Johan Cesar Godeffroy (* 1. Juli 1813 in Kiel; † 9. Februar 1885 in Dockenhuden) war ein deutscher Kaufmann und Hanseat.
Cesar Godeffroy entstammte einer hugenottischen Familie, die sich in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts von Berlin kommend, in Hamburg niedergelassen hatte.
Cesar Godeffroy besuchte die Bürgerschule des Katharineum zu Lübeck von ca. 1821 bis 1830, ebenso seine jüngeren Brüder Gustav und Adolph. Seine Lehre machte er bei Parish & Co. Der Inhaber Richard Parish war mit Susanne Godeffroy verheiratet, einer Tochter von Peter Godeffroy, Bruder seines Großvaters. Ein Volontariat in England folgte. Gegen Ende 1835 trat er in die väterliche Firma „Joh. Ces. Godeffroy & Sohn“ ein, am 1. Januar 1837 wurde er deren Teilhaber. Zuvor wurde er am 12. August 1836 Hamburger Bürger. Nach dem Tod seines Vaters Johan Cesar Godeffroy (1781–1845) am 3. Juli 1845 übernahm Cesar die Führung der Handelshauses.
Cesars Bruder Gustav Godeffroy war zeitweilig Teilhaber von „Joh. Ces. Godeffroy & Sohn“, von 1854 bis 1872 Senator und von 1856 bis 1893 Vorsitzender des Aufsichtsrates der Norddeutschen Bank. Sein Bruder Adolph Godeffroy war 1847 Mitbegründer der „Hamburg-Amerikanischen Packetfahrt-AG“ (HAPAG) und bis 1880 deren vorsitzender Direktor.
Von Juni 1840 bis 1846 war Cesar Godeffroy Deputierter der Handelskammer Hamburg, 1845 deren Präses und von 1850 bis 1879 Altadjungierter. Am 12. November 1846 wurde Cesar Godeffroy für fünf Jahre zum Bancobürger gewählt. Nachdem er 1851 deren Präses geworden war, schied er Ende des Jahres turnusgemäß aus. Von 1859 bis 1864 saß er als Mitglied in der Hamburgischen Bürgerschaft. Er war Mitbegründer der Norddeutschen Bank und der Norddeutschen Versicherungsgesellschaft.
Im Februar 1869 wurde Cesar Godeffroy zum Vorsitzenden des Verwaltungsrates des Eisen- und Stahlwerks zu Osnabrück erwählt.
Im Rahmen einer Debatte zur Beteiligung Hamburger Kaufleute am Deutschen Kolonialismus und deren Verantwortung (koloniales Erbe), die von dem an der Universität Hamburg seit 2014 tätigen Jürgen Zimmerer angestoßen wurde, werden wiederholt Vorwürfe gegen Angehörige der Familie Godeffroy erhoben, i. E. Cesar Godeffroy als Inhaber von Joh. Ces. Godeffroy & Sohn, nachdem nach 1857 begonnen wurde, Früchte der Kokospalme von den Inseln rund um Samoa zu importieren, Handelsware zu exportieren und eigene Niederlassungen auf den Inseln aufzubauen. Die Bezeichnung „Könige der Südsee“ wurde erstmals von Ludwig Bamberger während seiner Rede als Abgeordneter zur Samoa-Vorlage im April 1880 im Reichstag benutzt.
Vorgeworfen wird: jährlich Hunderte von Menschen durch Blackbirding zur Arbeit auf die Plantagen gezwungen zu haben, Arbeit für Hungerlöhne, Durchsetzung monopolartiger Handelsstrukturen, vollkommene Kontrolle über die lokale Wirtschaft u. a. durch hohe Zinsforderungen und die Inseln als de facto Kolonien seines Unternehmens anzusehen.
Cesar Godeffroy begeisterte sich für „englische Sportarten“. Im Juli 1835 nahm er an den ersten Pferderennen in Wandsbek teil. Im Juni 1836 gründete er mit seinem jüngeren Bruder Adolph, Carl Merck, Charles Parish, Edward Sieveking, Johann Gustav Heckscher und fünf weiteren den Hamburger Ruderclub. Der Ruderclub besteht heute als Der Hamburger und Germania Ruder Club und gilt als der älteste Ruderclub/-verein auf europäischem Festland.
Für einen Hamburger Kaufmann recht ungewöhnlich erwarb Cesar Godeffroy ab 1842 unbewaldete Flächen von über 600 ha im Nordwesten von Hamburg, um sie im Laufe der folgenden Jahre u. a. mit Douglasien aufforsten zu lassen. Die Pflanzen wurden von der Baumschule James Booth und Söhne geliefert. Ihre Inhaber gehörten zu den ersten, die Douglasien pflanzten, deren Samen um 1830 nach Europa gelangt waren.
Am 27. Januar 1866 trafen sich ca. 180 Personen im „Streit’s Hotel“ am Jungfernstieg in der Absicht, eine Musikhalle in Hamburg zu errichten. Es bildete sich ein Verwaltungsrat zur Gründung einer Aktiengesellschaft unter dem Vorsitz Cesar Godeffroy. Anfang 1867 wurde in den Hamburger Nachrichten die Meinung geäußert, ein Konzerthaus ohne ein dazugehöriges Orchester sei ohne Wert. Anfang 1868 äußerten sich Aktionäre zur Lage unterschiedlicher Standorte für die Errichtung einer Musikhalle. Der Senat installierte am 15. Oktober 1869 eine Kommission zur „eventuellen Ausweisung eines Platzes zum Bau einer Musikhalle“. Es ist nicht bekannt, wann sich der Verwaltungsrat auflöste.
Die Aktivitäten des Museums Godeffroy brachten Cesar Godeffroy Ehrenmitgliedschaften:
1868 die des Entomologischen Vereins in Stettin,
1875 die des Vereins für naturwissenschaftliche Unterhaltung zu Hamburg,
1875 die des Naturwissenschaftlichen Vereins in Hamburg–Altona,
1875 die des Berliner Gesellschaft für Anthropologie, Ethnologie und Urgeschichte,
1879 die des Thüringisch–Sächsischen Vereins für Erdkunde zu Halle.
Seit 1873 war Cesar Godeffroy korrespondierendes Mitglied der Senckenbergschen Naturforschenden Gesellschaft (Frankfurt am Main). Ihm zu Ehren wurden zahlreiche Tiere und Pflanzen benannt.