Johann Otto Thieß (* 15. August 1762 in Hamburg; † 7. Januar 1810 in Bordesholm) war ein deutscher lutherischer Theologe und Schriftsteller.
Der Sohn des Arztes Johann Peter Thieß (1728–1787) und dessen Frau Katharina Margaretha Wiebeking besuchte die Gelehrtenschule des Johanneums und beschäftigte sich dort bereits als Schüler mit der Kirchen- und theologischen Literaturgeschichte, sowie den alten Sprachen Latein, Altgriechisch und Hebräisch. Schon während seiner Schulzeit veröffentlichte er seine ersten Werke (s. u.).
1780 bezog er die Universität Helmstedt, um ein Studium der Theologie zu absolvieren. Bei Heinrich Philipp Konrad Henke hörte er kirchengeschichtliche Vorlesungen, bei Johann Benedikt Carpzov IV. (1720–1803) theologische Literaturgeschichte, Hermeneutik und über einige Paulinische Briefe, bei Johann Kaspar Velthusen über Jeremia, bei Johann Karl Christoph Ferber (1739–1786) und Friedrich August Wiedeburg (1751–1815) Logik und Metaphysik, bei Lorenz von Crell Anthropologie, bei Paul Jakob Bruns Literaturgeschichte und bei Johann Christian Wernsdorf I. einige Profanskribenten. Außerdem besuchte er juristische und medizinische Vorlesungen. Zudem hatte er sich durch Privatstudien eine umfangreiche Sammlung für weitere zukünftige literarische Werke zugelegt.
1782 kehrte er nach Hamburg zurück, wurde am 16. Mai 1783 Kandidat des Hamburger geistlichen Ministeriums und im selben Jahr Nachmittagsprediger an der St. Paulskirche auf dem Hamburgerberge, jedoch ohne Ordination. Dieses nicht sehr arbeitsintensive Amt erlaubte ihm, sein Studium der theologischen Wissenschaften fortzusetzen. 1785 promovierte er in Helmstedt zum Doktor der Philosophie. In Hamburg verwickelte er sich aufgrund seiner zahlreichen schriftstellerischen Arbeiten in manche literarische Fehde. Ungeachtet seiner schriftstellerischen Tätigkeit und seiner Fähigkeiten auf der Kanzel fand er daher im Hamburger Konsistorium nicht die nötige Anerkennung, um in lukrativere Stellungen berufen zu werden. Hier waren es vor allem Johann Melchior Goeze und Christian Ludwig Gerling, die ihn wegen seiner heterodoxen Äußerungen ablehnten. Immerhin wurde er 1787 Vikar am Hamburger Dom. 1790 legte Thieß sein Amt nieder und ging an die Universität Gießen, wo er noch im selben Jahr zum Doktor der Theologie promovierte. Doch seine Hoffnung, als promovierter Theologe die nach dem Tod von Johann Heinrich Daniel Moldenhawer freigewordene Stelle als Hauptprediger am Hamburger Dom zu erhalten, erfüllte sich nicht. Die Stelle wurde überhaupt nicht neu besetzt.
Nachdem sich die Hoffnung auf eine Pfarrstelle zerschlagen hatte, wandte Thieß sich mit einer Bittschrift um eine Professur in Kiel an den dänischen König Christian VII. Weil er versprach, anfangs auf ein festes Gehalt zu verzichten, erhielt er 1791 die Erlaubnis, als Privatdozent an der Universität Kiel philosophische und theologische Vorlesungen zu halten, obwohl Samuel Gottfried Geyser, der Dekan der theologischen Fakultät, seiner Theologie und seiner Persönlichkeit gegenüber skeptisch war. 1793, er hatte inzwischen beim König darauf gedrängt, dass dessen angebliches Versprechen auf eine Professorenstelle endlich eingelöst würde, wurde er Adjunkt der theologischen Fakultät. Im selben Jahr erregte sein in Leipzig erschienenes Compendium Theses theologiae dogmaticae ad disceptandum propositae Ärgernis. Das Kurfürstentum Sachsen verbot das Buch und reichte Beschwerde dagegen in Kiel ein. Thieß verteidigte sich, die umstrittenen Thesen nur für Übungszwecke für seine Studenten aufgestellt zu haben. Dass Thieß die gewünschte theologische Professur nicht erhielt, sondern 1795 zum außerordentlichen Professor der Philosophie ernannt wurde, jedoch mit dem Verbot, Vorlesungen zu theologischen Themen zu halten, hing möglicherweise damit zusammen. Immerhin war diese Stelle etwas besser besoldet. Trotzdem war Thieß hauptsächlich auf die Einnahmen seiner zahlreichen Publikationen angewiesen.
1797 veröffentlichte er ein Andachtsbuch für aufgeklärte Christen, in dem er die wichtigsten Dogmen des lutherischen Christentums wie die göttliche Natur Jesu Christi und die Rechtfertigungslehre bestritt. Mit diesem Buch zog er allgemeine Ablehnung auf sich. 1799 wurde er, offiziell weil er ohne Erlaubnis theologische Vorlesungen gehalten hatte, mit einem Wartegeld von 300 Talern entlassen und musste Kiel verlassen, wobei ihm noch besonders befohlen wurde, keine Lehrvorträge mehr zu halten, sowie in seinen Druckschriften alle anstößigen Äußerungen über die christliche Religion zu vermeiden. Er lebte seit 1800 als Privatgelehrter in Itzehoe und seit 1805 in Bordesholm, wo er mit seiner zweiten Frau ein Erziehungsinstitut errichtete. Er starb, bevor sich die ihm gemachten Hoffnungen auf eine neue Anstellung erfüllen konnten.
