Die Geschichte der Stadt Bonn umfasst die Entwicklungen auf dem heutigen Gebiet der Stadt Bonn von der ersten Besiedlung bis zur Gegenwart. Bonn hat seine Ursprünge in einer germanischen Siedlung. Nach der Errichtung eines römischen Erkundungslagers in der Zeit des Kaisers Augustus auf der linken Seite des Rheins entstand nach der Varusschlacht ein Legionslager. Nach einem Bedeutungsverlust in fränkischer Zeit gewann Bonn als Stadt im Mittelalter zunehmend an Bedeutung und wurde im 16. Jahrhundert die Residenz der Kölner Kurfürsten. Von 1815 bis 1945 gehörte Bonn zu Preußen.
Nach dem Zweiten Weltkrieg war Bonn bis 1990 Hauptstadt und bis 1999 Regierungssitz der Bundesrepublik Deutschland. Im Zuge des Einigungsvertrages wurde Berlin 1990 Bundeshauptstadt und Bonn zur Bundesstadt erklärt.
Lange vor dem Beginn der Zeitrechnung lebten in der Bonner Region Menschen. Die leicht erhöhte Lage am Rhein begünstigte diese Ansiedlungen.
Davon zeugen Funde im gesamten Stadtgebiet Bonns, die für fast alle vorgeschichtliche Zeiten – von der Altsteinzeit bis zur Zeit der Germanen – Siedlungsaktivitäten belegen. Ein Dutzend Faustkeile, gefunden im Bad Godesberger Ortsteil Muffendorf, wurden in die Altsteinzeit datiert (circa 50.000 vor Christus).
Zwei gut erhaltene Skelette des Doppelgrabes von Oberkassel sind die zweitältesten Funde des anatomisch modernen Menschen (Homo sapiens) in Deutschland (noch älter ist ein Grab in der Klausenhöhle). Die menschlichen Überreste des etwa 50 Jahre alten Mannes und der 20- bis 25-jährigen Frau sind rund 14.000 Jahre alt. Neben dem weiblichen und dem männlichen Skelett wurden, laut Fundbericht der Professoren Verworn, Bonnet und Steinmann vom 18. Februar 1914, in dem Oberkasseler Basaltsteinbruch Skelettreste eines Hundes sowie Schmuck gefunden. Eingeordnet werden sie als weiterentwickelter Typ von Cro-Magnon.
Ein Graben und Holzpalisaden, die im Bereich des Venusberges nachgewiesen wurden und aus der Zeit um 4080 v. Chr. stammen, gehören zu den Funden, die Siedlungsaktivitäten im linksrheinischen Gebiet von Bonn belegen. Ob es sich bei dieser Anlage um eine „Fluchtburg“ oder um eine befestigte Siedlung handelte, lässt sich erst nach weiteren Grabungen innerhalb des Gebietes klären.
Die rund 600 Jahre vor Chr. liegen weitgehend im Dunklen. Vermutlich prägte die Hunsrück-Eifel-Kultur bis zum Eintreffen der Römer die Region an Marne, Saar, Mosel und Mittelrhein. Diese Zeiten geben aber Hinweise auf die Namensherkunft. Möglicherweise war es eine Siedlung von Kelten, auf die der Name Bonn zurückgeht. Bona bedeutet im Keltischen „Gründung, Stamm“ (vgl. altirisch bonn, walisisch bôn) wie bei den vielen Bonnes, Bonne in Frankreich. Als Bestandteil findet sich das bona in Vindobona „weißes Dorf“ > Wien und Ratisbona „befestigtes Dorf“ > Regensburg. Nach einer anderen Deutung beschreibt Bonn den Höhenzug, der von Graurheindorf im Norden über den Belderberg bis zur heutigen Koblenzer Straße im Süden bei einer Höhe von 15 m oberhalb des Rheins reicht. Hierzu passt die keltische Bedeutungsvariante „Sohle, Stütze, Sockel“ (vgl. mittelirisch bond, bonn), welche mit der lateinischen Entsprechung (lat. fundus „Grund, Boden, Grundstück, Landgut“) auf ein im Gallischen zu rekonstruierendes gallisch *bonum, *bona mit Bedeutungen wie „Basis, flacher Höhenzug, befestigter Sockel, Burg“ schließen lässt. Dies träfe dann gut zu auf die nachweislich schon vorrömisch besiedelten Sockel im Bonner Stadtgebiet sowie im Bereich des 2006 ausgegrabenen „vicus Bonnensis“ am Bundeshaus (siehe unten).
Germanen und Vorboten römischer Besitznahme
Im letzten Jahrhundert v. Chr. siedelten rechtsrheinisch Sugambrer, auf der linken Seite des Rheins Eburonen.
Die Römerzeit am Rhein begann mit dem Vorstoß einer römischen Legion unter Julius Cäsar im Jahre 55 v. Chr. an den Rhein.
