Das Herzogtum Bayern war ein Herzogtum innerhalb des Heiligen Römischen Reiches, das als Territorialherzogtum im Wesentlichen im Südosten des heutigen Freistaats Bayern lag, aber auch das heute zu Österreich gehörende Innviertel und Tiroler Unterland umfasste. Hauptstadt und Residenz war München sowie zur Zeit der Teilherzogtümer auch Landshut, Ingolstadt und Straubing.
Vorläufer war das bairische Stammesherzogtum. Ab 1180 stellte die Dynastie der Wittelsbacher die Herrscher Bayerns, wobei es vom 12. bis 15. Jahrhundert zu mehreren Landesteilungen kam, die erst durch das Primogeniturgesetz von 1506 ein Ende fanden. In der Gegenreformation nahm Bayern eine führende Stellung ein und ging aus dem Dreißigjährigen Krieg mit Gebietsgewinnen hervor. 1623 erfolgte der Aufstieg Bayerns zum Kurfürstentum. Seit dieser Erlangung der Kurwürde für die Herzöge von Bayern im Jahr 1623 bis zum Erlöschen der bayerischen Kurwürde 1806 wird daher vom Kurfürstentum Bayern gesprochen, auch wenn das Herzogtum de jure weiterbestand.
Vorläufer des Territorialherzogtums Bayern war das bairische Stammesherzogtum, das sich bis in die Jahre 551/555 zurückverfolgen lässt. 976 wurde ein neu geschaffenes Herzogtum Kärnten von Baiern abgetrennt. 1156 wurde das Herzogtum auf dem Reichstag von Regensburg den Welfen unter Heinrich dem Löwen zurückgegeben, nachdem es jedoch zuvor um die Marcha Orientalis verkleinert worden war, aus der sich später Österreich entwickeln sollte. 1180 endete mit der Verbannung Heinrichs des Löwen und der Abtrennung der Steiermark als eigenes Herzogtum das „jüngere bairische Stammesherzogtum“.
Bayerns Anfänge als Territorialstaat
Von 1180 bis 1918 stellten die Wittelsbacher die Herrscher Bayerns, zunächst als Herzöge, später als Kurfürsten und Könige. Als 1180 Pfalzgraf Otto VI. von Wittelsbach als Otto I. Herzog von Bayern wurde, war der Eigenbesitz der Wittelsbacher eher gering. Ein Versuch, die 1180 von Bayern losgelöste Steiermark wieder zu erwerben, scheiterte später endgültig durch die Erfolglosigkeit des aus Bayern unterstützten Aufstandes des steirischen Adels im Landsberger Bund gegen Herzog Albrecht I. In der Folgezeit wurde der Besitz der Wittelsbacher aber durch Kauf, Heirat, Erbschaft erheblich erweitert. 1214 wurde dazu Ottos Sohn Ludwig I. von Wittelsbach mit der Pfalzgrafschaft bei Rhein belehnt. Neu erworbenes Land wurde nicht mehr als Lehen vergeben, sondern durch eigene Dienstleute verwaltet. Auch starben in dieser Zeit mächtige Grafengeschlechter, wie die der Grafen von Andechs und von Bogen aus. Als 1248 mit Otto von Meranien die Grafen von Andechs ausstarben, kam der ehemalige südwestliche Landesteil nicht an Bayern zurück, sondern fiel an die Grafen von Tirol. Ludwigs Sohn Otto II. profitierte beim Ausbau seiner Machtposition vom Aussterben anderer Geschlechter, wodurch auch das weiß-blaue Wappen an sein Haus und Bayern kam. Der herzogliche Vorort hatte sich in der Zeit der frühen Herzöge mehrfach verschoben, zunächst unter den ersten beiden Wittelsbachern von Regensburg nach Kelheim und dann bis 1255 nach Landshut.
Da es bei den Wittelsbachern wie bei vielen Herrscherhäusern dieser Zeit keine Bevorzugung des Erstgeborenen bei der Erbfolge gab, kam es 1255 zur Teilung in Oberbayern mit dem Nordgau und der Pfalz mit Sitz in München und Heidelberg und Niederbayern mit Sitz in Landshut und Burghausen. Darauf geht noch heute die Unterscheidung von Ober- und Niederbayern (vergleiche Regierungsbezirke) zurück.
Herzog Ludwig der Strenge von Oberbayern profitierte 1268 vom Tode seines Neffen Konradin, erstmals fielen dadurch Gebiete des Herzogtums Schwaben an die Wittelsbacher. Mit der Anerkennung der Grenzen zu Salzburg (im heutigen Rupertiwinkel) durch Ludwigs niederbayerischen Bruder Herzog Heinrich XIII. begann der letzte Abschnitt der Ablösung des Erzbistums Salzburg von Bayern. 1275 wurde Salzburgs westliche Grenze zum Chiemgau durch den niederbayerischen Herzog bestätigt. Als der Salzburger Erzbischof 1328 eine eigene Landesordnung erließ, wurde Salzburg ein weitgehend unabhängiger Staat innerhalb des Heiligen Römischen Reiches. Der Versuch des niederbayerischen Herzogs Otto III. die Steiermark zurückzugewinnen und den Thron Ungarns zu besteigen war nicht erfolgreich. Durch die Schnaitbacher Urkunde und die Ottonische Handfeste gewährten die Wittelsbacher in Ober- und Niederbayern den Landständen wegen finanzieller Schwierigkeiten zu Beginn des 14. Jahrhunderts ihre Rechte.
