Emil Jürgen Zöllner (* 11. Juli 1945 in Mährisch Neustadt) ist ein deutscher Mediziner und Politiker (SPD). Von 1991 bis 2006 war er Bildungs- und Wissenschaftsminister in Rheinland-Pfalz, von Mai bis November 2006 zusätzlich stellvertretender Ministerpräsident. In der Legislatur 2006 bis 2011 leitete er die Senatsverwaltung für Bildung, Jugend und Wissenschaft des Berliner Senats.
Mit mehr als 20 Jahren ununterbrochen im Ministeramt war er zwischenzeitlich dienstältester Minister Deutschlands. Inzwischen hat Till Backhaus diese Stellung inne.
Nach dem Abitur im Jahr 1964 studierte Zöllner bis 1969 Medizin in Freiburg im Breisgau und Mainz, promovierte 1970 und habilitierte sich 1975. 1977 war Zöllner DFG-Stipendiat am Beatson Institute for Cancer Research in Glasgow.
Ab 1977 war Zöllner Professor für Physiologische Chemie an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz. In den Jahren 1983 bis 1990 war er deren Vizepräsident und anschließend bis 1991 Präsident. Von 1991 bis 2011 war er Minister in Landesregierungen in Rheinland-Pfalz und Berlin. Seit 2012 arbeitet Zöllner als Vorstand der Stiftung Charité.
Zöllner ist seit dem Jahr 1972 Mitglied der SPD. Am 21. Mai 1991 berief ihn der damalige rheinland-pfälzische Ministerpräsident Rudolf Scharping als Minister für Wissenschaft und Weiterbildung in sein Kabinett. In den Folgejahren wurde der Zuschnitt der Ministerien verändert. So übernahm Zöllner im Kabinett Beck I ab Oktober 1994 auch das Bildungsressort. Nach einem weiteren Neuzuschnitt der Ressorts war Zöllner im Kabinett Beck III ab Mai 2001 Minister für Wissenschaft, Weiterbildung, Forschung und Kultur in Rheinland-Pfalz. Am 18. Mai 2006 berief Ministerpräsident Kurt Beck ihn zum stellvertretenden Ministerpräsidenten von Rheinland-Pfalz.
Seit 24. November 2006 war Zöllner Senator für Bildung, Wissenschaft und Forschung in Berlin.
Von 1996 bis 2006 Vorsitzender der Verwaltungskommission des Wissenschaftsrates
2005–2006 Bundesratsbeauftragter im EU-Bildungsministerrat
2006–2011 Aufsichtsratsvorsitzender der Charité
2007 Präsident der Kultusministerkonferenz
2007 Vorsitzender der Bund-Länder-Kommission (BLK)
2008 Vorsitzender der Jugend- und Familienministerkonferenz
2008 Vizepräsident der Kultusministerkonferenz, Sprecher für den Bereich Hochschule
2008–2011 (im jährlichen Wechsel mit der Bundesministerin) Vorsitzender bzw. stellvertretender Vorsitzender der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz (GWK)
2009–2011 Bundesratsbeauftragter im EU-Bildungsministerrat
Wirken als Minister in Rheinland-Pfalz (1991–2006)
Im Jahr 1997 wandelte Zöllner mit seinem Gesetzentwurf für die Uniklinik Mainz erstmals ein Uniklinikum in eine rechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts um; ein Beispiel, dem bald andere Bundesländer folgten. Ebenfalls 1997 leitet er die empirische Wende in der Bildungspolitik ein: Als Minister und A-Länder-Koordinator in der KMK initiierte Zöllner mit seinem Antrag den sogenannten Konstanzer Beschluss (24. Oktober 1997) zur Durchführung länderübergreifender Vergleichsuntersuchungen zum Lern- und Leistungsstand von Schülern. Damit leitete er eine Trendwende ein: Seither beteiligt sich Deutschland regelmäßig auch an den internationalen Vergleichsstudien wie PISA, TIMSS und IGLU.
1999 reformierte Zöllner die Mainzer Studienstufe: Er verkürzte die Schulzeit um (nur) ein halbes Jahr unter Beibehaltung der alten Stundentafel. Damit wurden die Schwierigkeiten anderer Bundesländer (dort Verkürzung auf zwölf Jahre/G 8) vermieden, und durch den Gewinn des halben Jahres können die Schüler trotzdem ihr Studium bereits zum Sommersemester beginnen. Dies hat Rheinland-Pfalz als einziges Bundesland beibehalten und verkürzt nur bei gleichzeitigem Ganztagsbetrieb.