Nachdem Cäsar die hier siedelnden Volksstämme bei seinen Feldzügen geschlagen und völlig aus dem Gebiet des Mittel- und Niederrheins verdrängt hatte, folgten ihnen Ubier. In der Zeit zwischen 39/38 v. Chr. und 20 v. Chr. siedelte der römische Statthalter in Gallien, Marcus Vipsanius Agrippa, die Ubier aus dem Neuwieder Becken im Bonner Raum an. Hauptniederlassung der umgesiedelten Ubier war jedoch das Oppidum Ubiorum, aus dem sich später Köln entwickelte.
Im Zusammenhang mit Erkundungs- und Feldzügen kamen römische Soldaten auch in die Siedlung der westgermanischen Ubier am Rhein und errichteten auf dem Gelände der heutigen Innenstadt Bonns ab 18 v. Chr. ein Erkundungslager, ein sogenanntes Auxiliarlager, welches um 12 v. Chr. zu einem Kastell ausgebaut wurde.
Der Rhein bildete nun die Grenze zwischen Römern und Germanen. Der Niedergermanische Limes (auch „Nasser Limes“ genannt) zwischen der Nordsee bei Katwijk in den Niederlanden und Bad Breisig südlich von Bonn war eine der wichtigsten Außengrenzen des gewaltigen Römischen Imperiums.
Im Jahre 13 v. Chr. gab Kaiser Augustus seinem Stiefsohn, dem Feldherrn Nero Claudius Drusus, den Befehl, 50 Kastelle entlang des Rheins zu errichten. Ziel des Augustus war es, am Rhein Kastelle als befestigte Waffenorte anzulegen, um damit eine Operationsbasis für die Eroberung Germaniens bis zur Elbe zu schaffen, wie anderthalb Jahrhunderte später Lucius Annaeus Florus zu berichten wusste.
Im Jahr 12 v. Chr. begann Augustus einen Krieg gegen die Germanen, der die römischen Truppen weit über den Rhein bis an die Elbe führte. Römische Vorstöße (Drusus-Feldzüge) erfolgten in das Gebiet der Chatten, Cherusker und zur Nordseeküste, scheiterten aber 9 n. Chr. nach der drei Legionen aufreibenden Niederlage des Feldherrn Publius Quinctilius Varus in der Varusschlacht. Auf dem reichsrömischen Gebiet siedelten zu diesem Zeitpunkt germanische Stämme, wie Ubier, Bataver und Texuandrier, keltisch-germanische Stämme, wie Vangioner und Nemeter, sowie keltische Stämme, wie die Treverer.
Sowohl die ubische Siedlung als auch die Anwesenheit römischer Soldaten sind durch archäologische Funde belegt. Die ubische Siedlung befand sich auf dem linksrheinischen Gebiet zwischen Rhein und Gumme, dort, wo heute die Universität und das Münster liegen. Eine präzise Zeitangabe, wann Römer das erste Mal in diese Siedlung kamen, gibt es nicht. Es muss in der Zeit zwischen Vorbereitung oder Beginn des Krieges und dem Tod von Drusus – 9 v. Chr. – gewesen sein. Als Bonn 1989 seinen 2000. Geburtstag feierte, entschied man sich für das Jahr 11 v. Chr. „Da das genaue Jahr nicht zu ermitteln ist,“ so der damalige Oberbürgermeister Hans Daniels, „haben wir uns für das Jahr 11, die Mitte zwischen 13 und 9, entschieden.“
Neben archäologischen Funden im Bonner Stadtgebiet gibt es eine literarische Quelle, die zitiert wird, um die Anwesenheit römischer Soldaten in der Zeit von Drusus zu belegen. Es handelt sich um das zweibändige Werk Epitoma de Tito Livio bellorum omnium annorum DCC libri duo des römischen Schriftstellers Florus. Darin erwähnt der Autor einen Ortsnamen, der in den zugrundeliegenden Handschriften allerdings unterschiedlich gelesen wird. Eine Lesart lautet „Bonna“. Bei ihm heißt es dann entsprechend dieser Lesart: Bonnam et Gesoriacum pontibus iunxit classibusque firmavit. Übersetzt: „Bonna und Gesoriacum verband er (Drusus) durch Brücken und verstärkte sie mit einer Flotte.“ Nicht erst seit der 2000-Jahr-Feier Bonns wurde diese Stelle als Beleg dafür herangezogen, dass es in Bonn eine römische Brücke gegeben habe, was heute jedoch sehr umstritten ist.
Mit dem Bau eines befestigten Lagers (Drusus-Kastell) begannen die Römer nach der Niederlage gegen die Germanen in der Varusschlacht 9 n. Chr., um die Grenze am Rhein abzusichern. Die rechtsrheinischen Lager wurden aufgegeben. Grabungen im Jahre 1952 verorten dieses Drusus-Kastell im Bereich des Bonner Rathauses am Markt.