Kirchenjahr dar. Nach dem Frühgottesdienst von 7 bis 11 Uhr wurde die Passionsmusik im Vespergottesdienst ab 14 Uhr aufgeführt, der 4–5 Stunden dauern konnte. Eine einstündige Predigt wurde von den beiden Teilen der Passionsmusik gerahmt.
Die Johannes-Passion ist die früheste der heute bekannten Passionsmusiken Bachs. Da im Nekrolog des Komponisten von insgesamt fünf Passionen die Rede ist, von denen außer der Johannes-Passion jedoch nur die Matthäus-Passion erhalten und die Markus-Passion als verschollen nachweisbar sind, gilt es als möglich, dass Bach bei Teilen der Johannes-Passion auf ein früheres Werk zurückgegriffen hat, das ein Biograph des 19. Jahrhunderts auf 1717 datiert, über das jedoch keine sichere Aussage möglich ist. 1717 hatte Bach in Gotha als Gastspiel eine Passion aufgeführt. Bach ging ursprünglich von der Thomaskirche als Ort der Uraufführung der Johannes-Passion aus und musste sie vier Tage vor Karfreitag in die Nikolaikirche verlegen, da er offensichtlich nicht ausreichend informiert worden war, dass die musikalische Vesper jährlich abwechselnd in den beiden Hauptkirchen stattfinden sollte.
Von der Karfreitag 1724 in St. Nikolai uraufgeführten ersten Fassung des Werks sind lediglich Einzelstimmen erhalten, die jedoch große Ähnlichkeit mit der heute verbreiteten Fassung aufweisen. Wesentliche Unterschiede sind eine einfachere Satzweise, eine kürzere Fassung von Nr. 33 (Nummerierung der NBA), der vom Zerreißen des Vorhangs im Tempel berichtet, und vermutlich noch fehlende Stimmen für Traversflöte.
Ein großer Teil der für die zweite Aufführung 1725 in der Thomaskirche vorgenommenen Änderungen wird heute darauf zurückgeführt, dass Bach nicht in zwei aufeinander folgenden Jahren dieselbe Fassung aufführen wollte, zumal er die meisten Veränderungen später wieder rückgängig machte. Er ersetzte den Anfangs- und Schlusschor durch zwei Choralbearbeitungen, „O Mensch, bewein dein Sünde groß“ und „Christe, du Lamm Gottes“, tauschte eine Reihe von Rezitativen und Arien aus und schuf Nr. 33 in seiner heute bekannten Form. Es ist vermutet worden, dass ein Teil der eingefügten Sätze aus einem bereits in Weimar (1713) oder Gotha (1717) entstandenen Werk stammt und dass Bach die Passion durch die Veränderungen besser in die Reihe der Choralkantaten einpassen wollte, die er im Jahrgang 1724/25 systematisch schrieb. Beide Vermutungen lassen sich aber nicht zweifelsfrei belegen. Wahrscheinlicher ist, dass der Bachschüler und Textdichter Christoph Birkmann als Redaktor der zweiten Fassung der Passion den Text der drei Arien verfasst oder zumindest übernommen hat. Seine Kantatenzyklus GOtt-geheiligte Sabbaths-Zehnden nimmt das Libretto der 2. Fassung von 1725 vollständig auf.
In der dritten Fassung (nicht genau datierbar, 1728 oder 1732) machte Bach die wesentlichen Änderungen der zweiten Fassung rückgängig, da er die beiden ergänzten Choralbearbeitungen inzwischen für seine Matthäus-Passion verwendet hatte. Er entfernte darüber hinaus – möglicherweise aufgrund einer Anordnung der Obrigkeit – alle Textstellen, die aus dem Matthäusevangelium stammten, also u. a. die Erdbebenszene, sowie die Sätze, die sich unmittelbar auf diese bezogen. Als Ersatz fügte er zwei heute verschollene Sätze ein, vermutlich eine Tenor-Arie und eine instrumentale Sinfonia.
Ende der 1730er Jahre begann Bach in Anlehnung an die Urfassung des Werks mit einer korrigierten und stilistisch überarbeiteten Reinschrift, die womöglich für eine 1739 geplante, aber nicht ausgeführte Aufführung bestimmt war. Sie bricht nach 20 Seiten mitten in Nr. 10 ab und wurde erst gegen Ende seines Lebens durch einen Kopisten fortgeführt, dem vermutlich die heute verschollene Fassung von 1724 vorlag. Eine Korrektur dieser Kopie durch Bach selbst erfolgte nur teilweise.
Die letzte zu Bachs Lebzeiten aufgeführte Variante stammt von 1749. Sie entspricht im Wesentlichen wieder der Struktur von 1724, enthält jedoch den längeren Satz 33 und ist im instrumentalen Bereich (Streicher und Continuo) deutlich erweitert. Zudem sind die Arientexte Nr. 9 und 19/20 tiefgreifend umgedichtet, Nr. 39 wohl erst nach Bachs Tod. Inwieweit diese Textänderungen, die zum Teil den Text-Musik-Bezug zerstören und einen rationalistischen Charakter aufweisen, auf fremde Initiative zurückgehen, ist unklar.
Aufgrund des fragmentarischen Charakters der Überlieferung und Änderungen, die vermutlich weniger auf eine letztgültige Intention des Komponisten als auf Bedürfnisse der jeweiligen Aufführung und Anweisungen der Obrigkeit zurückgehen, existiert keine verbindliche Endfassung des Werks. Die heute meistens zur Aufführung gebrachte Fassung ist eine Mischung aus der unvollendeten Neufassung vom Ende der 1730er-Jahre und der vierten Fassung von 1749, ohne die späteren Textänderungen in den Arien.
Infolge der Bach-Renaissance mit der erstmaligen Wiederaufführung der Matthäus-Passion nach Bachs Tod 1829 in einer gekürzten Version, dirigiert von Felix Mendelssohn Bartholdy mit der Sing-Akademie zu Berlin, brachte diese unter Carl Friedrich Rungenhagen am 21. Februar 1833 auch die Johannes-Passion zur Aufführung. Die erste belegte Aufführung nach Bachs Tod fand am Karfreitag, 20. April 1832, im Bremer Dom statt. Die Leitung hatte der dortige Domkantor Wilhelm Friedrich Riem. Bereits vom 25. Mai 1815 an hatte sie auf Carl Friedrich Zelters Probenplan gestanden. In Leipzig kam es am 5. April 1844 unter Thomaskantor Moritz Hauptmann zur ersten Wiederaufführung der Passion.