Johann Wilhelm Baumer (* 10. September 1719 in Rehweiler; † 4. August 1788 in Gießen) war ein deutscher Physiker, Mediziner und Mineraloge.
Der Sohn des Oberförsters Johann Baumer und dessen Frau Anna Magarethe Nothnagel hatte die Gymnasien in Itzehoe und Schweinfurt besucht. Von 1739 bis 1741 hatte er Studien der philosophischen Wissenschaften und der Theologie an der Universität Halle und der Universität Jena absolviert. In Jena hatte er den akademischen Grad eines Magisters der philosophischen Wissenschaften erhalten und als Privatdozent Vorlesungen an der philosophischen Fakultät gehalten. 1742 wurde er Pfarrer in Krautheim, welche Stelle er 1746 aus gesundheitlichen Gründen wieder aufgab, um sich medizinischen Studien an der Universität Halle zu widmen.
Nach seiner Promotion im Jahr 1748 zum Doktor der Medizin unternahm eine Gelehrtenreise, die ihn an brandenburgische und holländische Universitäten führte. Anschließend ließ sich als Arzt in Erfurt nieder. An der Universität Erfurt wurde er 1754 Professor der Physik, war 1757 Assessor der medizinischen Fakultät und wurde im selben Jahr ordentlicher Professor der Medizin sowie 1758 Rat. Er wechselte 1764 als Professor der Medizin an die Universität Gießen, wo er zugleich Bergrat und Landphysikus wurde. 1777 wurde er in Gießen ordentlicher Professor der Chemie und Mineralogie an der Ökonomischen Fakultät.
Der geistige Initiator der 1754 gegründeten Churfürstlich-Mayntzischen Gesellschaft oder Akademie nützlicher Wissenschaften, der heutigen Akademie gemeinnütziger Wissenschaften zu Erfurt, hatte als Polyhistor vielseitige Interessen entwickelt. Vor allem ist er als Mineraloge im Gedächtnis der Wissenschaften geblieben, da er versuchte eine Klassifikation der Mineralien nach ihren physikalisch-chemischen Eigenschaften anzustreben.
Baumer war zweimal verheiratet gewesen. Seine erste Ehe ging er mit Johanne Christine Richter ein. Seine zweite Ehe schloss er 1779 mit Marie Juliane Hennemann. Von den Kindern ist bekannt:
Johanne Margarethe Wilhelmine (* 1749) verh. mit Johann Wilhelm Christian Baumer (1752–1828)
Johann Philipp Friedrich Wilhelm (1751–1762)
Johann Christoph Wilhelm (* 24. Januar 1753)
Johann Paul Wilhelm (1754–1757)
Caroline Auguste Louise (* 2. November 1765; † 1774)
Christian Heinrich Wilhelm (* 4. Januar 1768)
Juliane Dorothea Wilhelmine (1780)
Diss. (pro Loco inter docentes obtinendo) de justitia divina, Resp. Jo. Phil. Koch, Hanoviens. Jena 1741
Diss. inaug. de haemoptöe. Halle 1748
Diss. de transpiratione insensibili. Erfurt 1748
Diss. pro Loco, de nexu rerum hypothetice necessario, libertatem moralem non auferente. Erfurt 1749
Vollständige Lateinische Sprach-Kunst, nach wissenschaftlicher Lehr-Art abgehandelt. Franckfurt und Leipzig 1749
Diss. de potulentis. Erfurt 1750