1340 starben die niederbayerischen Herzöge aus und wurden vom oberbayerischen Herzog Ludwig IV. dem Bayern beerbt. Vor mehreren erneuten Landesteilungen ab 1349 erlangte Bayern mit Ludwig dem Bayern einen neuen Höhepunkt der Macht, als dieser 1314 deutscher König wurde und als erster Wittelsbacher 1328 die Kaiserwürde erhielt. In den 1330er Jahren begann Ludwig eine Intensivierung der Landesherrschaft. Mit dem Oberbayerischen Landrecht von 1346 sollte alles Recht vom Landesherrn ausgehen. Die nunmehr deutsche Kanzleisprache unter Ludwig dem Bayern hatte in der Folge große Bedeutung für die neuhochdeutsche Sprache.
Im Hausvertrag von Pavia von 1329 teilte Kaiser Ludwig den Besitz in die pfälzische Linie seines Bruders Rudolf mit der Rheinpfalz und der später so genannten Oberpfalz und in seine eigene altbaierische Linie auf. Mit der Goldenen Bulle von 1356 ging auch die Kurfürstenwürde bis 1628 für die altbaierische Linie an die Pfalz verloren. Erst 1777 wurden Bayern und Pfalz wieder vereint, als Ludwigs Linie ausstarb.
Das bayerische Erbe Kaiser Ludwigs wurde 1349 im Landsberger Vertrag unter den sechs Söhnen geteilt; Ludwig V. und seine Halbbrüder Ludwig VI. und Otto V. erhielten Oberbayern, Stephan II. und seine Halbbrüder Wilhelm I. und Albrecht I. Niederbayern. Die von Kaiser Ludwig neu hinzugewonnenen Gebiete Brandenburg (1323), Tirol (1342), Holland, Zeeland und Friesland sowie das Hennegau (1345) gingen jedoch unter seinen Nachfolgern wieder verloren. Tirol fiel bereits 1369 mit dem Vertrag von Schärding an die Habsburger, in Brandenburg folgten mit dem Vertrag von Fürstenwalde 1373 die Luxemburger, und die niederländischen Grafschaften fielen erst 1436 an Burgund. Das Unterinntal fiel mit dem Vertrag allerdings wieder von Tirol an Bayern zurück und für den Verzicht auf Brandenburg konnten sich die bayerischen Wittelsbacher nun Teile der Oberpfalz sichern, die die Pfälzer Linie zuvor an Böhmen gegeben hatte. 1385 erbte Herzog Johann II. mit seiner Gattin, einer Tochter Meinhards VI. von Görz zudem ein Drittel der Grafschaft Görz um den Hauptort Lienz, 1392 verkaufte Johann jedoch den Anspruch auf Görz an die Habsburger.
Bayerns spätmittelalterliche Teilherzogtümer
Im 14. und 15. Jahrhundert wurden Oberbayern und Niederbayern wiederholt geteilt. Nach der Teilung von 1392 existierten vier Herzogtümer: Niederbayern-Straubing, Niederbayern-Landshut, Oberbayern-Ingolstadt und Oberbayern-München, deren Herzöge nicht selten gegeneinander Krieg führten.
Die Münchner Herzöge Ernst und Wilhelm III. konnten einen jahrelangen Aufstand in München und den Führungsanspruch ihres Ingolstädter Onkels Stephan III. dem Kneißel von Bayern-Ingolstadt mit Verzicht der Linie Bayern-Ingolstadt auf München 1402 abwehren, der gemeinsame Versuch der Rückgewinnung Tirols durch Unterstützung der dortigen Adelsopposition scheiterte 1410. Die Straubinger Herzöge hielten sich meist fern von Bayern im niederländischen Teil ihres Herzogtums auf. In seiner fast fünfzigjährigen Regierung entwickelte Albrecht I. das Herzogtum Bayern-Straubing-Holland zu einem wichtigen Faktor in der europäischen Politik.
1425 starb mit Johann III. die Straubinger Linie im Mannesstamm aus. Erst 1429 wurde durch den Preßburger Schiedsspruch Niederbayern-Straubing zwischen Ludwig VII. dem Gebarteten von Bayern-Ingolstadt, Heinrich dem Reichen von Bayern-Landshut sowie Ernst und Wilhelm III. von Bayern-München aufgeteilt. Nach dem Tode Ludwig VII. 1447 fiel fast ganz Oberbayern-Ingolstadt an die Landshuter Linie. Zuvor hatte ein jahrzehntelanger Streit zwischen Heinrich und Ludwig zu kriegerischen Auseinandersetzungen geführt, darunter den Bayerischen Krieg von 1420–1422.