Johann Wilhelm Libštejnský von Kolowrat (auch: Johann Wilhelm Reichsgraf Kolowrat-Liebsteinský; tschechisch Jan Vilém hrabě Libštejnský z Kolovrat; * 16. September 1625 in Innsbruck, Gefürstete Grafschaft Tirol; † 31. Mai 1668 in Brünn, Markgrafschaft Mähren) war ernannter Erzbischof von Prag.
Seine Eltern waren der böhmische Vizekanzler und Appellationsrat Albrecht von Kolowrat-Liebsteinsky (1583–1648) und dessen Ehefrau Sabina Viktoria Freiin von Wolkenstein-Trostburg (1596–1684). Seine Großeltern väterlicherseits waren der Kämmerer und Oberstallmeister Johann von Liebsteinsky-Kolowrat (1552–1616), ein Neffe Philippine Welsers und die Obersthofmeisterin Katharina von Boymont-Payrsberg (1562–1618).
Johann Wilhelm wuchs am erzherzoglichen Hof in Innsbruck auf. Er studierte als Alumne des Collegium Germanicum in Rom und besaß Kanonikate in Brünn und Olmütz, wo er auch Scholaster war. Er und seine Brüder Franz Karl (1620–1700), Ferdinand Ludwig (1621–1701) und Leopold Ulrich (1635–1690) erhielten am 20. Juli 1658 (Diplom vom 28. Februar 1660) den Reichsgrafenstand, sowie am 8. November 1660 den böhmischen Grafenstand. Nach dem Tod des Prager Erzbischofs Ernst Adalbert von Harrach nominierte ihn Kaiser Leopold I. im November 1667 zu dessen Nachfolger. Zugleich wählten ihn die Prager Kreuzherren mit dem Roten Stern zu ihrem Hochmeister. Beide Ämter konnte er nicht antreten, da er noch vor der Päpstlichen Approbation im Haus seines Bruders in Brünn an einem Schlaganfall starb. Sein Leichnam wurde im Wenzelsdom von Olmütz, sein Herz in der Kirche in Reichenau an der Knieschna beigesetzt.
Constantin von Wurzbach: Kolowrat-Liebsteinsky, Johann Wilhelm. In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. 12. Theil. Kaiserlich-königliche Hof- und Staatsdruckerei, Wien 1864, S. 382 (Digitalisat).
Kurt A. Huber. In Erwin Gatz: Die Bischöfe des Heiligen Römischen Reiches 1648–1803, ISBN 3-428-06763-0, S. 240
Kaiser und Höfe, Personendatenbank der Höflinge der österreichischen Habsburger in der frühen Neuzeit