Das Hochstift Bamberg war bis zur Säkularisation Anfang des 19. Jahrhunderts der weltliche Herrschaftsbereich des Fürstbischofs von Bamberg, ein geistliches Fürstentum im Heiligen Römischen Reich deutscher Nation.
Das Hochstift umfasste vor der Säkularisation ein Gebiet von 3.580 Quadratkilometern, vorwiegend im fränkischen Raum mit 207.000 Einwohnern, kaum die Hälfte der Bevölkerung, die es vor der Reformation besaß. Von 1007 bis 1759 hatte das Hochstift auch Besitzungen in Kärnten, unter anderem die Städte Villach, Feldkirchen, Wolfsberg und Tarvis sowie das obere Lavanttal, das Kanaltal und die Gegend um Griffen, die die dortigen Alpenpässe von Nord nach Süd kontrollierten.
Ebenso besaß es vom 11. bis 18. Jahrhundert das oberösterreichische Kirchdorf an der Krems. 1675 verzichtete das Hochstift Bamberg auf die Landeshoheit über die Besitzungen in Kärnten und verkaufte diese 1759 an die Habsburger.
Graf Heinrich von Schweinfurt unterstützte den ostfränkischen König Heinrich II. bei der Königswahl 1002 und bekam dafür die Herzogswürde zugesagt. Nach der Wahl löste jedoch Heinrich II. das Versprechen nicht ein. Daraufhin kam es 1003 zur Schweinfurter Fehde. Heinrich von Schweinfurt unterlag und verlor seine dominierende Stellung im heutigen Nordbayern, worauf die Königshöfe Rangau, Volkfeld und Radenzgau den Kern des neuen Bistum Bambergs bildeten, das unmittelbar darauf Heinrich II. stiftete und das 1007 von Papst Johannes XVIII. (1004–1009) bestätigt wurde.
In weltlichen Angelegenheiten stand es unter dem besonderen Schutz des römisch-deutschen Königs, in geistlichen unter dem des Papstes. Von den 62 Bischöfen war der erste der Kanzler Heinrichs II., Eberhard, 1007–1040, der zweite, Suidger, wurde 1046 als Clemens II. Papst. Der sechste, Hermann, förderte die Stiftung der Benediktinerabtei Banz durch die Gräfin Alberada (1071), gründete 1073 das Augustinerstift St. Jakob zu Bamberg, wurde später wegen Simonie und Verschwendung beim Papst angeklagt und 1075 abgesetzt. Sein Nachfolger Rupert († 1102) wurde, weil er sich 1076 auf der Reichsversammlung zu Worms gegen Gregor VII. erklärt hatte, mit dem Bann belegt, später aber losgesprochen und wieder eingesetzt. Der achte Bischof, Otto I. von Mistelbach (1102–1139) war der berühmte Apostel der Pommern 1124, starb 1139 und wurde 1189 heiliggesprochen. Von da an wurden die Bischöfe vom Domkapitel gewählt, obgleich die Kaiser bis 1398 das Ernennungsrecht beanspruchten. Der 15. Bischof, Graf Ekbert von Andechs (1203–1237), war Gegner König Philipps und geriet 1208 in den Verdacht, mit der Ermordung Philipps durch Otto von Wittelsbach einverstanden gewesen zu sein. Er flüchtete zu seinem Schwager, König Andreas von Ungarn, wurde seiner bischöflichen Würde entsetzt, geächtet und erst 1214 wieder eingesetzt. Sein zweiter Nachfolger, Poppo, Sohn des Markgrafen Berchtold III. von Istrien, wurde 1242 wegen Vergeudung der Kirchengüter und anderer Vergehen von Kaiser Friedrich II. entsetzt.
Heinrich I. von Bilversheim (1242–1257) erlangte zuerst besondere Hoheitsrechte und von Kaiser Friedrich II. den Titel eines Fürstbischofs. Ab 1251 wurde die Altenburg Bischofssitz. Der 30. Bischof, Lamprecht von Brunn (1374–1398), enger Berater Karls IV. und später Kanzler dessen Sohns König Wenzels des Faulen, führte neue Abgaben ein, namentlich den Bierpfennig, der noch nach Jahrhunderten der Lambertiner hieß. 1390 erwarb er, nach langer Anwartschaft, die Giechburg, welche bis zur Säkularisation im Besitz des Hochstifts blieb. Friedrich III. von Aufseß (1421–1431) legte teils wegen des Hussitenkriegs, teils wegen der Begünstigung der bambergischen Bürger durch den römisch-deutschen König Sigismund 1431 die Regierung nieder und starb 1440. Philipp von Henneberg (1475–1487) errichtete die Alte Hofhaltung an der Stelle der Pfalz Kaiser Heinrichs II., nahm 1476/79 umfangreiche Erweiterungen an der Burg Veldenstein und der Festung Rosenberg vor, vertrieb die Juden aus Bamberg und sammelte große Schätze, die seinem Nachfolger Heinrich III. Groß von Trockau (1487–1501) in dessen Kämpfen gegen den Markgrafen Kasimir von Brandenburg sehr zustattenkamen.
