Johann Josef Auer (* 1666 in Sipplingen; † 4. Dezember 1739 in Jestetten) war ein deutscher Bildhauer und Holzschnitzer des Barock.
Johann Josef Auer wurde in Sipplingen am Bodensee geboren. Ab dem Jahr 1707 ist er in Jestetten nachweisbar, hier hat er am 26. April 1714 die Maria Sutter (* 27. Dezember 1666; † 5. Mai 1746) von Jestetten geheiratet. Sie hatten keine Nachkommen.
Johann Josef Auer war zur Zeit der entstehenden Barockkirchen in zahlreichen Kirchenbauten in seiner Umgebung tätig. Zahlreiche Werke konnten dem bisher wenig bekannten Künstler zugeschrieben werden.
1707: Klosterkirche Rheinau, Turmportal; Wappen und Schrifttafel in Sandstein
1707–1711: Lottstetten, Pfarrkirche; Haupt- und Seitenaltäre
1711–1713: Rheinau, Klosterkirche; Fintan- und Basiliusaltar
1714: Bühl; zwei Posaunenengel
1715: Dettighofen, St. Antoniuskapelle; Brustbildstatuen: Hl. Katharina, Hl. Agatha, Hl. Barbara und Hl. Elisabeth
1715: Rheinau Klosterkirche; Taufstein (Holz)
1716: Jestetten, Pfarrkirche; Rosenkranzaltar mit Statuen
1718: Bühl Pfarrkirche; Notburgaaltar mit Notburgastatue, der Notburga von Bühl
1719: Jestetten Pfarrkirche; Statuen Hl. Sebastian und Hl. Johannes
1720 bis 1728: Klosterkirche Rheinau, Schnitzwerke
1734 bis 1735: Diessenhofen, Klosterkirche St. Katharinental; Steinskulpturen an der Außenfassade: Einsiedlermadonna, Hl. Josef und Hl. Dominikus
Erich Danner: Leben und Werk des Bildhauers Johann Josef Auer (1666–1734). In: Landkreis Waldshut (Hrsg.): Heimat am Hochrhein. Band 18, 1993, ISBN 3-87799-104-1, S. 119–126.
Auer, Joh. Jos. In: Ulrich Thieme, Felix Becker (Hrsg.): Allgemeines Lexikon der Bildenden Künstler von der Antike bis zur Gegenwart. Begründet von Ulrich Thieme und Felix Becker. Band 2: Antonio da Monza–Bassan. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1908, S. 243 (Textarchiv – Internet Archive).