Johann Wolfgang von Flüe (* 14. Juli 1691 in Sachseln; † 14. Mai 1754 ebenda) war ein Schweizer Offizier und Politiker.
Johann Wolfgang von Flüe war ein Nachfahre von Niklaus von Flüe. Er war der Sohn von Johann Konrad von Flüe (* 1655 in Luzern; † 15. März 1733 in Sachseln) und dessen Ehefrau Anna Marie (geb. Britschgi) (* 1660); seine Geschwister waren:
Hans Nicolas von Flüe (* vor 1684; † 1712 im Gefecht von Sins), verheiratet mit Anne Marie Götschi (* vor 1689);
Johann Peter von Flüe, Hauptmann in französischen Diensten und Landvogt im Tessin.
Er war in erster Ehe noch vor 1726 mit Marie Magdalena (geb. Blättler) verheiratet, gemeinsam hatten sie neun Kinder. In zweiter Ehe heiratete er noch vor 1734 Marie Regina (geb. Wirz), mit der er sechs Kinder hatte; aus seiner dritten Ehe noch vor 1752 mit Barbara (geb. Blättler) gingen drei Kinder hervor. Von seinen Kindern sind unter anderem bekannt:
Ludwig von Flüe, 1789 kommandierender Offizier der Schweizergarde bei der Verteidigung der Bastille während der Französischen Revolution, verheiratet mit Catharina Josepha (geb. Boulanger) aus Rouen;
Johann Nikodem von Flüe, Landammann.
Benedikt Niklaus von Flüe (* 21. März 1726 in Frauenfeld; † 29. Januar 1772 in Sachseln), Landammann, verheiratet mit Marie Franziska Ida, Tochter des Nidwaldner Landammanns Michael Jakob Zelger (1691–1764);
Johann Nikodem von Flüe (* 7. Mai 1734 in Sachseln; † 13. Februar 1823 ebenda), Landammann, verheiratet mit Marie Franziska (geb. Achermann);
Maria Antonia Nicola von Flüe, Äbtissin im Zisterzienserinnenkloster Mariazell zu Kalchrain;
Maria Kunigunde Nicola von Flüe, Konventualin und Äbtissin im Benediktinerinnenkloster Kloster St. Andreas in Sarnen;
Beata Nikola von Flüe im Kapuzinerinnenkloster St. Klara in Stans.
Von seinen Enkelinnen sind namentlich bekannt:
Maria Agnes Nicola von Flüe (* 28. Dezember 1818; † 3. April 1839), Äbtissin vom Benediktinerinnenkloster Münsterlingen;
Josefa Maria Franziska Barbara von Flüe, im Kapuzinerinnenkloster St. Klara in Stans;
Maria Nicola Ignazia von Flüe, im Benediktinerinnenkloster St. Andreas in Sarnen.
Sein Neffe war der Landammann Johann Peter von Flüe (1709–1783).
Johann Wolfgang von Flüe nahm von 1711 bis 1712 auf französischer Seite im Regiment Greder am spanischen Erbfolgekrieg teil.