Thieß war zwei Mal verheiratet. Seine erste Ehe schloss er am 3. Oktober 1792 mit Dorothea Katharina Hübbe (* 1771), Tochter des Kommissarius Hermann Hübbe (1733–1786) in Otterndorf. Sie starb am 10. August 1798 in Kiel kurz nach der Geburt des dritten Kindes. Der Sohn dieser Ehe, Hermann Wilhelm Marcus Thieß (1793-1867), wurde 1821 Pastor in Arnis und 1843 in Tolk, wo er während der Schleswig-Holsteinischen Erhebung wegen seiner prodänischen Einstellung entlassen wurde. Bald nach der Wiedereinsetzung 1850 wurde er zum Propst in Kappeln ernannt. Er war ein Anhänger Claus Harms und selbst ein beliebter Erweckungsprediger, der mehrere Predigtsammlungen veröffentlichte.
Seine zweite Ehe ging Johann Otto Thieß mit Charlotte, der Tochter seines Itzehoer Freundes, des Dichters Johann Gottwerth Müller, Witwe des 1804 verstorbenen Pastors Erhardi in Bordesholm, ein.
Thieß war ein ausgesprochen produktiver Schriftsteller, der über 100 Werke verfasste. Seine Schriften umfassten neben zahlreichen Predigten und Predigtentwürfen Andachtsbücher und wissenschaftliche Werke aus fast allen Bereichen der Theologie. Daneben widmete er sich der Geschichte. Bereits als Schüler hatte er 1780 eine zweibändige Gelehrtengeschichte von Hamburg herausgegeben, die zu seiner Zeit wenig Anklang fand, aber heute wie auch seine zweibändige Gelehrtengeschichte der Universität Kiel und andere gleichgelagerte Werke als historische Quelle wichtig ist. In mehreren, meist sehr kurzlebigen Zeitschriften wie der Hamburger Litteraturzeitung von 1785 und der Neuen Kielischen Gelehrten Zeitung, mit der er 1797 versuchte, ein früheres Blatt mit gleichem Namen wiederzubeleben, rezensierte er die Literatur seiner Zeit.
Theologisch ist er in der Aufklärungstheologie, der sogenannten Neologie, einzuordnen. Das Christentum sah er rein rationalistisch als pure Moral, wobei er die Dogmen und Rituale der Kirche als Hindernisse für ein wirklich sittliches Leben ansah und in seinen Schriften auch darüber spottete.
Schon 1783 hatten ihn seine Überzeugungen in manche Auseinandersetzung verwickelt, als er in seiner Schrift der Sturz des Ansehns Mosis zieht nicht notwendig den Sturz des Christentums Johann Christoph Döderlein verteidigte, der von Lessings Gegner Goeze in Hamburg angegriffen worden war.
Seine Schriften bezogen sich auf mehrere Zweige der theologischen Disziplinen. Eine Vorarbeit zur Kritik der neutestamentlichen Dogmatik lieferte Thieß 1792 in den Fundamentis theologiae christianae critico-dogmaticae, zu welcher seine gleichzeitig erschienene Schrift Ueber das Studium der Dogmatik, besonders auf Universitäten gewissermaßen als Einleitung anzusehen ist. Beide Werke schrieb er zum Zweck seiner akademischen Vorlesungen. Für diesen Zweck bestimmte er auch 1793 seine Handbibliothek für angehende Theologen. Gleichwohl zeugte sowohl dies Werk, als die 1797 geschriebene Einleitung in die neuere Geschichte der Religion, der Kirche und der theologischen Wissenschaften von seiner genauen Kenntnis der Kirchengeschichte und Literatur.
Das Fach der biblischen Exegese bereicherte er durch eine mit Erklärungen begleitete Übersetzung des Neuen Testaments. Zu den vier Bänden dieses Werks fügte er 1804 noch einen Neuen kritischen Commentar über das Neue Testament hinzu, nachdem er bereits 1796 ein Handbuch zum richtigen Verstande und zum fruchtbaren Gebrauch der Sonn- und Feiertagsevangelien herausgegeben hatte. Als Homiletiker zeigte er sich von einer nicht unvorteilhaften Seite durch mehrere Homilien und Predigtentwürfe, besonders aber durch die 1801 herausgegebene Anleitung zur Amtsberedtsamkeit öffentlicher Religionslehrer, zu deren Bildung er 1802 eine Anleitung drucken ließ. Als ästhetischer Schriftsteller hatte er sich 1784 durch „christliche Lieder und Gesänge“, 1796 durch ein christliches Communionbuch und 1797 durch ein Andachtsbuch für aufgeklärte Christen einen Namen erworben. Für gebildete Leser aus allen Ständen bestimmte er 1801 die zwei Teile seiner Vorlesungen über die Moral zur Beförderung der Moral. In seinem Verständnis der aufklärerischen Sokratik reflektierte er den ethischen Intellektualismus des Sokrates und fand diesen in der moralischen Religion Jesu wieder. Dies spiegelt sich in seiner 1792 erschienenen Theses theologiae dogmaticae ad desceptandum propositae wider, die als ein Abriss der Aufklärungstheologie anzusehen ist und damals in Sachsen verboten wurde.