Der 39. Bischof, Georg III. Schenk von Limpurg (1505–1522), ließ 1507 durch Johann von Schwarzenberg die berühmte Bamberger Halsgerichtsordnung herausgeben. Sie gab der kirchlichen und staatlichen Gerichtsbarkeit ein verbindliches Regelwerk vor, wie die peinliche Befragung (= Folter) der Angeklagten durchgeführt werden sollte. Da es dadurch möglich wurde, auch die Willkür der Gerichtsorgane zu bestrafen, war die Halsgerichtsordnung ein wesentlicher Fortschritt eines weiterhin die Folter tolerierenden Prozessrechts. Georg III. war ein vertrauter Ratgeber Kaiser Maximilians I., besonders 1518 auf dem Reichstag zu Augsburg, korrespondierte mit berühmten Gelehrten, selbst mit Martin Luther, und verbot die Bekanntmachung der päpstlichen Bulle gegen ihn in seinem Gebiet.
1552/53 besetzte Markgraf Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach einen erheblichen Teil des Hochstifts Bamberg, darunter Niesten, Burgkunstadt und später auch Lichtenfels und setzte dort evangelische Geistliche ein. Die Festung Forchheim wurde vom Hochstift Bamberg nach der Besetzung der Stadt Forchheim im Zweiten Markgrafenkrieg (1552) angelegt. Der 46. Bischof, Ernst von Mengersdorf (1583–1591), gründete 1586 das ernestinische Priesterhaus und das Gymnasium illustre und erbaute das Residenzschloss Geyerswörth. Fürstbischof Neidhardt von Thüngen (1591–1598), vorher Dompropst in Würzburg, versuchte in Übereinstimmung mit dem dortigen Fürstbischof Julius Echter die teilweise gewaltsame Rekatholisierung seiner Gebiete. Unter dem duldsameren Fürstbischof Johann Philipp von Gebsattel verliefen diese Bemühungen allerdings wieder im Sande. Johann Gottfried I. von Aschhausen (1609–22) rief 1610 die Jesuiten nach Bamberg und setzte unter Einsatz militärischer Gewalt die Gegenreformation durch. Er wurde 1617 auch Fürstbischof von Würzburg. Johann Georg II. Fuchs von Dornheim (1623–1633) verfolgte gleichfalls die Protestanten. Unter seiner Herrschaft kam es zu einer Welle der Hexenverfolgung in Bamberg. Zwischen 1626 und 1630 wurde dabei der gesamte Stadtrat Bambergs hingerichtet. Auf dem Regensburger Kurfürstentag 1630 wurden daraufhin die Herausgabe der Akten und die Einhaltung der reichsüblichen Rechtsregeln verlangt. Dornheim floh 1631 vor den Schweden nach Kärnten, wo er an einem Schlaganfall starb. Auch sein Nachfolger Franz von Hatzfeld (1633–1642), zugleich Fürstbischof von Würzburg, musste fliehen; Herzog Bernhard von Weimar bemächtigte sich des Landes und wollte aus den beiden Fürstentümern Bamberg und Würzburg ein Herzogtum Franken bilden, was sein früher Tod vereitelte. Bamberg und Würzburg fielen 1634 wieder Bischof Franz von Hatzfeld zu. Die Reformation hinterließ dennoch tiefe Spuren im Land: Von 190 Pfarrkirchen fielen im Laufe des 16. Jahrhunderts 105 mit den meisten Filialkirchen dem Protestantismus zu, 1648 standen für 110 Pfarreien noch 64 Priester zur Verfügung. Zur Hebung der Bildung verwandelte Hatzfelds Nachfolger Melchior Otto Voit von Salzburg (1642–1653) 1648 das Gymnasium illustre in eine Universität.
Hexenverfolgung im Hochstift Bamberg
Bamberg war in der Zeit von 1595 bis 1633 ein Kerngebiet der Hexenverfolgung. In der Zeit der Hexenprozesse nahmen unter der Regentschaft der Fürstbischöfe von Bamberg Johann Gottfried I. von Aschhausen (1609–1622) und seinem Nachfolger Johann Georg II. Fuchs von Dornheim (1623–1633) die Hexenverfolgungen in Bamberg große Ausmaße an. Ähnlich massive Verfolgungen lassen sich in Süddeutschland nur in den Hexenprozessserien der Hochstifte Würzburg und Eichstätt sowie in Kurmainz und Ellwangen nachweisen.
Bei den Verfolgungswellen 1612/1613 und 1617/1618 starben im Hochstift Bamberg 300 Personen in den Flammen der Scheiterhaufen. Allein 1617 wurden 102 Menschen im Hochstift in Hexenprozessen hingerichtet. Bekannteste Opfer waren z. B. Dorothea Flock und der Bürgermeister Johannes Junius, die im August 1628 im Hexengefängnis Drudenhaus gefoltert wurden. Im Jahre 1629 erschien ein zeitgenössisches Hexentraktat. Darin heißt es: