Johann Friedrich Wender (getauft 6. Dezember 1655 in Dörna, Thüringen; † 13. Juni 1729 ebenda) war ein deutscher Orgelbauer, der seine Werkstatt in Mühlhausen/Thüringen hatte.
Wender arbeitete eng mit Johann Sebastian Bach zusammen. J. S. Bach bekam 1703 seine erste Organistenstelle an der Neuen Kirche in Arnstadt, nachdem er dort die von Wender neu gebaute Orgel abgenommen hatte. 1707 wechselte Bach nach Mühlhausen, dem Wirkungsort von Wender. Während seiner zweiten, fast zehn Jahre währenden Anstellung im Dienste der Weimarer Herzöge, wirkte Bach 1708 bis 1717 als Hoforganist in der Schlosskapelle „Weg zur Himmelsburg“, deren Instrument Wender einer Reparatur unterzog.
Bekannte Schüler von Johann Friedrich Wender sind Johann Christian Dauphin, Johann Jacob John, sein Sohn Christian Friedrich Wender und sein Schwiegersohn Johann Nikolaus Becker.
Dieter Großmann: Wender, Johann Friedrich. In: Friedrich Blume (Hrsg.): Die Musik in Geschichte und Gegenwart. Band 14. Bärenreiter, Kassel [u. a.] 1968
Wieland Meinhold: Der Mühlhäuser Orgelbauer Johann Friedrich Wender und sein Wirken im Bereich des mitteldeutschen barocken Orgelbaues. In: Mühlhäuser Beiträge. Band 10, 1987, S. 36–41.
Uwe Pape (Hrsg.): Lexikon norddeutscher Orgelbauer. Band 1: Thüringen und Umgebung. Pape Verlag, Berlin 2009, ISBN 978-3-921140-86-4, S. 331.
Christoph Wolff, Markus Zepf: Die Orgeln J. S. Bachs – Ein Handbuch. Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2008, ISBN 978-3-374-02407-0.
Bau- und Reparaturarbeiten an Kirche, Orgel, Pfarrhaus, Schule sowie am Friedhof und im Glockenturm, Kreisarchiv Sömmerda, Stadt Rastenberg, 1685–1808, Signatur: 1497, Bl.9