Johann Christoph Stockhausen (* 20. Oktober 1725 in Gladenbach; † 1. September 1784 in Hanau) war ein deutscher Pädagoge und lutherischer Theologe.
Johann Christoph Stockhausen war der jüngste Sohn des Oberpredigers Anton Daniel Stockhausen und dessen Frau Anna Maria († 1728), Tochter des braunschweigischen Hof- und Landrates Bodo Oldekopp aus Wolfenbüttel. Nachdem er anfänglich vom Vater erzogen wurde, erhielt er eine weitere Ausbildung von Hauslehrern und besuchte 1740 das Gymnasium in Idstein. Hier erhielt er unter anderem die schulische Förderung von Johann Christian Lange (1669–1756), Johann Michael Stritter (1705–1781) und Johann Martin Wenk (1704–1761), die ihn besonders in den alten Sprachen ausbildeten und das Rüstzeug mitgaben, eine Hochschule besuchen zu können.
1741 bezog er die Universität Gießen, um ein Studium der philosophischen und theologischen Wissenschaften zu absolvieren. Dabei besuchte er die philosophischen Vorlesungen bei Heinrich Christoph Nebel (1715–1786), Philipp Nikolaus Wolf (1707–1762), Johann Ernst Höpfner (1702–1755), Johann Ludwig Alefeld und Jakob Friedrich Müller. Auf dem Gebiet der Theologie waren Johann Hermann Benner (1699–1782) und Reinhard Heinrich Roll (1683–1768) seine Lehrer. Nach einem kurzen Aufenthalt in Kirdorf begab sich Stockhausen 1744 an die Universität Jena, wo Johann Georg Walch, Karl Gotthelf Müller (1717–1760) und Johann Peter Reusch (1691–1758) seine philosophischen und theologischen Kenntnisse erweiterten. 1746 wurde er durch eine Krankheit seines Vaters nach Kirdorf zurückbeordert. Er ging nach dessen weitgehender Genesung nach Marburg, wo er als Hauslehrer seinen Lebensunterhalt bestritt und nebenbei seine Studien vorantrieb.
Auf einer Reise nach Sachsen erwarb er am 30. April 1746 an der Universität Wittenberg den akademischen Grad eines Magisters der Philosophie, habilitierte sich in Marburg 1746 und ging im Folgejahr an die Universität Helmstedt. Gefördert von Christoph Timotheus Seidel erhielten seine Vorlesungen einen regen Zulauf und er wurde dort 1749 Mitbegründer und erster Vorsitzender der deutschen Gesellschaft in Helmstedt. 1752 ging er als Konrektor ans Johanneum Lüneburg, wurde am 30. Oktober 1761 Rektor der Lehranstalt und 1767 Rektor des Fürstlichen Pädagogiums in Darmstadt. Am 6. August 1769 übernahm er als Oberpfarrer in Hanau die dortige Superintendentur und wurde damit verbunden Konsistorialrat. Diese Stelle hatte er bis zu seinem Lebensende inne. Er war zudem Mitglied der Deutschen Gesellschaft zu Göttingen, der lateinischen Gesellschaft in Karlsruhe, der fürstlich hessischen akademischen Sozietät der Wissenschaften in Gießen und der Gesellschaft zum Nutzen der Wissenschaften und Künste in Frankfurt an der Oder.
Stockhausen heiratete 1753 in Lüneburg Anna Cäcilia, die jüngste Tochter des Predigers Metzendorf. Aus der Ehe stammt die Tochter Dorothe Luise († 1762), die jedoch schon in früher Kindheit verstarb.
Stockhausen veröffentlichte mehrere Aufsätze in den Fachjournalen seiner Zeit, so zum Beispiel im Hannoverischen und Neuen Hamburgischen Magazin. Aus seinem Verständnis von Religiosität hatte er zahlreiche Schriften verfasst, die zur Bildung und Verfeinerung des guten Geschmacks in Deutschland beitrugen. Zudem befasste er sich als Naturforscher mit geologischen Gegebenheiten seiner Umgebung.
Stockhausens Grabmonument hat sich auf dem Alten Deutschen Friedhof in Hanau erhalten. Es wurde nach Aufgabe des Friedhofs vor das Justizgebäude versetzt und anlässlich einer dortigen Renovierung 2003 durch eine Replik ersetzt, um das Original vor Witterungseinflüssen zu schützen.
Disp. de sapiente obligatione divina per fata. Muller, Marburg 1746. (Digitalisat)
Ankündigung seiner Vorlesungen. Marburg 1746.
Theses ad disputandum propositae. Syllogae X. Marburg 1746–1747.
Theologiae naturalis inter gentes sanae rationis principiis applicatae specimen. Muller, Marburg 1747. (Digitalisat)
Diss. de officiis circa creaturas inferiores. Helmstedt 1748.
Diss. de idea oratoris. Helmstedt 1748.
Progr. de usu physices insigni, eamque tradendi optima methodo. Helmstedt 1748.
Trostgründe der Vernunft wider die Verläumdungen. Meißner, Wolfenbüttel 1749. (Digitalisat)
Rede, worin bewisen wird, daß die Beredsamkeit eine Hauptwissenschaft sei. Wolfenbüttel 1749.
Exercitationum politicarum biga de jure et cura Principis circa Academias. Meisner, Leipzig und Wolfenbüttel 1749. (Digitalisat)
Die wahre Grösse eines Fürsten; eine Rede auf den Geburtstag des Herzogs Karl zu Braunschweig. Wolfenbüttel 1749.